6avu

Human alpha-V beta-3 Integrin (open conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 217.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-V

Homo sapiens

UniProt P06756

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–987 片段:UNP residues 31-987 Integrin beta-3 × 1 (P05106) Fab LM609 heavy chain × 1 Fab LM609 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 分辨率 35.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITAV_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–957; UniProt 31–987

Integrin beta-3

Homo sapiens

UniProt P05106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–718 片段:UNP residues 27-718 Integrin alpha-V × 1 (P06756) Fab LM609 heavy chain × 1 Fab LM609 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 分辨率 35.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB3_HUMAN
Isoform P05106-3
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–692; UniProt 27–718

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6avu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6avu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6avu
沉积日期 deposition_date2017-09-04
结构标题 titleHuman alpha-V beta-3 Integrin (open conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609
关键词 keywordsalpha-V beta-3 integrin, LM609, vitaxin, abegrin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron61.51
零角强度 I(0) i0349346000.00
分子量 molecular_weight124730.0 kDa
排除体积 excluded_volume143230 ų
包络体积 envelope_volume342980 ų
水化壳体积 shell_volume54443 ų
包络直径 envelope_diameter236.0
壳层 Rg shell_rg49.28
包络 Rg envelope_rg62.22
形状 Rg shape_rg61.54
总 Rg total_rg60.92
总原子数 total_atoms8913
残基数 n_residues1809
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax217.0
Rg (实空间) rg_real60.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.08
I(0) (实空间) i0_real3.4930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal348100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7669
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary75.1
偏度 Skewness skewness0.725
峰度 Kurtosis kurtosis0.163
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0007
最高正则化参数 α highest_alpha12480000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.518; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.739; Smooth: 0.672

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)