5gap

Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor 8

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PRP8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–2413； UniProt 1–2413

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

物种未注明

UniProt P20053

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PRP4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–465； UniProt 1–465

Pre-mRNA-splicing factor 6

物种未注明

UniProt P19735

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PRP6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–899； UniProt 1–899

Spliceosomal protein DIB1

物种未注明

UniProt Q06819

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	DIB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–143； UniProt 1–143

Pre-mRNA-processing factor 31

物种未注明

UniProt P49704

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	PRP31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–494； UniProt 1–494

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

物种未注明

UniProt Q03338

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PRP3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–469； UniProt 1–469

13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

物种未注明

UniProt P39990

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 （P32639）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SNU13_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

物种未注明

UniProt P32639

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 3	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 （P33334） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 （P20053） Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 （P19735） Spliceosomal protein DIB1 × 1 （Q06819） Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 （P49704） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 （Q03338） 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 （P39990）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BRR2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–2163； UniProt 1–2163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gap
沉积日期 deposition_date	2015-12-15
结构标题 title	Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP
关键词 keywords	Transcription, snRNP, spliceosome, RNA-protein complex, U4/U6.U5 snRNP; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5gap__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5gap__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5gap__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.15 Å
Rg（电子密度）	54.28 Å
总 Rg	54.32 Å
原子数	31576
残基数	3727
排除体积	552510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5gap__assembly_1__model_1`	Dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ;
分子量 formula_weight	21528.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	V
原子数 atom_count	31576

AUCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUUGAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	U6 snRNA
分子量 formula_weight	35883.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	W

GUUCGCGAAGUAACCCUUCGUGGACAUUUGGUCAAUUUGAAACAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACCGUUUUACAAAGAGAUUUAUUUCGUUUU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	U5 snRNA
分子量 formula_weight	68643.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	U

