5oir

InhA (T2A mutant) complexed with 2,6-Dimethyl-3-(1-(pyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl)pyridin-4(1H)-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WGR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–269 突变:T2A NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W8 2,6-dimethyl-3-(1-pyrimidin-2-ylpiperidin-4-yl)-1~{H}-pyridin-4-one × 4 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;35-42% Ethoxyethanol and 0.1M Mes pH 6.5-6.8. 5% glycerol used as cryoprotectant. Crystals were soaked to obtain ligand complex. 分辨率 1.97 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INHA_MYCTU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–269; UniProt 3–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5oir

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5oir
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5oir
沉积日期 deposition_date2017-07-19
结构标题 titleInhA (T2A mutant) complexed with 2,6-Dimethyl-3-(1-(pyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl)pyridin-4(1H)-one
关键词 keywordsInhibitor, complex, fragment based drug discovery, tuberculosis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.76
零角强度 I(0) i015644200.00
分子量 molecular_weight29696.0 kDa
排除体积 excluded_volume37178 ų
包络体积 envelope_volume42252 ų
水化壳体积 shell_volume19438 ų
包络直径 envelope_diameter61.0
壳层 Rg shell_rg24.50
包络 Rg envelope_rg18.15
形状 Rg shape_rg17.79
总 Rg total_rg18.66
总原子数 total_atoms2083
残基数 n_residues267
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.5
Rg (实空间) rg_real18.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real1.5640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15640000.0000
解质量估计 total_estimate0.8973
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.162
峰度 Kurtosis kurtosis-0.389
角度范围 angular_range— – 0.4200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3611000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5oira_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5oirA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)