5gap

Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 179.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor 8

物种未注明

UniProt P33334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–2413 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 435 个其他 PDB 条目、443 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP8_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–2413; UniProt 1–2413

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

物种未注明

UniProt P20053

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 H; UniProt 1–465 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PRP4_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–465; UniProt 1–465

Pre-mRNA-splicing factor 6

物种未注明

UniProt P19735

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 J; UniProt 1–899 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP6_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–899; UniProt 1–899

Spliceosomal protein DIB1

物种未注明

UniProt Q06819

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–143 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DIB1_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–143; UniProt 1–143

Pre-mRNA-processing factor 31

物种未注明

UniProt P49704

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 1–494 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP31_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–494; UniProt 1–494

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

物种未注明

UniProt Q03338

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 G; UniProt 1–469 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP3_YEAST
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–469; UniProt 1–469

13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

物种未注明

UniProt P39990

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–126 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNU13_YEAST
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

物种未注明

UniProt P32639

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 9 RNA 3 PDB 声明:Dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–2163 未记录 ;U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 unknown protein × 1 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 × 1 (P20053) Pre-mRNA-splicing factor 6 × 1 (P19735) Spliceosomal protein DIB1 × 1 (Q06819) Pre-mRNA-processing factor 31 × 1 (P49704) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 × 1 (Q03338) 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein × 1 (P39990) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRR2_YEAST
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–2163; UniProt 1–2163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gap

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gap
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gap
沉积日期 deposition_date2015-12-15
结构标题 titleBody region of the U4/U6.U5 tri-snRNP
关键词 keywordsTranscription, snRNP, spliceosome, RNA-protein complex, U4/U6.U5 snRNP; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.28
零角强度 I(0) i03271370000.00
分子量 molecular_weight451140.0 kDa
排除体积 excluded_volume552510 ų
包络体积 envelope_volume817200 ų
水化壳体积 shell_volume121410 ų
包络直径 envelope_diameter190.0
壳层 Rg shell_rg60.73
包络 Rg envelope_rg53.24
形状 Rg shape_rg54.32
总 Rg total_rg54.32
总原子数 total_atoms31576
残基数 n_residues3727
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.9
Rg (实空间) rg_real54.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.40
I(0) (实空间) i0_real3.2710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3272000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8725
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.2
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.313
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha263300000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.804

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5gapD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gapK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Ribosomal protein L30/S12

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)