4y10

Trypsin in complex with with BPTI mutant (2S)-2-amino-4,4-difluorobutanoic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 24–246 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;291 K;1.8 to 2.2 M ammonium sulfate 分辨率 1.37 Å R-free 0.165

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、770 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246

Pancreatic trypsin inhibitor

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 片段:UNP residues 36-93 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Cationic trypsin × 1 (P00760) SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;291 K;1.8 to 2.2 M ammonium sulfate 分辨率 1.37 Å R-free 0.165

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4y10

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4y10
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4y10
沉积日期 deposition_date2015-02-06
结构标题 titleTrypsin in complex with with BPTI mutant (2S)-2-amino-4,4-difluorobutanoic acid
关键词 keywordsHYDROLASE INHIBITORS, DIGESTION, METAL-BINDING, PROTEASE, SECRETED, SERINE PROTEASE, ZYMOGEN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.33
零角强度 I(0) i018980800.00
分子量 molecular_weight30667.0 kDa
排除体积 excluded_volume37316 ų
包络体积 envelope_volume42547 ų
水化壳体积 shell_volume19345 ų
包络直径 envelope_diameter61.0
壳层 Rg shell_rg24.78
包络 Rg envelope_rg18.70
形状 Rg shape_rg18.29
总 Rg total_rg19.27
总原子数 total_atoms4134
残基数 n_residues279
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.8
Rg (实空间) rg_real19.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real1.8980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18980000.0000
解质量估计 total_estimate0.7182
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.411
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4992000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.226; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4y10E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4y10E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4y10I00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)