6bns

STRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN BOUND TETHERED WITH SRC co-activator peptide and Compound 25a AKA BICYCLIC HEXAFLUOROISOPROPYL 2 ALCOHOL SULFONAMIDES

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 Chimera

Homo sapiens

UniProt O75469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–434 链 B; UniProt 130–434 未记录 XGH 2-[(2S)-4-[(4-fluorophenyl)sulfonyl]-7-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxypropan-2-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazin-2-yl]-N-(2-hydroxy-2-methylpropyl)acetamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296 K;0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 10-15%(V/V)PEG10K.Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen 分辨率 2.56 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 79 个其他 PDB 条目、109 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR1I2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–312; UniProt 130–434 作者链 B; PDB构建体 8–312; UniProt 130–434

Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 Chimera

Homo sapiens

UniProt Q15788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 678–710 链 B; UniProt 678–710 未记录 XGH 2-[(2S)-4-[(4-fluorophenyl)sulfonyl]-7-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxypropan-2-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazin-2-yl]-N-(2-hydroxy-2-methylpropyl)acetamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296 K;0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 10-15%(V/V)PEG10K.Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen 分辨率 2.56 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA1_HUMAN
Isoform Q15788-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 319–351; UniProt 678–710 作者链 B; PDB构建体 319–351; UniProt 678–710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bns

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bns
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bns
沉积日期 deposition_date2017-11-17
结构标题 titleSTRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN BOUND TETHERED WITH SRC co-activator peptide and Compound 25a AKA BICYCLIC HEXAFLUOROISOPROPYL 2 ALCOHOL SULFONAMIDES
关键词 keywordsNUCLEAR RECEPTOR, MULTIPLE BINDING MODES, XENOBIOTIC, PROMISCUOUS, LIGAND, NUCLEAR HORMONE RECEPTOR, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.79
零角强度 I(0) i062128900.00
分子量 molecular_weight64092.0 kDa
排除体积 excluded_volume80739 ų
包络体积 envelope_volume102170 ų
水化壳体积 shell_volume27715 ų
包络直径 envelope_diameter111.0
壳层 Rg shell_rg36.89
包络 Rg envelope_rg32.68
形状 Rg shape_rg32.76
总 Rg total_rg33.26
总原子数 total_atoms4505
残基数 n_residues569
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.0
Rg (实空间) rg_real32.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real6.2130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62120000.0000
解质量估计 total_estimate0.7951
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.5
偏度 Skewness skewness0.473
峰度 Kurtosis kurtosis-0.599
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22040000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.655; Smooth: 0.611

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6bnsA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id6bnsB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)