5jzl

The Structure of Monomeric Ultra Stable Green Fluorescent Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt A0A059PIQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–238 片段:UNP residues 3-238 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;281 K;22% w/v PEG 8000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate-citrate buffer pH 3.7, 4% v/v acetone 分辨率 1.80 Å R-free 0.217
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 3–238 片段:UNP residues 3-238 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;281 K;22% w/v PEG 8000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate-citrate buffer pH 3.7, 4% v/v acetone 分辨率 1.80 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、136 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A059PIQ0_AEQVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–247; UniProt 3–238 作者链 B; PDB构建体 14–247; UniProt 3–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5jzl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5jzl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5jzl
沉积日期 deposition_date2016-05-17
结构标题 titleThe Structure of Monomeric Ultra Stable Green Fluorescent Protein
关键词 keywordsgreen fluorescent protein, GFP, thermostable, monomeric, FLUORESCENT PROTEIN; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.51
零角强度 I(0) i045545700.00
分子量 molecular_weight52168.0 kDa
排除体积 excluded_volume65166 ų
包络体积 envelope_volume77007 ų
水化壳体积 shell_volume26511 ų
包络直径 envelope_diameter88.0
壳层 Rg shell_rg31.33
包络 Rg envelope_rg24.63
形状 Rg shape_rg24.49
总 Rg total_rg25.32
总原子数 total_atoms3677
残基数 n_residues461
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.4
Rg (实空间) rg_real25.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real4.5550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.43
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45550000.0000
解质量估计 total_estimate0.8846
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2
偏度 Skewness skewness0.363
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14060000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5jzla1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.22.1 — GFP-like
家族 Family familyd.22.1.1 — Fluorescent proteins
结构域编号 domain_idd5jzla2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5jzlb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.22.1 — GFP-like
家族 Family familyd.22.1.1 — Fluorescent proteins
结构域编号 domain_idd5jzlb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5jzlA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Green fluorescent protein
结构域编号 domain_id5jzlB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Green fluorescent protein

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)