SAXSdb — 5hzi

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 404–546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 404–546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5HZI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V0U n- and c-terminal helices of oat lov2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (cryo dark structure of lov2 (404-546)) 提交 2007-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.197
2V0W N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light- induced signal transduction (cryo-trapped light structure of LOV2 (404-546)) 提交 2007-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；Reservoir: 0.07 M sodium acetate, pH 4.6, 5.6% PEG 4000, 30% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
2V1A N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (room temperature (293K) dark structure of LOV2 (404-546)) 提交 2007-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.195
2V1B N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (room temperature (293K) light structure of LOV2 (404-546)) 提交 2007-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.212
2WKP Structure of a photoactivatable Rac1 containing Lov2 Wildtype 提交 2009-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM CA ACETATE, 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 5.5, 12 % (W/V) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
2WKQ Structure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450A Mutant 提交 2009-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：NPH1-1 RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5% (W/V) PEG 4000	分辨率 1.60 Å R-free 0.186
2WKR Structure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450M Mutant 提交 2009-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18 % (V/V) PEG 600	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
4WF0 Crystal Structure of iLID - an Improved Light-Inducible Dimer 提交 2014-09-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–543（140 aa）片段：UNP residues 405-543	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Grown in dark for 3 days. Conditions: 100mM TRIS:HCl pH 8.5, 800mM Lithium Chloride, 32% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.244
4WF0 Crystal Structure of iLID - an Improved Light-Inducible Dimer 提交 2014-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 404–543（140 aa）片段：UNP residues 405-543	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Grown in dark for 3 days. Conditions: 100mM TRIS:HCl pH 8.5, 800mM Lithium Chloride, 32% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.244
5EFW Crystal structure of LOV2-Zdk1 - the complex of oat LOV2 and the affibody protein Zdark1 提交 2015-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 404–546（143 aa）片段：UNP residues 404-546	突变：C450A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 3.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
5HZH Crystal structure of photoinhibitable Rac1 containing C450A mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）	突变：Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M calcium acetate, 26% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 404–546（143 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 404–546（143 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 404–546（143 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6NTP PTP1B Domain of PTP1B-LOV2 Chimera 提交 2019-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 407–546（140 aa）片段：residues 2-282	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5	分辨率 1.89 Å R-free 0.212
6NTP PTP1B Domain of PTP1B-LOV2 Chimera 提交 2019-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 407–546（140 aa）片段：residues 2-282	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5	分辨率 1.89 Å R-free 0.212
7PGX Structure of dark-adapted AsLOV2 wild type 提交 2021-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 1.00 Å R-free 0.147
7PGY Structure of light-adapted AsLOV2 wild type 提交 2021-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 1.09 Å R-free 0.161
7PGZ Structure of dark-adapted AsLOV2 Q513L 提交 2021-08-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	突变：Q513L	MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 0.90 Å R-free 0.139
7PH0 Structure of light-adapted AsLOV2 Q513L 提交 2021-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 0.98 Å R-free 0.136

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O49003_AVESA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 80–222； UniProt 404–546 作者链 B； PDB构建体 80–222； UniProt 404–546

Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1

Homo sapiens

UniProt Q15811

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1230–1308 链 A； UniProt 1238–1509	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1230–1308 链 B； UniProt 1238–1509	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5HZI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1229–1581（353 aa）片段：Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1229–1581（353 aa）片段：Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
2KGR Solution structure of protein ITSN1 from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5524A 提交 2009-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 210–312（103 aa）片段：residues 210-312	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] protein-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KHN NMR solution structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646E. 提交 2009-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–111（111 aa）片段：UNP residues 1-111	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）430；压力 ambient NMR样品组成 0.87 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HR3646E-1, 20 mM MES-2, 200 mM sodium chloride-3, 5 mM calcium chloride-4, 10 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.81 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] HR3646E-7, 20 mM MES-8, 200 mM sodium chloride-9, 5 mM calcium chloride-10, 10 mM DTT-11, 0.02 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3FIA Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646e. 提交 2008-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–111（111 aa）片段：residues 1-111	突变：M1V, I14T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, microbatch under oil , temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.176
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1229–1579（351 aa）片段：DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571)	突变：S1373E	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.65 Å R-free 0.284
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1229–1579（351 aa）片段：DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571)	突变：S1373E	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.65 Å R-free 0.284
4IIM Crystal structure of the Second SH3 Domain of ITSN1 bound with a synthetic peptide 提交 2012-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 916–970（55 aa）链 B 916–970（55 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.2 M NaCitrate and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
4IIM Crystal structure of the Second SH3 Domain of ITSN1 bound with a synthetic peptide 提交 2012-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 916–970（55 aa）链 B 916–970（55 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.2 M NaCitrate and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1230–1308（79 aa）链 A 1309–1580（272 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	构建体不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1230–1308（79 aa）链 B 1309–1580（272 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1230–1308（79 aa）链 B 1309–1580（272 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1230–1308（79 aa）链 D 1309–1580（272 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6GBU Crystal structure of the second SH3 domain of FCHSD2 (SH3-2) in complex with the fourth SH3 domain of ITSN1 (SH3d) 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1069–1133（65 aa）链 D 1069–1133（65 aa）链 F 1069–1133（65 aa）链 H 1069–1133（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.5M ammonium sulfate, 10% Glycerol, Tris pH8.5	分辨率 3.44 Å R-free 0.247
6H5T Intersectin SH3A short isoform 提交 2018-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 741–835（95 aa）	未记录	7PG 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4	分辨率 1.69 Å R-free 0.191
6H5T Intersectin SH3A short isoform 提交 2018-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 741–835（95 aa）	未记录	7PG 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4	分辨率 1.69 Å R-free 0.191

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITSN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–79； UniProt 1230–1308 作者链 A； PDB构建体 223–494； UniProt 1238–1509 作者链 B； PDB构建体 1–79； UniProt 1230–1308 作者链 B； PDB构建体 223–494； UniProt 1238–1509

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hzi
沉积日期 deposition_date	2016-02-02
结构标题 title	Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain
关键词 keywords	Signaling protein, Photoswitch, Chimera; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.46 Å
零角强度 I(0) i0	185135000.00
分子量 molecular_weight	111590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140860 Å³
包络体积 envelope_volume	196040 Å³
水化壳体积 shell_volume	46333 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.70 Å
包络 Rg envelope_rg	37.10 Å
形状 Rg shape_rg	37.45 Å
总 Rg total_rg	37.70 Å
总原子数 total_atoms	7844
残基数 n_residues	952
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	185100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8263
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.613
峰度 Kurtosis kurtosis	0.133
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.846

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1
分子量 formula_weight	58309.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7887

MLTPTERKRQGYIHELIVTEENYVNDLQLVTEIFQKPLMESELLTEKEVAMIFVNWKELIMCNIKLLKALRVRKKMSGELATTLERIEKNFVITDPRLPDNPIIFASDSFLQLTEYSREEILGRNMRFLQGPETDRATVRKIRDAIDNQTEVTVQLINYTKSGKKFWNLFHLQPMRDQKGDVQYFIGVQLDGTEHVRDAAEREGVMLIKKTAENIDEAAKELKMPVKMIGDILSAQLPHMQPYIRFCSRQLNGAALIQQKTDEAPDFKEFVKRLAMDPRCKGMPLSSFILKPMQRVTRYPLIIKNILENTPENHPDHSHLKHALEKAEELCSQVNEGVREKENSDRLEWIQAHVQCEGLSEQLVFNSVTNCLGPRKFLHSGKLYKAKSNKELYGFLFNDFLLLTQITKPLGSSGTDKVFSPKSNLQYKMYKTPIFLNEVLVKLPTDPSGDEPIFHISHIDRVYTLRAESINERTAWVQKIKAASELYIETEKKKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5hziA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5hziB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	900 — Dbl Homology Domain; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dbl homology (DH) domain

结构域编号 domain_id	5hziB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	5hziB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.060 Å
晶胞边长 b length_b	111.530 Å
晶胞边长 c length_c	88.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	47.153 Å
R 因子 r_factor	0.2403
R_work r_work	0.2379
R_free r_free	0.2846

fit	/app/data/saxs_computation/hz/5hzi/5hzi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hz/5hzi/5hzi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hz/5hzi/5hzi.dat

Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)