5ama

Crystal structure of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with amyloid-beta 1-16

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 165.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME

HOMO SAPIENS

UniProt P12821

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 30–658 片段:N DOMAIN, UNP RESIDUES 30-658 突变:YES alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000 分辨率 1.80 Å R-free 0.218
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 3 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 30–658 片段:N DOMAIN, UNP RESIDUES 30-658 突变:YES 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000 分辨率 1.80 Å R-free 0.218
3 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–658 片段:N DOMAIN, UNP RESIDUES 30-658 突变:YES 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ASP ASPARTIC ACID × 1 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000 分辨率 1.80 Å R-free 0.218
4 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 3 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–658 片段:N DOMAIN, UNP RESIDUES 30-658 突变:YES 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000 分辨率 1.80 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 89 个其他 PDB 条目、147 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–629; UniProt 30–658 作者链 B; PDB构建体 1–629; UniProt 30–658 作者链 C; PDB构建体 1–629; UniProt 30–658 作者链 D; PDB构建体 1–629; UniProt 30–658

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ama

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ama
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ama
沉积日期 deposition_date2015-03-10
结构标题 titleCrystal structure of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with amyloid-beta 1-16
关键词 keywordsMETALLOPROTEASE, AMYLOID- BETA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.80
零角强度 I(0) i01174390000.00
分子量 molecular_weight288230.0 kDa
排除体积 excluded_volume360530 ų
包络体积 envelope_volume481580 ų
水化壳体积 shell_volume78432 ų
包络直径 envelope_diameter162.1
壳层 Rg shell_rg55.95
包络 Rg envelope_rg48.62
形状 Rg shape_rg49.79
总 Rg total_rg50.02
总原子数 total_atoms20363
残基数 n_residues2424
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax165.6
Rg (实空间) rg_real50.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.66
I(0) (实空间) i0_real1.1740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1175000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8898
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.5
偏度 Skewness skewness0.170
峰度 Kurtosis kurtosis-0.651
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha327000000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.872

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5amaa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5amab_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5amac_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5amad_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)