6gys

Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B × 4 （P40969） Suppressor of kinetochore protein 1 × 2 （P52286） Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A × 2 （P32504） DNA (52-MER) × 1 DNA (52-MER) × 1 ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF3C_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478 作者链 H； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40969

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C × 2 （P35203） Suppressor of kinetochore protein 1 × 2 （P52286） Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A × 2 （P32504） DNA (52-MER) × 1 DNA (52-MER) × 1 ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF3B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608 作者链 C； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608 作者链 I； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608 作者链 J； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608

Suppressor of kinetochore protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P52286

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C × 2 （P35203） Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B × 4 （P40969） Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A × 2 （P32504） DNA (52-MER) × 1 DNA (52-MER) × 1 ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194 作者链 K； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C × 2 （P35203） Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B × 4 （P40969） Suppressor of kinetochore protein 1 × 2 （P52286） DNA (52-MER) × 1 DNA (52-MER) × 1 ZINC ION × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF3A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–956； UniProt 1–956 作者链 L； PDB构建体 1–956； UniProt 1–956

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gys
沉积日期 deposition_date	2018-07-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore
关键词 keywords	Complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gys__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gys__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gys__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.63 Å
Rg（电子密度）	77.92 Å
总 Rg	77.81 Å
原子数	38890
残基数	4545
排除体积	690740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gys__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
分子量 formula_weight	56416.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	38890

MPSFNPVRFLELPIDIRKEVYFHLDGNFCGAHPYPIDILYKSNDVELPGKPSYKRSKRSKKLLRYMYPVFATYLNIFEYSPQLIEKWLEYAFWLRYDCLVLDCFKVNHLYDGTLIDALEWTYLDNELRLAYFNKASMLEVWYTFKEYKKWVIDSVAFDELDLLNVSNIQFNIDNLTPQLVDKCLSILEQKDLFATIGEVQFGQDEEVGEEKDVDVSGANSDENSSPSSTIKNKKRSASKRSHSDNGNVGATHNQLTSISVIRTIRSMESMKSLRKITVRGEKLYELLINFHGFRDNPGKTISYIVKRRINEIRLSRMNQISRTGLADFTRWDNLQKLVLSRVAYIDLNSIVFPKNFKSLTMKRVSKIKWWNIEENILKELKVDKRTFKSLYIKEDDSKFTKFFNLRHTRIKELDKSEINQITYLRCQAIVWLSFRTLNHIKLQNVSEVFNNIIVPRALFDSKRVEIYRCEKISQVLVI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
分子量 formula_weight	71439.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,I,J

MFNRTTQLKSKHPCSVCTRRKVKCDRMIPCGNCRKRGQDSECMKSTKLITASSSKEYLPDLLLFWQNYEYWITNIGLYKTKQRDLTRTPANLDTDTEECMFWMNYLQKDQSFQLMNFAMENLGALYFGSIGDISELYLRVEQYWDRRADKNHSVDGKYWDALIWSVFTMCIYYMPVEKLAEIFSVYPLHEYLGSNKRLNWEDGMQLVMCQNFARCSLFQLKQCDFMAHPDIRLVQAYLILATTTFPYDEPLLANSLLTQCIHTFKNFHVDDFRPLLNDDPVESIAKVTLGRIFYRLCGCDYLQSGPRKPIALHTEVSSLLQHAAYLQDLPNVDVYREENSTEVLYWKIISLDRDLDQYLNKSSKPPLKTLDAIRRELDIFQYKVDSLEEDFRSNNSRFQKFIALFQISTVSWKLFKMYLIYYDTADSLLKVIHYSKVIISLIVNNFHAKSEFFNRHPMVMQTITRVVSFISFYQIFVESAAVKQLLVDLTELTANLPTIFGSKLDKLVYLTERLSKLKLLWDKVQLLDSGDSFYHPVFKILQNDIKIIELKNDEMFSLIKGLGSLVPLNKLRQESLLEEEDENNTEPSDFRTIVEEFQSEYNISDILS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Suppressor of kinetochore protein 1
分子量 formula_weight	22357.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,K

MVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMHDSNLQNNSDSESDSDSETNHKSKDNNNGDDDDEDDDEIVMPVPNVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRGRSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A
分子量 formula_weight	112066.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L

MRSSILFLLKLMKIMDVQQQQEAMSSEDRFQELVDSLKPRTAHQYKTYYTKYIQWCQLNQIIPTPEDNSVNSVPYKDLPISAELIHWFLLDTLITDDKPGEKREETEDLDEEEENSFKIATLKKIIGSLNFLSKLCKVHENPNANIDTKYLESVTKLHTHWIDSQKAITTNETNNTNTQVLCPPLLKVSLNLWNPETNHLSEKFFKTCSEKLRFLVDFQLRSYLNLSFEERSKIRFGSLKLGKRDRDAIIYHKVTHSAEKKDTPGHHQLLALLPQDCPFICPQTTLAAYLYLRFYGIPSVSKGDGFPNLNADENGSLLQDIPILRGKSLTTYPREETFSNYYTTVFRYCHLPYKRREYFNKCNLVYPTWDEDTFRTFFNEENHGNWLEQPEAFAFPDKIPFDFKKIMNFKSPYTSYSTNAKKDPFPPPKDLLVQIFPEIDEYKRHDYEGLSQNSRDFLDLMEVLRERFLSNLPWIYKFFPNHDIFQDPIFGNSDFQSYFNDKTIHSKGSPILSFDILPGFNKIYKNKTNFYSLLIERPSQLTFASSHNPDTHPTQKQESEGPLQMSQLDTTQLNELLKQQSFEYVQFQTLSNFQILLSVFNKIFEKLEMKKSSRGYILHQLNLFKITLDERIKKSKIDDADKFIRDNQPIKKEENIVNEDGPNTSRRTKRPKQIRLLSIADSSDESSTEDSNVFKKDGESIEDGAYGENEDENDSEMQEQLKSMINELINSKISTFLRDQMDQFELKINALLDKILEEKVTRIIEQKLGSHTGKFSTLKRPQLYMTEEHNVGFDMEVPKKLRTSGKYAETVKDNDDHQAMSTTASPSPEQDQEAKSYTDEQEFMLDKSIDSIEGIILEWFTPNAKYANQCVHSMNKSGNKSWRANCEALYKERKSIVEFYIYLVNHESLDRYKAVDICEKLRDQNEGSFSRLAKFLRKWRHDHQNSFDGLLVYLSN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (52-MER)
分子量 formula_weight	16168.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTAAAATATTAGTGTATTTGATTTCCGAAAGTTAAAAAAGAAATAGTAAGAA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (52-MER)
分子量 formula_weight	15856.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

TTCTTACTATTTCTTTTTTAACTTTCGGAAATCAAATACACTAATATTTTAA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	22668

Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Suppressor of kinetochore protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gys__assembly_1__model_1

6gys__assembly_1__model_1 | I(q)

6gys__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)