5jpq

Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 285.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UTP10

物种未注明

UniProt G0S5L1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 G; UniProt 1–1802 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Kre33 × 2 (G0S273) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S5L1_CHATD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–1802; UniProt 1–1802

U3 small nucleolar RNA-associated protein 21

物种未注明

UniProt Q06078

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 I; UniProt 1–939 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Kre33 × 2 (G0S273) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 40 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UTP21_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–939; UniProt 1–939

Imp3

物种未注明

UniProt G0SDL4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 b; UniProt 1–183 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Kre33 × 2 (G0S273) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SDL4_CHATD
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183

Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein

物种未注明

UniProt G0SE90

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 c; UniProt 1–297 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Kre33 × 2 (G0S273) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SE90_CHATD
Isoform
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 c; PDB构建体 1–297; UniProt 1–297

Utp24

物种未注明

UniProt G0SE30

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 d; UniProt 1–184 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Kre33 × 2 (G0S273) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SE30_CHATD
Isoform
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–184; UniProt 1–184

KRR1 small subunit processome component

物种未注明

UniProt G0S3V7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 g; UniProt 1–322 链 h; UniProt 1–322 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 Kre33 × 2 (G0S273) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S3V7_CHATD
Isoform
PDB实体 18
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–322; UniProt 1–322 作者链 h; PDB构建体 1–322; UniProt 1–322

Kre33

物种未注明

UniProt G0S273

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 i; UniProt 1–1073 链 j; UniProt 1–1073 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Utp30 × 1 (G0S7X0) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S273_CHATD
Isoform
PDB实体 19
链与序列区间 作者链 i; PDB构建体 1–1073; UniProt 1–1073 作者链 j; PDB构建体 1–1073; UniProt 1–1073

Utp30

物种未注明

UniProt G0S7X0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 2 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 链 k; UniProt 1–391 未记录 WD40 domain proteins × 13 UTP10 × 1 (G0S5L1) UTP-A oligomerization domain × 1 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 × 1 (Q06078) WD40 domain proteins × 3 UTP6 × 1 UTP-B oligomerisation domain × 1 Pre mRNA splicing protein × 2 Snu13 × 2 Nop1 × 2 rrp9 × 1 Rcl1 × 1 Bms1 × 1 Imp3 × 1 (G0SDL4) Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein × 1 (G0SE90) Utp24 × 1 (G0SE30) Emg1 × 2 KRR1 small subunit processome component × 2 (G0S3V7) Kre33 × 2 (G0S273) eS1 × 1 eS4 × 1 uS7 × 1 eS6 × 1 eS7 × 1 eS8 × 1 uS4 × 1 uS15 × 1 uS11 × 1 uS9 × 1 uS17 × 1 uS8 × 1 eS24 × 1 eS28 × 1 18S ribosomal RNA × 1 U3 RNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S7X0_CHATD
Isoform
PDB实体 20
链与序列区间 作者链 k; PDB构建体 1–391; UniProt 1–391

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5jpq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5jpq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5jpq
沉积日期 deposition_date2016-05-04
结构标题 titleCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome
关键词 keywordsnuclear RNP, Ribosome; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron108.40
零角强度 I(0) i044546400000.00
分子量 molecular_weight1369500.0 kDa
排除体积 excluded_volume1528500 ų
包络体积 envelope_volume4260200 ų
水化壳体积 shell_volume327560 ų
包络直径 envelope_diameter366.8
壳层 Rg shell_rg108.20
包络 Rg envelope_rg101.90
形状 Rg shape_rg108.50
总 Rg total_rg108.00
总原子数 total_atoms95839
残基数 n_residues15066
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax285.4
Rg (实空间) rg_real103.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real4.2550e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3150e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal106.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44550000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8984
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary122.3
偏度 Skewness skewness0.116
峰度 Kurtosis kurtosis-0.582
角度范围 angular_range— – 0.0700 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.6910
最高正则化参数 α highest_alpha880000000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 0.949; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.857; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (36)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)