SAXSdb — 5d6f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(4S,7R)-7-hydroxy-1-(4-methoxybenzyl)-7-methyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-benzotriazol-4-yl propan-2-ylcarbamate × 1 COBALT (II) ION × 1 TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–371； UniProt 108–478

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d6f
沉积日期 deposition_date	2015-08-12
结构标题 title	Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with spiroepoxytriazole inhibitor (+)-31b
关键词 keywords	MetAP2, methionine aminopeptidase-2, inhibitor, spiroepoxytriazole, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d6f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d6f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d6f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.51 Å
Rg（电子密度）	20.56 Å
总 Rg	21.51 Å
原子数	2940
残基数	369
排除体积	52267 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d6f__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase 2
分子量 formula_weight	41510.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3522

GPKVQTDPPSVPICDLYPNGVFPKGQECEYPPTQDGRTAAWRTTSEEKKALDQASEEIWNDFREAAEAHRQVRKYVMSWIKPGMTMIEICEKLEDCSRKLIKENGLNAGLAFPTGCSLNNCAAHYTPNAGDTTVLQYDDICKIDFGTHISGRIIDCAFTVTFNPKYDTLLKAVKDATNTGIKCAGIDVRLCDVGEAIQEVMESYEVEIDGKTYQVKPIRNLNGHSIGQYRIHAGKTVPIVKGGEATRMEEGEVYAIETFGSTGKGVVHDDMECSHYMKNFDVGHVPIRLPRTKHLLNVINENFGTLAFCRRWLDRLGESKYLMALKNLCDLGIVDPYPPLCDIKGSYTAQFEHTILLRPTCKEVVSRGDDY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S,7R)-7-hydroxy-1-(4-methoxybenzyl)-7-methyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-benzotriazol-4-yl propan-2-ylcarbamate
分子量 formula_weight	374.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TERTIARY-BUTYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	504

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5d6fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

结构域编号 domain_id	5d6fA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	90.110 Å
晶胞边长 b length_b	99.500 Å
晶胞边长 c length_c	101.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1487
R_work r_work	0.1468
R_free r_free	0.1850

Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with spiroepoxytriazole inhibitor (+)-31b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d6f__assembly_1__model_1

5d6f__assembly_1__model_1 | I(q)

5d6f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with spiroepoxytriazole inhibitor (+)-31b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d6f__assembly_1__model_1

5d6f__assembly_1__model_1 | I(q)

5d6f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)