6c1e

NavAb NormoPP mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

Arcobacter butzleri (strain RM4018)

UniProt A8EVM5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–267 链 B; UniProt 1–267 突变:C235I, H123R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 BNC 5-BETA-24-NOR-CHOLANE-3(ALPHA),7(ALPHA),12(ALPHA)-TRIOL × 2 UHH (3ALPHA,5ALPHA,7ALPHA,8ALPHA,12ALPHA,14BETA,17ALPHA)-3,7,12-TRIHYDROXYCHOL-1-EN-24-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;277 K;ammonium sulphate, Na-citrate 分辨率 2.86 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 71 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8EVM5_ARCB4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–285; UniProt 1–267 作者链 B; PDB构建体 19–285; UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6c1e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6c1e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c1e
沉积日期 deposition_date2018-01-04
结构标题 titleNavAb NormoPP mutant
关键词 keywordsMutant, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.25
零角强度 I(0) i036556800.00
分子量 molecular_weight58580.0 kDa
排除体积 excluded_volume78387 ų
包络体积 envelope_volume101200 ų
水化壳体积 shell_volume29995 ų
包络直径 envelope_diameter96.7
壳层 Rg shell_rg34.97
包络 Rg envelope_rg29.02
形状 Rg shape_rg29.27
总 Rg total_rg29.93
总原子数 total_atoms4118
残基数 n_residues442
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.3
Rg (实空间) rg_real30.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real3.6560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36560000.0000
解质量估计 total_estimate0.9128
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.8
偏度 Skewness skewness0.103
峰度 Kurtosis kurtosis-0.649
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2653000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.978; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.942

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6c1ea_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels
结构域编号 domain_idd6c1eb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)