4trq

Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear mRNA export protein SAC3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:Hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 253–551 链 D; UniProt 253–551 未记录 Nuclear mRNA export protein THP1 × 2 (Q08231) 26S proteasome complex subunit SEM1 × 2 (O94742) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;292 K;0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000 分辨率 3.10 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAC3_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–299; UniProt 253–551 作者链 D; PDB构建体 1–299; UniProt 253–551

Nuclear mRNA export protein THP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08231

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:Hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 170–455 链 E; UniProt 170–455 未记录 Nuclear mRNA export protein SAC3 × 2 (P46674) 26S proteasome complex subunit SEM1 × 2 (O94742) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;292 K;0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000 分辨率 3.10 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THP1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–286; UniProt 170–455 作者链 E; PDB构建体 1–286; UniProt 170–455

26S proteasome complex subunit SEM1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:Hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 30–89 链 F; UniProt 30–89 未记录 Nuclear mRNA export protein SAC3 × 2 (P46674) Nuclear mRNA export protein THP1 × 2 (Q08231) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;292 K;0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000 分辨率 3.10 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEM1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–60; UniProt 30–89 作者链 F; PDB构建体 1–60; UniProt 30–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4trq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4trq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4trq
沉积日期 deposition_date2014-06-17
结构标题 titleCrystal structure of Sac3/Thp1/Sem1
关键词 keywordsPCI domain, TREX-2, gene expression, gene regulation; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.44
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.69
零角强度 I(0) i0321342000.00
分子量 molecular_weight149190.0 kDa
排除体积 excluded_volume188320 ų
包络体积 envelope_volume246940 ų
水化壳体积 shell_volume54998 ų
包络直径 envelope_diameter134.4
壳层 Rg shell_rg44.36
包络 Rg envelope_rg35.69
形状 Rg shape_rg36.67
总 Rg total_rg37.26
总原子数 total_atoms10521
残基数 n_residues1268
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.0
Rg (实空间) rg_real37.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real3.2130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal321400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.2
偏度 Skewness skewness0.191
峰度 Kurtosis kurtosis-0.441
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha97410000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4trqA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily990
结构域编号 domain_id4trqD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily990

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)