AAGCAGCUUUACAGAUCAAUGGCGGAGGGAGGUCAACAUCAAGAACUGUGGGCCUUUUAUUGCCUAUAGAACUUAUAACGAACAUGGUUCUUGCCUUUUACCAGAACCAUCCGGGUGUUGUCUCCAUAGAAACAGGUAAAGCUGUCCGUUACUGUGGGCUUGCCAUAUUUUUUGGAACUUUUCUGCCCUUUUUCUCAAUGAGUAAGGAGGGCGU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	unknown protein
分子量 formula_weight	6996.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Pre-mRNA-splicing factor 8
分子量 formula_weight	279867.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSGLPPPPPGFEEDSDLALPPPPPPPPGYEIEELDNPMVPSSVNEDTFLPPPPPPPSNFEINAEEIVDFTLPPPPPPPGLDELETKAEKKVELHGKRKLDIGKDTFVTRKSRKRAKKMTKKAKRSNLYTPKAEMPPEHLRKIINTHSDMASKMYNTDKKAFLGALKYLPHAILKLLENMPHPWEQAKEVKVLYHTSGAITFVNETPRVIEPVYTAQWSATWIAMRREKRDRTHFKRMRFPPFDDDEPPLSYEQHIENIEPLDPINLPLDSQDDEYVKDWLYDSRPLEEDSKKVNGTSYKKWSFDLPEMSNLYRLSTPLRDEVTDKNYYYLFDKKSFFNGKALNNAIPGGPKFEPLYPREEEEDYNEFNSIDRVIFRVPIRSEYKVAFPHLYNSRPRSVRIPWYNNPVSCIIQNDEEYDTPALFFDPSLNPIPHFIDNNSSLNVSNTKENGDFTLPEDFAPLLAEEEELILPNTKDAMSLYHSPFPFNRTKGKMVRAQDVALAKKWFLQHPDEEYPVKVKVSYQKLLKNYVLNELHPTLPTNHNKTKLLKSLKNTKYFQQTTIDWVEAGLQLCRQGHNMLNLLIHRKGLTYLHLDYNFNLKPTKTLTTKERKKSRLGNSFHLMRELLKMMKLIVDTHVQFRLGNVDAFQLADGIHYILNHIGQLTGIYRYKYKVMHQIRACKDLKHIIYYKFNKNLGKGPGCGFWQPAWRVWLNFLRGTIPLLERYIGNLITRQFEGRSNEIVKTTTKQRLDAYYDLELRNSVMDDILEMMPESIRQKKARTILQHLSEAWRCWKANIPWDVPGMPAPIKKIIERYIKSKADAWVSAAHYNRERIKRGAHVEKTMVKKNLGRLTRLWIKNEQERQRQIQKNGPEITPEEATTIFSVMVEWLESRSFSPIPFPPLTYKNDTKILVLALEDLKDVYASKVRLNASEREELALIEEAYDNPHDTLNRIKKYLLTQRVFKPVDITMMENYQNISPVYSVDPLEKITDAYLDQYLWYEADQRKLFPNWIKPSDSEIPPLLVYKWTQGINNLSEIWDVSRGQSAVLLETTLGEMAEKIDFTLLNRLLRLIVDPNIADYITAKNNVVINFKDMSHVNKYGLIRGLKFASFIFQYYGLVIDLLLLGQERATDLAGPANNPNEFMQFKSKEVEKAHPIRLYTRYLDRIYMLFHFEEDEGEELTDEYLAENPDPNFENSIGYNNRKCWPKDSRMRLIRQDVNLGRAVFWEIQSRVPTSLTSIKWENAFVSVYSKNNPNLLFSMCGFEVRILPRQRMEEVVSNDEGVWDLVDERTKQRTAKAYLKVSEEEIKKFDSRIRGILMASGSTTFTKVAAKWNTSLISLFTYFREAIVATEPLLDILVKGETRIQNRVKLGLNSKMPTRFPPAVFYTPKELGGLGMISASHILIPASDLSWSKQTDTGITHFRAGMTHEDEKLIPTIFRYITTWENEFLDSQRVWAEYATKRQEAIQQNRRLAFEELEGSWDRGIPRISTLFQRDRHTLAYDRGHRIRREFKQYSLERNSPFWWTNSHHDGKLWNLNAYRTDVIQALGGIETILEHTLFKGTGFNSWEGLFWEKASGFEDSMQFKKLTHAQRTGLSQIPNRRFTLWWSPTINRANVYVGFLVQLDLTGIFLHGKIPTLKISLIQIFRAHLWQKIHESIVFDICQILDGELDVLQIESVTKETVHPRKSYKMNSSAADITMESVHEWEVSKPSLLHETNDSFKGLITNKMWFDVQLRYGDYDSHDISRYVRAKFLDYTTDNVSMYPSPTGVMIGIDLAYNMYDAYGNWFNGLKPLIQNSMRTIMKANPALYVLRERIRKGLQIYQSSVQEPFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQNIKAPSVKRQKMAELEAARSEKQNDEEAAGASTVMKTKTINAQGEEIVVVASADYESQTFSSKNEWRKSAIANTLLYLRLKNIYVSADDFVEEQNVYVLPKNLLKKFIEISDVKIQVAAFIYGMSAKDHPKVKEIKTVVLVPQLGHVGSVQISNIPDIGDLPDTEGLELLGWIHTQTEELKFMAASEVATHSKLFADKKRDCIDISIFSTPGSVSLSAYNLTDEGYQWGEENKDIMNVLSEGFEPTFSTHAQLLLSDRITGNFIIPSGNVWNYTFMGTAFNQEGDYNFKYGIPLEFYNEMHRPVHFLQFSELAGDEELEAEQIDVFS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
分子量 formula_weight	52507.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSKYIALENLPVDLQHKGATQNESTADILKQLPHERLQAVLEKIPEEDLEVRRLLSILKKPEVVENEDVQQRRIRLAEILMVDEIDLENINNMENINGEEVDEEDDEDFFTPATSELIFARRFLINYSLERSRKRLQKEMERHQKFNTRQELLSRRTELQRMANLELAGSQLVSTKPISAVSLSTDDMVVATGSWAGDLQVLNSQTLQPLTQKLDSHVGKIGAIDWHPDSNNQMISCAEDGLIKNFQYSNEEGGLRLLGDLVGHERRISDVKYHPSGKFIGSASHDMTWRLWDASTHQELLLQEGHDKGVFSLSFQCDGSLVCSGGMDSLSMLWDIRSGSKVMTLAGHSKPIYTVAWSPNGYQVATGGGDGIINVWDIRKRDEGQLNQILAHRNIVTQVRFSKEDGGKKLVSCGYDNLINVYSSDTWLKMGSLAGHTDKIISLDISNNSHFLVSGGWDRSIKLWN

