6axg

Structure of RasGRP4 in complex with HRas

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 172.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS guanyl-releasing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q8TDF6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 46–460 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 46–460 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 46–460 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 46–460 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 46–460 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 46–460 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–418; UniProt 46–460 作者链 C; PDB构建体 4–418; UniProt 46–460 作者链 E; PDB构建体 4–418; UniProt 46–460 作者链 G; PDB构建体 4–418; UniProt 46–460 作者链 I; PDB构建体 4–418; UniProt 46–460 作者链 K; PDB构建体 4–418; UniProt 46–460

GTPase HRas

Homo sapiens

UniProt P01112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–166 未记录 RAS guanyl-releasing protein 4 × 1 (Q8TDF6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–166 未记录 RAS guanyl-releasing protein 4 × 1 (Q8TDF6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–166 未记录 RAS guanyl-releasing protein 4 × 1 (Q8TDF6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–166 未记录 RAS guanyl-releasing protein 4 × 1 (Q8TDF6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–166 未记录 RAS guanyl-releasing protein 4 × 1 (Q8TDF6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–166 未记录 RAS guanyl-releasing protein 4 × 1 (Q8TDF6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate 分辨率 3.30 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 242 个其他 PDB 条目、319 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASH_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 5–170; UniProt 1–166 作者链 D; PDB构建体 5–170; UniProt 1–166 作者链 F; PDB构建体 5–170; UniProt 1–166 作者链 H; PDB构建体 5–170; UniProt 1–166 作者链 J; PDB构建体 5–170; UniProt 1–166 作者链 L; PDB构建体 5–170; UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6axg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6axg
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6axg
沉积日期 deposition_date2017-09-06
结构标题 titleStructure of RasGRP4 in complex with HRas
关键词 keywordsSIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.08
零角强度 I(0) i01586170000.00
分子量 molecular_weight329210.0 kDa
排除体积 excluded_volume410350 ų
包络体积 envelope_volume659790 ų
水化壳体积 shell_volume98176 ų
包络直径 envelope_diameter180.7
壳层 Rg shell_rg61.59
包络 Rg envelope_rg52.44
形状 Rg shape_rg55.09
总 Rg total_rg55.21
总原子数 total_atoms23168
残基数 n_residues2936
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.6
Rg (实空间) rg_real55.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.32
I(0) (实空间) i0_real1.5860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1588000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8559
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary80.1
偏度 Skewness skewness-0.079
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66320000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.811

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id6axgA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1
结构域编号 domain_id6axgA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
结构域编号 domain_id6axgB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6axgC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
结构域编号 domain_id6axgD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6axgE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
结构域编号 domain_id6axgF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6axgH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6axgI02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
结构域编号 domain_id6axgJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6axgK01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
结构域编号 domain_id6axgL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)