5yvu

Crystal structures of unlinked full length NS3 from Dengue virus provide insights into dynamics of protease domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

Dengue virus 4

UniProt F8TEL4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1393–1439 链 B; UniProt 1475–2092 片段:UNP residues 1475-2092 突变:S135A 片段:UNP residues 1393-1439 Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;291 K;0.1M MES pH 6.4, 12% PEG6000 分辨率 2.49 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F8TEL4_9FLAV
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 10–627; UniProt 1475–2092 作者链 A; PDB构建体 9–55; UniProt 1393–1439

Pancreatic trypsin inhibitor

Bos taurus

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–90 片段:UNP residues 36-90 Genome polyprotein × 1 (F8TEL4) Genome polyprotein × 1 (F8TEL4) GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;291 K;0.1M MES pH 6.4, 12% PEG6000 分辨率 2.49 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–55; UniProt 36–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yvu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yvu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yvu
沉积日期 deposition_date2017-11-27
结构标题 titleCrystal structures of unlinked full length NS3 from Dengue virus provide insights into dynamics of protease domain
关键词 keywordsSERINE PROTEASE, NON-STRUCTURAL PROTEIN 3, DEAH HELICASE, FLAVIVIRUS, DENGUE, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.72
零角强度 I(0) i093580500.00
分子量 molecular_weight75327.0 kDa
排除体积 excluded_volume93784 ų
包络体积 envelope_volume121940 ų
水化壳体积 shell_volume34406 ų
包络直径 envelope_diameter104.9
壳层 Rg shell_rg36.47
包络 Rg envelope_rg30.59
形状 Rg shape_rg30.71
总 Rg total_rg31.25
总原子数 total_atoms5302
残基数 n_residues694
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.2
Rg (实空间) rg_real31.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real9.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal93580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8730
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.7
偏度 Skewness skewness0.428
峰度 Kurtosis kurtosis-0.382
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26230000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.882

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5yvui_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id5yvuB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5yvuB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5yvuI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)