5fug

Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H2A.Z

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2AZ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 19–128 作者链 D； PDB构建体 1–110； UniProt 19–128 作者链 G； PDB构建体 1–110； UniProt 19–128 作者链 J； PDB构建体 1–110； UniProt 19–128

HISTONE H2B TYPE 1-J

HOMO SAPIENS

UniProt P06899

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG × 1 （Q15906） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1J_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 31–126 作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 31–126 作者链 H； PDB构建体 1–96； UniProt 31–126 作者链 K； PDB构建体 1–96； UniProt 31–126

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG

HOMO SAPIENS

UniProt Q15906

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HISTONE H2A.Z × 1 （P0C0S5） HISTONE H2B TYPE 1-J × 1 （P06899） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS72_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–68； UniProt 6–69 作者链 F； PDB构建体 5–68； UniProt 6–69 作者链 I； PDB构建体 5–68； UniProt 6–69 作者链 L； PDB构建体 5–68； UniProt 6–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fug
沉积日期 deposition_date	2016-01-27
结构标题 title	Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, HISTONE, CHAPERONE, REMODELER, H2A.Z, YL1; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5fug__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5fug__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5fug__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.74 Å
Rg（电子密度）	18.39 Å
总 Rg	19.46 Å
原子数	1757
残基数	225
排除体积	30941 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5fug__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5fug__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5fug__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5fug__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HISTONE H2A.Z
分子量 formula_weight	11889.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	7175

SRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HISTONE H2B TYPE 1-J
分子量 formula_weight	10750.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

KRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG
分子量 formula_weight	7546.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

GSHMGRAPRKTAGNRLSGLLEAEEEDEFYQTTYGGFTEESGDDEYQGDQSDTEDEVDSDFDIDEGDEP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5fuga_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fugb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fugd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fuge_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fugg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fugh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fugj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5fugk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5fugA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5fugK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	36.120 Å
晶胞边长 b length_b	150.680 Å
晶胞边长 c length_c	92.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	44.250 Å
R 因子 r_factor	0.1816
R_work r_work	0.1774
R_free r_free	0.2431

Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H2A.Z

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H2B TYPE 1-J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fug__assembly_1__model_1

5fug__assembly_1__model_1 | I(q)

5fug__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a human YL1-H2A.Z-H2B complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H2A.Z

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HISTONE H2B TYPE 1-J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 72 HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fug__assembly_1__model_1

5fug__assembly_1__model_1 | I(q)

5fug__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)