SAXSdb — 5gai

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

Enterobacteria phage P22

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Peptidoglycan hydrolase gp4 × 12 （P26746） Tail fiber protein × 3 （P12528）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 B； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 C； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 D； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 E； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 F； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 G； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 H； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 I； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 J； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 W； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725 作者链 X； PDB构建体 1–717； UniProt 5–725

Peptidoglycan hydrolase gp4

Enterobacteria phage P22

UniProt P26746

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Portal protein × 12 （P26744） Tail fiber protein × 3 （P12528）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXLYS_BPP22
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 L； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 M； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 N； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 O； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 P； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 Q； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 R； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 S； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 T； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 U； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150 作者链 V； PDB构建体 1–146； UniProt 5–150

Tail fiber protein

Enterobacteria phage P22

UniProt P12528

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Portal protein × 12 （P26744） Peptidoglycan hydrolase gp4 × 12 （P26746）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBER_BPP22
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–662； UniProt 6–667 作者链 Y； PDB构建体 1–662； UniProt 6–667 作者链 Z； PDB构建体 1–662； UniProt 6–667

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gai
沉积日期 deposition_date	2015-12-01
结构标题 title	Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins
关键词 keywords	virion, portal, tailspike, adhesin, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5gai__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5gai__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5gai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	103.20 Å
总 Rg	103.20 Å
原子数	98043
残基数	12390
排除体积	1728200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5gai__assembly_1__model_1`	27-meric （27）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	82397.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,W,X
原子数 atom_count	98043

ENRLESILSRFDADWTASDEARREAKNDLFFSRVSQWDDWLSQYTTLQYRGQFDVVRPVVRKLVSEMRQNPIDVLYRPKDGARPDAADVLMGMYRTDMRHNTAKIAVNIAVREQIEAGVGAWRLVTDYEDQSPTSNNQVIRREPIHSACSHVIWDSNSKLMDKSDARHCTVIHSMSQNGWEDFAEKYDLDADDIPSFQNPNDWVFPWLTQDTIQIAEFYEVVEKKETAFIYQDPVTGEPVSYFKRDIKDVIDDLADSGFIKIAERQIKRRRVYKSIITCTAVLKDKQLIAGEHIPIVPVFGEWGFVEDKEVYEGVVRLTKDGQRLRNMIMSFNADIVARTPKKKPFFWPEQIAGFEHMYDGNDDYPYYLLNRTDENSGDLPTQPLAYYENPEVPQANAYMLEAATSAVKEVATLGVDTEAVNGGQVAFDTVNQLNMRADLETYVFQDNLATAMRRDGEIYQSIVNDIYDVPRNVTITLEDGSEKDVQLMAEVVDLATGEKQVLNDIRGRYECYTDVGPSFQSMKQQNRAEILELLGKTPQGTPEYQLLLLQYFTLLDGKGVEMMRDYANKQLIQMGVKKPETPEEQQWLVEAQQAKQGQQDPAMVQAQGVLLQGQAELAKAQNQTLSLQIDAAKVEAQNQLNAARIAEIFNNMDLSKQSEFREFLKTVASFQQDRSEDARANAELLLKGDEQTHKQRMDIANILQSQRQNQPSGSVAETPQ

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptidoglycan hydrolase gp4
分子量 formula_weight	15957.8 kDa
突变 mutation	P150A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V

TKGDLVRAALRKLGVASDATLTDVEPQSMQDAVDDLEAMMAEWYQDGKGIITGYVFSDDENPPAEGDDHGLRSSAVSAVFHNLACRIAPDYALEATAKIIATAKYGKELLYKQTAISRAKRAPYPSRMPTGSGNSFPNLNEWHYFP

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tail fiber protein
分子量 formula_weight	71361.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z,0

ANVVVSNPRPIFTESRSFKAVANGKIYIGQIDTDPVNPANQIPVYIENEDGSHVQITQPLIINAAGKIVYNGQLVKIVTVQGHSMAIYDANGSQVDYIANVLKYDPDQYSIEADKKFKYSVKLSDYPTLQDAASAAVDGLLIDRDYNFYGGETVDFGGKVLTIECKAKFIGDGNLIFTKLGKGSRIAGVFMESTTTPWVIKPWTDDNQWLTDAAAVVATLKQSKTDGYQPTVSDYVKFPGIETLLPPNAKGQNITSTLEIRECIGVEVHRASGLMAGFLFRGCHFCKMVDANNPSGGKDGIITFENLSGDWGKGNYVIGGRTSYGSVSSAQFLRNNGGFERDGGVIGFTSYRAGESGVKTWQGTVGSTTSRNYNLQFRDSVVIYPVWDGFDLGADTDMNPELDRPGDYPITQYPLHQLPLNHLIDNLLVRGALGVGFGMDGKGMYVSNITVEDCAGSGAYLLTHESVFTNIAIIDTNTKDFQANQIYISGACRVNGLRLIGIRSTDGQGLTIDAPNSTVSGITGMVDPSRINVANLAEEGLGNIRANSFGYDSAAIKLRIHKLSKTLDSGALYSHINGGAGSGSAYTQLTAISGSTPDAVSLKVNHKDCRGAEIPFVPDIASDDFIKDSSCFLPYWENNSTSLKALVKKPNGELVRLTLATL

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	10.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	79731

Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptidoglycan hydrolase gp4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tail fiber protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gai__assembly_1__model_1

5gai__assembly_1__model_1 | I(q)

5gai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptidoglycan hydrolase gp4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail fiber protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gai__assembly_1__model_1

5gai__assembly_1__model_1 | I(q)

5gai__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)