6odf

EEEV glycoproteins bound with heparan sulfate

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 190.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1

Eastern equine encephalitis virus

UniProt E9KXM2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 480 其他聚合物 360 PDB 声明:480-meric(480) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 C; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 G; UniProt 802–1242 片段:UNP residues 802-1242 E2 × 240 (E9KXL2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 360 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 C; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 G; UniProt 802–1242 片段:UNP residues 802-1242 E2 × 4 (E9KXL2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 40 其他聚合物 30 PDB 声明:40-meric(40) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 C; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 G; UniProt 802–1242 片段:UNP residues 802-1242 E2 × 20 (E9KXL2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 30 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 48 其他聚合物 36 PDB 声明:48-meric(48) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 C; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 G; UniProt 802–1242 片段:UNP residues 802-1242 E2 × 24 (E9KXL2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 36 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
5 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1242 链 C; UniProt 802–1242 链 E; UniProt 802–1242 链 G; UniProt 802–1242 片段:UNP residues 802-1242 E2 × 4 (E9KXL2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9KXM2_EEEV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242 作者链 C; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242 作者链 E; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242 作者链 G; PDB构建体 1–441; UniProt 802–1242

E2

Eastern equine encephalitis virus

UniProt E9KXL2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 480 其他聚合物 360 PDB 声明:480-meric(480) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 D; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 H; UniProt 325–744 片段:UNP residues 325-744 E1 × 240 (E9KXM2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 360 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 D; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 H; UniProt 325–744 片段:UNP residues 325-744 E1 × 4 (E9KXM2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 40 其他聚合物 30 PDB 声明:40-meric(40) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 D; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 H; UniProt 325–744 片段:UNP residues 325-744 E1 × 20 (E9KXM2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 30 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 48 其他聚合物 36 PDB 声明:48-meric(48) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 D; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 H; UniProt 325–744 片段:UNP residues 325-744 E1 × 24 (E9KXM2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 36 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å
5 其他组合 异源复合物 蛋白 × 8 其他聚合物 6 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 325–744 链 D; UniProt 325–744 链 F; UniProt 325–744 链 H; UniProt 325–744 片段:UNP residues 325-744 E1 × 4 (E9KXM2) ;2-O-sulfo-beta-L-galactopyranuronic acid-(1-4)-[(2R,3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(sulfooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]sulfamic acid ; × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;Tris cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9KXL2_EEEV
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 D; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 F; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 H; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6odf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6odf
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6odf
沉积日期 deposition_date2019-03-26
结构标题 titleEEEV glycoproteins bound with heparan sulfate
关键词 keywordsEEEV, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.76
零角强度 I(0) i02057230000.00
分子量 molecular_weight377080.0 kDa
排除体积 excluded_volume470360 ų
包络体积 envelope_volume731930 ų
水化壳体积 shell_volume106630 ų
包络直径 envelope_diameter199.6
壳层 Rg shell_rg59.89
包络 Rg envelope_rg56.04
形状 Rg shape_rg56.68
总 Rg total_rg57.09
总原子数 total_atoms26512
残基数 n_residues3396
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax190.1
Rg (实空间) rg_real56.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.64
I(0) (实空间) i0_real2.0570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2058000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8797
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.9
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.363
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha82530000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.847

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)