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Pre-mRNA-splicing factor 6
分子量 formula_weight	104370.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MERPSFLDQEPPAGYVPGIGRGATGFSTKEKQVVSNDDKGRRIPKRYRENLNNHLQSQPKDDEDDEAANVFKTLELKLAQKKKKRANEKDDDNSVDSSNVKRQFADLKESLAAVTESEWMDIPDATDFTRRNKRNRIQEQLNRKTYAAPDSLIPGNVDLNKLTEEREKLLQSQIDENLAQLTKNASNPIQVNKPNAATDALSYLKDLENDRVNSLSDATLEDLQKMRTILKSYRKADPTNPQGWIASARLEEKARKFSVAKKIIENGCQECPRSSDIWLENIRLHESDVHYCKTLVATAINFNPTSPLLWFKAIDLESTTVNKYRVVRKALQEIPRDEGLWKLAVSFEADKAQVIKMLEKATQFIPQSMDLLTAYTNLQSYHNAKMTLNSFRKILPQEPEIWIISTLLEERNNPDIPVDKLVSLLKEGLLELSKNGYKATLSAWLKRAEALNDAPNSNLTCQAIVYAILEWLRESGEYESELNNVDQILEKMPHSKVQIAVLKKLIQWDPCDTVLWSRLKMATESYHKIEELLAFFQELLFQTKNSDDIRANMREKSPGLLMMYVSEYWKAQKGDTRQTLVLIDQIIDFAPHNLDLRFFKIKLLGRSLQLDELRDFFQQTFSSLEDFKISGTERLYYKYVNFLRYQDLNEEAIKFLNERCLKSFPICHKFFLQLGQIYHSMGNIEMSRETYLSGTRLVPNCPLLWVSLSKIDEIDLKNPVRARSILDRGLLKNPDDVLFYIAKIQMEIRLGNLDQAELLVTQALQKFPSNALLWVEQIKLFKHGNKSSLKKTIFQDALRRTQNDHRVLLEIGVSFYAEAQYETSLKWLERALKKCSRYGDTWVWLFRTYARLGKDTVDLYNMFDQCEPTYGPEWIAASKNVKMQYCTPREILLRLMNDK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Spliceosomal protein DIB1
分子量 formula_weight	16798.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKRVS

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Pre-mRNA-processing factor 31
分子量 formula_weight	56382.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSSEEDYFDELEYDLADEVNEEKEDIQTKKLTTVNCQTEKFNPFEILPESIELFRTLALISPDRLSLSETAQILPKIVDLKRILQQQEIDFIKLLPFFNEIIPLIKSNIKLMHNFLISLYSRRFPELSSLIPSPLQYSKVISILENENYSKNESDELFFHLENKAKLTREQILVLTMSMKTSFKNKEPLDIKTRTQILEANSILENLWKLQEDIGQYIASKISIIAPNVCFLVGPEIAAQLIAHAGGVLEFSRIPSCNIASIGKNKHLSHELHTLESGVRQEGYLFASDMIQKFPVSVHKQMLRMLCAKVSLAARVDAGQKNGDRNTVLAHKWKAELSKKARKLSEAPSISETKALPIPEDQPKKKRAGRKFRKYKEKFRLSHVRQLQNRMEFGKQEQTVLDSYGEEVGLGMSNTSLQQAVGATSGSRRSAGNQAKLTKVMKHRISEANQQADEFLISLGHNTEQPNLSPEMVQMHKKQHTNPEEETNWFSGHG

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
分子量 formula_weight	55974.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPPRNTYEKGNPKRQNSPYYKPSFLRREETTNDEEKFQGHGLKTELHSALKSSNLNLIRRTYQTGENPYLSDPHDRGSSSRFNRRYERGLKFYQKGEISKRIAQERTLQKQQEEEELKRKLKQEEDEKDKRKLIESGDLPNLELHEDKFLLDLSKFKIYYDNNHGYEWWDTAYLDEKGELMEKYDMNGTSPAEEKLAEDIDEVDDDDDDEHPSIRYVAHPLPEKINEAKVSIKAYLTQHERKRLRRNRRKMAREAREIKIKLGLLPKPEPKVKLSNMMSVFENDQNITDPTAWEKVVKDQVDLRKRKHLEENERRHEDAIKRRKEAVNMNVEKPTVYHCKVFQFKNLQNPKIRFKLKMNSKELSLKGLCLRIRDDGPGIIIVVGNEKSCKFYENLVMKRIKWNEDFELHTNTGDIKMDMHNNSISKTWEGYLQDCKFKGWFMKVCNDQDSLLRTLGQFDSEHFYSPVQT

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
分子量 formula_weight	13582.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSAPNPKAFPLADAALTQQILDVVQQAANLRQLKKGANEATKTLNRGISEFIIMAADCEPIEILLHLPLLCEDKNVPYVFVPSRVALGRACGVSRPVIAASITTNDASAIKTQIYAVKDKIETLLI

