5wby

Crystal structure of mTOR(deltaN)-mLST8-PRAS40(beta-strand) complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 171.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1376–2549 片段:residues 1376-2549 Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 1 (Q96B36) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;tacsimate 分辨率 3.10 Å R-free 0.276
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1376–2549 片段:residues 1376-2549 Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 1 (Q96B36) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;tacsimate 分辨率 3.10 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–1177; UniProt 1376–2549 作者链 B; PDB构建体 4–1177; UniProt 1376–2549

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–326 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 1 (Q96B36) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;tacsimate 分辨率 3.10 Å R-free 0.276
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–326 未记录 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Proline-rich AKT1 substrate 1 × 1 (Q96B36) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;tacsimate 分辨率 3.10 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LST8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–328; UniProt 1–326 作者链 D; PDB构建体 3–328; UniProt 1–326

Proline-rich AKT1 substrate 1

Homo sapiens

UniProt Q96B36

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 114–207 片段:residues 114-207 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;tacsimate 分辨率 3.10 Å R-free 0.276
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 114–207 片段:residues 114-207 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 (Q9BVC4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;tacsimate 分辨率 3.10 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AKTS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 5–98; UniProt 114–207 作者链 P; PDB构建体 5–98; UniProt 114–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wby

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wby
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wby
沉积日期 deposition_date2017-06-29
结构标题 titleCrystal structure of mTOR(deltaN)-mLST8-PRAS40(beta-strand) complex
关键词 keywordsWD40, PRAS40 beta, complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.93
零角强度 I(0) i01463300000.00
分子量 molecular_weight316670.0 kDa
排除体积 excluded_volume395180 ų
包络体积 envelope_volume593060 ų
水化壳体积 shell_volume93388 ų
包络直径 envelope_diameter172.4
壳层 Rg shell_rg57.20
包络 Rg envelope_rg50.51
形状 Rg shape_rg51.92
总 Rg total_rg52.11
总原子数 total_atoms22243
残基数 n_residues2764
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax171.5
Rg (实空间) rg_real52.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.15
I(0) (实空间) i0_real1.4630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1464000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8893
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary62.9
偏度 Skewness skewness0.181
峰度 Kurtosis kurtosis-0.526
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha80810000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.857

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5wbyC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id5wbyD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)