6nzo

Set2 bound to nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A × 2 （P0CH09,Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (149-MER) × 1 DNA (149-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase × 1 （G0S676） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A × 2 （P0CH09,Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (149-MER) × 1 DNA (149-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase × 1 （G0S676） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt P0CH09

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (149-MER) × 1 DNA (149-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase × 1 （G0S676） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL40B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–95； UniProt 1–75 作者链 G； PDB构建体 21–95； UniProt 1–75

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (149-MER) × 1 DNA (149-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase × 1 （G0S676） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 109–221； UniProt 18–130 作者链 G； PDB构建体 109–221； UniProt 18–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A × 2 （P0CH09,Q6AZJ8） DNA (149-MER) × 1 DNA (149-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase × 1 （G0S676） ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126

Histone-lysine N-methyltransferase

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0S676

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A × 2 （P0CH09,Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (149-MER) × 1 DNA (149-MER) × 1 ZINC ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S676_CHATD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–939； UniProt 1–939

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nzo
沉积日期 deposition_date	2019-02-14
结构标题 title	Set2 bound to nucleosome
关键词 keywords	Set2, nucleosome, chromatin, KMT, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nzo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nzo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nzo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.02 Å
Rg（电子密度）	41.11 Å
总 Rg	41.61 Å
原子数	13738
残基数	1275
排除体积	225330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nzo__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15437.1 kDa
突变 mutation	K36M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13738

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVMKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A
分子量 formula_weight	24045.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MDSPDLHHHHHHGTLVPRGSMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGTSSGGSGGSGGSGRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13655.9 kDa
突变 mutation	S29T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (149-MER)
分子量 formula_weight	45764.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (149-MER)
分子量 formula_weight	46222.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase
分子量 formula_weight	105425.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MEASDRASGPTAGSKSEERTKQNGPRSKKEDASDSSTSTGSKSASRSSSATTMSPDDAKPADDSALAQENGVAPKPSRKSSKLPPRNPPQLFNHLPDATEEACRTFQVISDCLYGSRNMGSSDHDALDCDCAEDWRDGKNHACGEDSDCINRATKIECVIGDCNCGEGCQNQRFQRKQYAKVSVIKTEKKGYGLRADTDLQPNDFIYEYVGEVINEPTFRSRMLKYDKEGIKHFYFMSLTKNEFVDATKKGNLGRFCNHSCNPNCYVDKWVVGDKLRMGIFAARYIKAGEELVFNYNVDRYGADPQPCYCGEPNCVGFIGGKTQTERATKLPLATIEALGIEDGDSWDTTVAKKPRKKKASETDEEYVNSLQPKALDEDGVNKVMATLMQCKEKWIAVKLLSRLQATQDDHLRHRVVRMHGYQILKSTLNAFKHDNNVVLQVLDILYNLPRITKNKISDSNIEAVVQPLASSSDERVAFEAKRLLEEWDKLETAYRIPRKKDGRVVSAIANSFEEERRSNREEPTKPADPLANVVIPTGPRSNIPQRNANYYNGVRPRKPPTNLPEGWFVTVDKKTGKYYFYDVNGKVQWQRPTAPAITTPKPSVKAQQDQKALQDIIDSLTKEPTPRQSAGHTPQRSSTPATEPKKEKWRSLPIEKQMKIYENTLFPHVKYVMDKFHGKLPREDLKKFARDVNKKLVASDYKHNRVQDPTVPLSSKQAKKVRKYVYDFFDRALQKYLEYQKRKAQYTSKEGMQSSQTEQNTATPTGTLGKDVDEVMSDVEAPNSSPQSTSSAGRKRKRDDDQDGDHDMRSPADEDAATSSDPPSVKRIKEDDGTGNDVIPSPPPPPPPPAEIPMTEEERSMREQEEALMRENEEAQRLEDEAKRKQLELQNGLAAAKNAGIELGSASFTVSGEPMDVDNDGPPPQEQAQQQKQAVMSH

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6nzoA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6nzoH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	65000

Set2 bound to nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nzo__assembly_1__model_1

6nzo__assembly_1__model_1 | I(q)

6nzo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer