6o7u

Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 133.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform

物种未注明

UniProt P37296

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–890 未记录 V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STV1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–890; UniProt 1–890

V0 assembly protein 1

物种未注明

UniProt P53262

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 b; UniProt 1–265 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VOA1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–265; UniProt 1–265

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

物种未注明

UniProt P23968

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 c; UniProt 1–213 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VATO_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 c; PDB构建体 1–213; UniProt 1–213

V-type proton ATPase subunit d

物种未注明

UniProt P32366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 d; UniProt 1–345 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VA0D_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–345; UniProt 1–345

V-type proton ATPase subunit e

物种未注明

UniProt Q3E7B6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 e; UniProt 1–73 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VA0E_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–73; UniProt 1–73

Putative protein YPR170W-B

物种未注明

UniProt P0C5R9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 f; UniProt 1–85 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 YP17B_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–85; UniProt 1–85

V-type proton ATPase subunit c

物种未注明

UniProt P25515

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 g; UniProt 1–160 链 h; UniProt 1–160 链 i; UniProt 1–160 链 j; UniProt 1–160 链 k; UniProt 1–160 链 l; UniProt 1–160 链 m; UniProt 1–160 链 n; UniProt 1–160 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VATL1_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 h; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 i; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 j; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 k; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 l; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 m; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 n; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160

;V-type proton ATPase subunit c' ;

物种未注明

UniProt P32842

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 o; UniProt 1–164 未记录 V-type proton ATPase subunit a, Golgi isoform × 1 (P37296) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Putative protein YPR170W-B × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATL2_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 o; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6o7u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6o7u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6o7u
沉积日期 deposition_date2019-03-08
结构标题 titleSaccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-VO
关键词 keywordsProton pump, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.44
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.59
零角强度 I(0) i01118880000.00
分子量 molecular_weight302060.0 kDa
排除体积 excluded_volume388500 ų
包络体积 envelope_volume520980 ų
水化壳体积 shell_volume96261 ų
包络直径 envelope_diameter140.8
壳层 Rg shell_rg52.05
包络 Rg envelope_rg41.66
形状 Rg shape_rg42.59
总 Rg total_rg43.03
总原子数 total_atoms21268
残基数 n_residues2832
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.4
Rg (实空间) rg_real43.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19
I(0) (实空间) i0_real1.1190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1119000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8906
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.6
偏度 Skewness skewness0.063
峰度 Kurtosis kurtosis-0.489
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha95870000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.919

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

结构域编号 domain_idd6o7ud_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.40 — V-type ATP synthase subunit C
超家族 Superfamily superfamilyf.40.1 — V-type ATP synthase subunit C
家族 Family familyf.40.1.1 — V-type ATP synthase subunit C
结构域编号 domain_idd6o7ug1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7ug2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7uh1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7uh2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7ui1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7ui2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7uj1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7uj2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7uk1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7uk2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7ul1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7ul2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7um1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7um2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7un1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.1 — F1F0 ATP synthase subunit C or V-type proton ATPase subunit c
结构域编号 domain_idd6o7un2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7uo1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o7uo2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.1 — Rotary ATPase ring subunits
家族 Family familyf.17.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6o7uc01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily610 — lithium bound rotor ring of v- atpase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)