6hok

Structure of Beclin1 LIR (S96E) motif bound to GABARAP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beclin-1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

Homo sapiens

UniProt O95166

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–112 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.6 M ammonium sulfate, 100 mM TRIS pH 8.5, 10 % Glycerol 分辨率 1.61 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRAP_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–127; UniProt 1–112

Beclin-1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

Homo sapiens

UniProt Q14457

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 93–105 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.6 M ammonium sulfate, 100 mM TRIS pH 8.5, 10 % Glycerol 分辨率 1.61 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BECN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–13; UniProt 93–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6hok

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6hok
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6hok
沉积日期 deposition_date2018-09-17
结构标题 titleStructure of Beclin1 LIR (S96E) motif bound to GABARAP
关键词 keywordsAutophagy, ATG8, LIR, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.10
零角强度 I(0) i03923450.00
分子量 molecular_weight14524.0 kDa
排除体积 excluded_volume18395 ų
包络体积 envelope_volume22403 ų
水化壳体积 shell_volume12615 ų
包络直径 envelope_diameter68.4
壳层 Rg shell_rg20.94
包络 Rg envelope_rg17.40
形状 Rg shape_rg16.09
总 Rg total_rg17.12
总原子数 total_atoms1030
残基数 n_residues127
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.9
Rg (实空间) rg_real17.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real3.9230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6670e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3923000.0000
解质量估计 total_estimate0.7402
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.3
偏度 Skewness skewness0.799
峰度 Kurtosis kurtosis1.057
角度范围 angular_range— – 0.4650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha983200.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.329; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.649; Smooth: 0.983

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6hoka_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6hokA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)