6dd5

Crystal Structure of the Cas6 Domain of Marinomonas mediterranea MMB-1 Cas6-RT-Cas1 Fusion Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1

Marinomonas mediterranea MMB-1

UniProt F2K1V9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–306 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;295 K;0.1 M Sodium Acetate, 2.5 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.85 Å R-free 0.225
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 3–306 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;295 K;0.1 M Sodium Acetate, 2.5 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.85 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2K1V9_MARM1
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 375–678; UniProt 3–306 作者链 B; PDB构建体 375–678; UniProt 3–306

MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1

Marinomonas mediterranea MMB-1

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–384 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;295 K;0.1 M Sodium Acetate, 2.5 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.85 Å R-free 0.225
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–384 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.2;295 K;0.1 M Sodium Acetate, 2.5 M Ammonium Sulfate 分辨率 2.85 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、147 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–359; UniProt 27–384 作者链 B; PDB构建体 2–359; UniProt 27–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dd5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dd5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dd5
沉积日期 deposition_date2018-05-09
结构标题 titleCrystal Structure of the Cas6 Domain of Marinomonas mediterranea MMB-1 Cas6-RT-Cas1 Fusion Protein
关键词 keywordsCrispr Cas Protein, Endoribonuclease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.37
零角强度 I(0) i0321637000.00
分子量 molecular_weight145700.0 kDa
排除体积 excluded_volume182330 ų
包络体积 envelope_volume235500 ų
水化壳体积 shell_volume52944 ų
包络直径 envelope_diameter125.5
壳层 Rg shell_rg43.46
包络 Rg envelope_rg35.76
形状 Rg shape_rg36.37
总 Rg total_rg36.82
总原子数 total_atoms10268
残基数 n_residues1297
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.5
Rg (实空间) rg_real36.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real3.2160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal321700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8999
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.0
偏度 Skewness skewness0.178
峰度 Kurtosis kurtosis-0.529
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha78930000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.864

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)