SAXSdb — 6c1e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

Arcobacter butzleri (strain RM4018)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 5-BETA-24-NOR-CHOLANE-3(ALPHA),7(ALPHA),12(ALPHA)-TRIOL × 2 (3ALPHA,5ALPHA,7ALPHA,8ALPHA,12ALPHA,14BETA,17ALPHA)-3,7,12-TRIHYDROXYCHOL-1-EN-24-AMIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8EVM5_ARCB4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–285； UniProt 1–267 作者链 B； PDB构建体 19–285； UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c1e
沉积日期 deposition_date	2018-01-04
结构标题 title	NavAb NormoPP mutant
关键词 keywords	Mutant, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c1e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c1e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c1e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.90 Å
Rg（电子密度）	32.83 Å
总 Rg	33.37 Å
原子数	8236
残基数	884
排除体积	156770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c1e__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ion transport protein
分子量 formula_weight	33004.9 kDa
突变 mutation	C235I, H123R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4118

MDYKDDDDKGSLVPRGSHMYLRITNIVESSFFTKFIIYLIVLNGITMGLETSKTFMQSFGVYTTLFNQIVITIFTIEIILRIYVHRISFFKDPWSLFDFFVVAISLVPTSSGFEILRVLRVLGLFRLVTAVPQMRKIVSALISVIPGMLSVIALMTLFFYIFAIMATQLFGERFPEWFGTLGESFYTLFQVMTLESWSMGIVRPLMEVYPYAWVFFIPFIFVVTFVMINLVVAICVDAMAILNQKEEQHIIDEVQSHEDNINNEIIKLREEIVELKELIKTSLKN

来源 Source

来源生物 organism	Arcobacter butzleri (strain RM4018)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	367737
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	678.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-BETA-24-NOR-CHOLANE-3(ALPHA),7(ALPHA),12(ALPHA)-TRIOL
分子量 formula_weight	364.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(3ALPHA,5ALPHA,7ALPHA,8ALPHA,12ALPHA,14BETA,17ALPHA)-3,7,12-TRIHYDROXYCHOL-1-EN-24-AMIDE
分子量 formula_weight	405.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6c1ea_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamily	f.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family family	f.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

结构域编号 domain_id	d6c1eb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamily	f.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family family	f.14.1.2 — Voltage-gated Na/Ca cation channels

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晶胞边长 a length_a	126.775 Å
晶胞边长 b length_b	126.997 Å
晶胞边长 c length_c	192.287 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.860 Å
最低分辨率 resolution_low	42.500 Å
R 因子 r_factor	0.2139
R_work r_work	0.2125
R_free r_free	0.2399

NavAb NormoPP mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c1e__assembly_1__model_1

6c1e__assembly_1__model_1 | I(q)

6c1e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

NavAb NormoPP mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c1e__assembly_1__model_1

6c1e__assembly_1__model_1 | I(q)

6c1e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)