5flc

Architecture of human mTOR Complex 1 - 5.9 Angstrom reconstruction

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 270.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MTOR

HOMO SAPIENS

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1382–2549 链 F; UniProt 1382–2549 片段:FAT AND PIKK DOMAINS SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MTOR × 2 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MTOR × 2 REGULATORY-ASSOCIATED PROTEIN OF MTOR × 2 FKBP × 2 TARGET OF RAPAMYCIN COMPLEX SUBUNIT LST8 × 2 (Q9BVC4) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:100 MM NACL, 10 MM NABICINE, 1 MM TCEP;pH 8;100 MM NACL, 10 MM NABICINE, 1 MM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK I, METHOD- 4 SECOND BLOTTING, 分辨率 5.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1168; UniProt 1382–2549 作者链 F; PDB构建体 1–1168; UniProt 1382–2549

TARGET OF RAPAMYCIN COMPLEX SUBUNIT LST8

HOMO SAPIENS

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–326 链 H; UniProt 1–326 未记录 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MTOR × 2 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MTOR × 2 REGULATORY-ASSOCIATED PROTEIN OF MTOR × 2 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MTOR × 2 (P42345) FKBP × 2 RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:100 MM NACL, 10 MM NABICINE, 1 MM TCEP;pH 8;100 MM NACL, 10 MM NABICINE, 1 MM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK I, METHOD- 4 SECOND BLOTTING, 分辨率 5.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LST8_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326 作者链 H; PDB构建体 1–326; UniProt 1–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5flc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5flc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5flc
沉积日期 deposition_date2015-10-23
结构标题 titleArchitecture of human mTOR Complex 1 - 5.9 Angstrom reconstruction
关键词 keywordsTRANSFERASE, RAPAMYCIN, MTORC1; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier78.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron79.44
零角强度 I(0) i05196700000.00
分子量 molecular_weight675300.0 kDa
排除体积 excluded_volume874350 ų
包络体积 envelope_volume1643600 ų
水化壳体积 shell_volume177270 ų
包络直径 envelope_diameter298.8
壳层 Rg shell_rg77.66
包络 Rg envelope_rg76.82
形状 Rg shape_rg79.40
总 Rg total_rg79.57
总原子数 total_atoms47528
残基数 n_residues6966
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax270.5
Rg (实空间) rg_real81.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.61
I(0) (实空间) i0_real5.1970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0260e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal78.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5195000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9190
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary94.7
偏度 Skewness skewness0.450
峰度 Kurtosis kurtosis0.020
角度范围 angular_range— – 0.1000 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0400
最高正则化参数 α highest_alpha353000000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.894; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.726

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)