SAXSdb — 5bps

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit 9, mitochondrial

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	Oligomycin A × 6 water × 10	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	Oligomycin A × 8 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 B； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 C； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 D； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 E； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 K； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 L； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 M； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 N； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76 作者链 O； PDB构建体 2–76； UniProt 2–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bps
沉积日期 deposition_date	2015-05-28
结构标题 title	Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin A
关键词 keywords	C10 ring, F1FO ATP synthase, oligomycin A, mitochondria, membrane, protein-antibiotic complex, MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex; MEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bps__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bps__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bps__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.61 Å
Rg（电子密度）	24.80 Å
总 Rg	25.90 Å
原子数	5746
残基数	740
排除体积	108340 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5bps__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5bps__assembly_2__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5bpsA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5bpsO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

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晶胞边长 a length_a	76.216 Å
晶胞边长 b length_b	76.216 Å
晶胞边长 c length_c	489.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	160

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2029
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2387

描述 description	ATP synthase subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	7790.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,K,L,M,N,O
原子数 atom_count	6011

Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit 9, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bps__assembly_2__model_1

5bps__assembly_2__model_1 | I(q)

5bps__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)

描述 description	Oligomycin A
分子量 formula_weight	791.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit 9, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bps__assembly_2__model_1

5bps__assembly_2__model_1 | I(q)

5bps__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)