4ys9

Ataxin-3 Carboxy-Terminal Region - Crystal C1 (tetragonal)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera

Homo sapiens

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–392 片段:MBP residues 27-392 (UNP) + Ataxin-3 C-terminal region (UNP residues 278-324) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;278 K;25% PEG5000 MME, 1.0 M sodium acetate, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.1 M zinc acetate 分辨率 2.00 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、148 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–366; UniProt 27–392

Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera

Homo sapiens

UniProt P54252

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 278–324 片段:MBP residues 27-392 (UNP) + Ataxin-3 C-terminal region (UNP residues 278-324) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;278 K;25% PEG5000 MME, 1.0 M sodium acetate, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.1 M zinc acetate 分辨率 2.00 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATX3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 371–417; UniProt 278–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ys9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ys9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ys9
沉积日期 deposition_date2015-03-16
结构标题 titleAtaxin-3 Carboxy-Terminal Region - Crystal C1 (tetragonal)
关键词 keywords;Ataxin-3, Polyglutamine, Huntington's Disease, Triplet repeat disorder, ataxins, ataxia, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.95
零角强度 I(0) i029475900.00
分子量 molecular_weight42661.0 kDa
排除体积 excluded_volume53736 ų
包络体积 envelope_volume62655 ų
水化壳体积 shell_volume24476 ų
包络直径 envelope_diameter71.5
壳层 Rg shell_rg28.03
包络 Rg envelope_rg21.18
形状 Rg shape_rg20.89
总 Rg total_rg22.05
总原子数 total_atoms3002
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.7
Rg (实空间) rg_real22.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.9480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29480000.0000
解质量估计 total_estimate0.9045
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.200
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7026000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4ys9b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)