5oma

CH3 chimera of human 14-3-3 sigma with the StARD1 peptide including Ser57

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–231 链 C; UniProt 1–231 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Undetermined peptide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M bis-Trispropane pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.248
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–231 链 D; UniProt 1–231 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M bis-Trispropane pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、542 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–234; UniProt 1–231 作者链 B; PDB构建体 4–234; UniProt 1–231 作者链 C; PDB构建体 4–234; UniProt 1–231 作者链 D; PDB构建体 4–234; UniProt 1–231

14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P49675

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 54–62 链 C; UniProt 54–62 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Undetermined peptide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M bis-Trispropane pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.248
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 54–62 链 D; UniProt 54–62 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M bis-Trispropane pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STAR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 240–248; UniProt 54–62 作者链 B; PDB构建体 240–248; UniProt 54–62 作者链 C; PDB构建体 240–248; UniProt 54–62 作者链 D; PDB构建体 240–248; UniProt 54–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5oma

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5oma
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5oma
沉积日期 deposition_date2017-07-28
结构标题 titleCH3 chimera of human 14-3-3 sigma with the StARD1 peptide including Ser57
关键词 keywords14-3-3 proteins, Protein chimera, phosphopeptide-binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.97
零角强度 I(0) i0176486000.00
分子量 molecular_weight103900.0 kDa
排除体积 excluded_volume128840 ų
包络体积 envelope_volume193280 ų
水化壳体积 shell_volume43585 ų
包络直径 envelope_diameter131.0
壳层 Rg shell_rg41.68
包络 Rg envelope_rg38.81
形状 Rg shape_rg39.97
总 Rg total_rg40.07
总原子数 total_atoms7284
残基数 n_residues922
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.4
Rg (实空间) rg_real40.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real1.7650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal176400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8297
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.5
偏度 Skewness skewness0.467
峰度 Kurtosis kurtosis-0.336
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11210000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.012

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5omaA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id5omaB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id5omaC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id5omaD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)