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
分子量 formula_weight	246470.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTEHETKDKAKKIREIYRYDEMSNKVLKVDKRFMNTSQNPQRDAEISQPKSMSGRISAKDMGQGLCNNINKGLKENDVAVEKTGKSASLKKIQQHNTILNSSSDFRLHYYPKDPSNVETYEQILQWVTEVLGNDIPHDLIIGTADIFIRQLKENEENEDGNIEERKEKIQHELGINIDSLKFNELVKLMKNITDYETHPDNSNKQAVAILADDEKSDEEEVTEMSNNANVLGGEINDNEDDDEEYDYNDVEVNSKKKNKRALPNIENDIIKLSDSKTSNIESVPIYSIDEFFLQRKLRSELGYKDTSVIQDLSEKILNDIETLEHNPVALEQKLVDLLKFENISLAEFILKNRSTIFWGIRLAKSTENEIPNLIEKMVAKGLNDLVEQYKFRETTHSKRELDSGDDQPQSSEAKRTKFSNPAIPPVIDLEKIKFDESSKLMTVTKVSLPEGSFKRVKPQYDEIHIPAPSKPVIDYELKEITSLPDWCQEAFPSSETTSLNPIQSKVFHAAFEGDSNMLICAPTGSGKTNIALLTVLKALSHHYNPKTKKLNLSAFKIVYIAPLKALVQEQVREFQRRLAFLGIKVAELTGDSRLSRKQIDETQVLVSTPEKWDITTRNSNNLAIVELVRLLIIDEIHLLHDDRGPVLESIVARTFWASKYGQEYPRIIGLSATLPNYEDVGRFLRVPKEGLFYFDSSFRPCPLSQQFCGIKERNSLKKLKAMNDACYEKVLESINEGNQIIVFVHSRKETSRTATWLKNKFAEENITHKLTKNDAGSKQILKTEAANVLDPSLRKLIESGIGTHHAGLTRSDRSLSEDLFADGLLQVLVCTATLAWGVNLPAHTVIIKGTDVYSPEKGSWEQLSPQDVLQMLGRAGRPRYDTFGEGIIITDQSNVQYYLSVLNQQLPIESQFVSKLVDNLNAEVVAGNIKCRNDAVNWLAYTYLYVRMLASPMLYKVPDISSDGQLKKFRESLVHSALCILKEQELVLYDAENDVIEATDLGNIASSFYINHASMDVYNRELDEHTTQIDLFRIFSMSEEFKYVSVRYEEKRELKQLLEKAPIPIREDIDDPLAKVNVLLQSYFSQLKFEGFALNSDIVFIHQNAGRLLRAMFEICLKRGWGHPTRMLLNLCKSATTKMWPTNCPLRQFKTCPVEVIKRLEASTVPWGDYLQLETPAEVGRAIRSEKYGKQVYDLLKRFPKMSVTCNAQPITRSVMRFNIEIIADWIWDMNVHGSLEPFLLMLEDTDGDSILYYDVLFITPDIVGHEFTLSFTYELKQHNQNNLPPNFFLTLISENWWHSEFEIPVSFNGFKLPKKFPPPTPLLENISISTSELGNDDFSEVFEFKTFNKIQSQVFESLYNSNDSVFVGSGKGTGKTAMAELALLNHWRQNKGRAVYINPSGEKIDFLLSDWNKRFSHLAGGKIINKLGNDPSLNLKLLAKSHVLLATPVQFELLSRRWRQRKNIQSLELMIYDDAHEISQGVYGAVYETLISRMIFIATQLEKKIRFVCLSNCLANARDFGEWAGMTKSNIYNFSPSERIEPLEINIQSFKDVEHISFNFSMLQMAFEASAAAAGNRNSSSVFLPSRKDCMEVASAFMKFSKAIEWDMLNVEEEQIVPYIEKLTDGHLRAPLKHGVGILYKGMASNDERIVKRLYEYGAVSVLLISKDCSAFACKTDEVIILGTNLYDGAEHKYMPYTINELLEMVGLASGNDSMAGKVLILTSHNMKAYYKKFLIEPLPTESYLQYIIHDTLNNEIANSIIQSKQDCVDWFTYSYFYRRIHVNPSYYGVRDTSPHGISVFLSNLVETCLNDLVESSFIEIDDTEAEVTAEVNGGDDEATEIISTLSNGLIASHYGVSFFTIQSFVSSLSNTSTLKNMLYVLSTAVEFESVPLRKGDRALLVKLSKRLPLRFPEHTSSGSVSFKVFLLLQAYFSRLELPVDFQNDLKDILEKVVPLINVVVDILSANGYLNATTAMDLAQMLIQGVWDVDNPLRQIPHFNNKILEKCKEINVETVYDIMALEDEERDEILTLTDSQLAQVAAFVNNYPNVELTYSLNNSDSLISGVKQKITIQLTRDVEPENLQVTSEKYPFDKLESWWLVLGEVSKKELYAIKKVTLNKETQQYELEFDTPTSGKHNLTIWCVCDSYLDADKELSFEINVK

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5gapD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5gapK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	180.180 Å
R 因子 r_factor	0.2777
R_work r_work	0.2777
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140155

Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-mRNA-splicing factor 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spliceosomal protein DIB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-mRNA-processing factor 31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gap__assembly_1__model_1

5gap__assembly_1__model_1 | I(q)

5gap__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer