6c6f

Structure of glycolipid aGSA[26,P5p] in complex with mouse CD1d

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

Mus musculus

UniProt A0A0R4J090

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–297 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELS N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-8-oxo-8-[(4-pentylphenyl)amino]-1-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetr ahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}octan-2-yl]hexacosanamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;295 K;20% PEG 3350, 8% Tacsimate 分辨率 1.67 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0R4J090_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–279; UniProt 19–297

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 (A0A0R4J090) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELS N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-8-oxo-8-[(4-pentylphenyl)amino]-1-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetr ahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}octan-2-yl]hexacosanamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;295 K;20% PEG 3350, 8% Tacsimate 分辨率 1.67 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、483 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6c6f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6c6f
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c6f
沉积日期 deposition_date2018-01-18
结构标题 titleStructure of glycolipid aGSA[26,P5p] in complex with mouse CD1d
关键词 keywordsGlycolipid-antigen presentation, MHC-fold, Ig-fold, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.60
零角强度 I(0) i031858600.00
分子量 molecular_weight43891.0 kDa
排除体积 excluded_volume55044 ų
包络体积 envelope_volume66964 ų
水化壳体积 shell_volume24009 ų
包络直径 envelope_diameter81.6
壳层 Rg shell_rg30.22
包络 Rg envelope_rg23.77
形状 Rg shape_rg23.57
总 Rg total_rg24.51
总原子数 total_atoms3088
残基数 n_residues361
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.5
Rg (实空间) rg_real24.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real3.1860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31860000.0000
解质量估计 total_estimate0.7473
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.8
偏度 Skewness skewness0.317
峰度 Kurtosis kurtosis-0.443
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4457000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.972

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6c6fa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6c6fa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6c6fb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6c6fA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id6c6fA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6c6fB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)