6bcu

Cryo-EM structure of the activated RHEB-mTORC1 refined to 3.4 angstrom

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 （Q9BVC4） Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR × 2 （Q8N122） Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 2 （Q13541） GTP-binding protein Rheb × 2 （Q15382） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTOR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 579–2549； UniProt 579–2549 作者链 B； PDB构建体 579–2549； UniProt 579–2549

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 （P42345） Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR × 2 （Q8N122） Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 2 （Q13541） GTP-binding protein Rheb × 2 （Q15382） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LST8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 E； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR

Homo sapiens

UniProt Q8N122

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 （P42345） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 （Q9BVC4） Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 2 （Q13541） GTP-binding protein Rheb × 2 （Q15382） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPTOR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 10–669； UniProt 2–661 作者链 W； PDB构建体 670–1343； UniProt 504–1177 作者链 Y； PDB构建体 10–669； UniProt 2–661 作者链 Y； PDB构建体 670–1343； UniProt 504–1177

Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q13541

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 （P42345） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 （Q9BVC4） Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR × 2 （Q8N122） GTP-binding protein Rheb × 2 （Q15382） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	4EBP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118 作者链 Z； PDB构建体 5–122； UniProt 1–118

GTP-binding protein Rheb

Homo sapiens

UniProt Q15382

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 2 （P42345） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 2 （Q9BVC4） Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR × 2 （Q8N122） Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 × 2 （Q13541） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHEB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 5–188； UniProt 1–184 作者链 S； PDB构建体 5–188； UniProt 1–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bcu
沉积日期 deposition_date	2017-10-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of the activated RHEB-mTORC1 refined to 3.4 angstrom
关键词 keywords	PIKK, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6bcu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6bcu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6bcu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.78 Å
Rg（电子密度）	76.19 Å
总 Rg	76.12 Å
原子数	119740
残基数	7494
排除体积	1066200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6bcu__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR
分子量 formula_weight	287399.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	119740

MLGTGPAAATTAATTSXXXXXXXXXXXXXXSRNEETXXXXXXXXXXXXXXXXXEMSQEEXTRFYDQLNHHIFELVSSSDANERKGGILAIASLIGVEGGNATRIGRFANYLRNLLPSNDPVVMEMASKAIGRLAMAGDTFTAEYVEFEVKRALEWLGADRNEGRRHAAVLVLRELAISVPTFFFQQVQPFFDNIFVAVWDPKQAIREGAVAALRACLILTTQREPKEMQKPQWYRHTFEEAEKGFDETLAKEKGMNRDDRIHGALLILNELVRISSMEGERLREEMEEITQQQLVHDKYCKDLMGFGTKPRHITPFTSFQAVQPQQSNALVGLLGYSSHQGLMGFGTSPSPAKSTXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXRNSKNSLIQMTILNLLPRLAAFRPSAFTDTQYLQDTMNHVLSCVKKEKERTAAFQALGLLSVAVRSEFKVYLPRVLDIIRAALPPKDFAHKRQKAMQVDATVFTCISMLARAMGPGIQQDIKELLEPMLAVGLSPALTAVLYDLSRQIPQLKKDIQDGLLKMLSLVLMXKPLRHPGMPKGLAHQLASPGLTTLPEASXVGSITLALRTLGSFEFEGHSLTQFVRHCADHFLNSEHKEIRMEAARTCSRLLTPSIHLISGHAHVVSQTAVQVVADVLSKLLVVGITDPDPDIRYCVLASLDERFDAHLAQAENLQALFVALNDQVFEIRELAICTVGRLSSMNPAFVMPFLRKMLIQILTELEHSGIGRIKEQSARMLGHLVSNAPRLIRPYMEPILKALILKLKDPDPDPNPGVINNVLATIGELAQVSGLEMRKWVDELFIIIMDMLQDSSLLAKRQVALWTLGQLVASTGYVVEPYRKYPTLLEVLLNFLKTEQNQGTRREAIRVLGLLGALDPYKHKVNIGMIDQSRDASAVSLSESKSSQDSSDYSTSEMLVNMGNLPLDEFYPAVSMVALMRIFRDQSLSHHHTMVVQAITFIFKSLGLKCVQFLPQVMPTFLNVIRVCDGAIREFLFQQLGMLVSFVKSHIRPYMDEIVTLMREFWVMNTSIQSTIILLIEQIVVALGGEFKLYLPQLIPHMLRVFMHDNSPGRIVSIKLLAAIQLFGANLDDYLHLLLPPIVKLFDAPEAPLPSRKAALETVDRLTESLDFTDYASRIIHPIVRTLDQSPELRSTAMDTLSSLVFQLGKKYQIFIPMVNKVLVRHRINHQRYDVLICRIVKGYTLADEEEDPLIYQHRMLRSGQGDALASGPVETGPMKKLHVSTINLQKAWGAARRVSKDDWLEWLRRLSLELLKDSSSPSLRSCWALAQAYNPMARDLFNAAFVSCWSELNEDQQDELIRSIELALTSQDIAEVTQTLLNLAEFMEHSDKGPLPLRDDNGIVLLGERAAKCRAYAKALHYKELEFQKGPTPAILESLISINNKLQQPEAAAGVLEYAMKHFGELEIQATWYEKLHEWEDALVAYDKKMDTNKDDPELMLGRMRCLEALGEWGQLHQQCCEKWTLVNDETQAKMARMAAAAAWGLGQWDSMEEYTCMIPRDTHDGAFYRAVLALHQDLFSLAQQCIDKARDLLDAELTAMAGESYSRAYGAMVSCHMLSELEEVIQYKLVPERREIIRQIWWERLQGCQRIVEDWQKILMVRSLVVSPHEDMRTWLKYASLCGKSGRLALAHKTLVLLLGVDPSRQLDHPLPTVHPQVTYAYMKNMWKSARKIDAFQHMQHFVQTMQQQAQHAIATEDQQHKQELHKLMARCFLKLGEWQLNLQGINESTIPKVLQYYSAATEHDRSWYKAWHAWAVMNFEAVLHYKHQNQARDEKKKLRHASGANITNATTAATTAATATTTASTEGSNSESEAESTENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTLWFDYGHWPDVNEALVEGVKAIQIDTWLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVASKSTTTARHNAANKILKNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLELAVPGTYDPNQPIIRIQSIAPSLQVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSIQRYAVIPLSTNSGLIGWVPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTRSLAVMSMVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLTRMLTNAMEVTGLDGNYRITCHTVMEVLREHKDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSVEILDGVELGEPAHKKTGTTVPESIHSFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATSHENLCQCYIGWCPFW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Target of rapamycin complex subunit LST8
分子量 formula_weight	35910.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MNTSPGTVGSDPVILATAGYDHTVRFWQAHSGICTRTVQHQDSQVNALEVTPDRSMIAAAGYQHIRMYDLNSNNPNPIISYDGVNKNIASVGFHEDGRWMYTGGEDCTARIWDLRSRNLQCQRIFQVNAPINCVCLHPNQAELIVGDQSGAIHIWDLKTDHNEQLIPEPEVSITSAHIDPDASYMAAVNSTGNCYVWNLTGGIGDEVTQLIPKTKIPAHTRYALQCRFSPDSTLLATCSADQTCKIWRTSNFSLMTELSIKSGNPGESSRGWMWGCAFSGDSQYIVTASSDNLARLWCVETGEIKREYGGHQKAVVCLAFNDSVLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR
分子量 formula_weight	150197.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,Y

MDYKDDDDKESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTPCARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTVNGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNCIQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAITDTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEGTAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLLQSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIAICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTIDHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSVSSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLIGVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPASSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFCDWSARYFAQPVMKIPEEHDLESQIRKEREWRFLRNSRVRRQAQQVIQKGITRLDDQIFLNRNPGVPSVVKFHPFTPCIAVADKDSICFWDWEKGEKLDYFHNGNPRYTRVTAMEYLNGQDCSLLLTATDDGAIRVWKNFADLEKNPEMVTAWQGLSDMLPTTRGAGMVVDWEQETGLLMSSGDVRIVRIWDTDREMKVQDIPTGADSCVTSLSCDSHRSLIVAGLGDGSIRVYDRRMALSECRVMTYREHTAWVVKASLQKRPDGHIVSVSVNGDVRIFDPRMPESVNVLQIVKGLTALDIHPQADLIACGSVNQFTAIYNSSGELINNIKYYDGFMGQRVGAISCLAFHPHWPHLAVGSNDYYISVYSVEKRVR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
分子量 formula_weight	12951.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Z

GSGRMSGGSSCSQTPSRAIPATRRVVLGDGVQLPPGDYSTTPGGTLFSTTPGGTRIIYDRKFLMECRNSPVTKTPPRDLPTIPGVTSPSSDEPPMEASQSHLRNSPEDKRAGGEESQFEMDI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	GTP-binding protein Rheb
分子量 formula_weight	20877.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,R

GSGRMPQSKSRKIAILGYRSVGKSSLTIQFVEGQFVDSYDPTIENTFTKLITVNGQEYHLQLVDTAGQDEYSIFPQTYSIDINGYILVYSVTSIKSFEVIKVIHGKLLDMVGKVQIPIMLVGNKKDLHMERVISYEEGKALAESWNAAFLESSAKENQTAVDVFRRIILEAEKMDGAASQGKSSCSVM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	3.800 Å
R 因子 r_factor	0.3244
R_work r_work	0.3244
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198237

Cryo-EM structure of the activated RHEB-mTORC1 refined to 3.4 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Target of rapamycin complex subunit LST8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulatory-associated protein of mTOR,Regulatory-associated protein of mTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GTP-binding protein Rheb

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bcu__assembly_1__model_1

6bcu__assembly_1__model_1 | I(q)

6bcu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)