5zc6

Solution structure of H-RasT35S mutant protein in complex with KBFM123

Method: SOLUTION NMR Dmax: 43.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPase HRas

Homo sapiens

UniProt P01112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–166 片段:UNP residues 1-166 突变:T35S GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 KBF 3-oxidanyl-~{N}-[[(2~{R})-oxolan-2-yl]methyl]naphthalene-2-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;278 K;离子强度(mmCIF原始值)50;压力 ambient NMR样品组成:0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] H-RasT35S, 3.0 mM KBFM123, 20 mM sodium phosphate, 40 mM sodium chloride, 8 mM MAGNESIUM ION, 0.8 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER, 80% D2O/20% d6-DMSO | 80% D2O/20% d6-DMSO 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 242 个其他 PDB 条目、324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5zc6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5zc6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5zc6
沉积日期 deposition_date2018-02-15
结构标题 titleSolution structure of H-RasT35S mutant protein in complex with KBFM123
关键词 keywordsInhibitor, Complex, Cancer, Small GTPases, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.77
零角强度 I(0) i01336440000.00
分子量 molecular_weight294480.0 kDa
排除体积 excluded_volume361820 ų
包络体积 envelope_volume34775 ų
水化壳体积 shell_volume17521 ų
包络直径 envelope_diameter51.7
壳层 Rg shell_rg22.82
包络 Rg envelope_rg16.40
形状 Rg shape_rg14.76
总 Rg total_rg14.91
总原子数 total_atoms40515
残基数 n_residues2490
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.8
Rg (实空间) rg_real15.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real1.3360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1336000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8348
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.5
偏度 Skewness skewness-0.031
峰度 Kurtosis kurtosis-0.568
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1295000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5zc6a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5zc6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)