6qhl

14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–248 未记录 Transcription factor p65 × 2 (Q04206) GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;277 K;0.095 M HEPES Na pH 7.1, 28% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol 分辨率 1.20 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–253; UniProt 1–248

Transcription factor p65

Homo sapiens

UniProt Q04206

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 38–51 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein sigma × 2 (P31947) GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;277 K;0.095 M HEPES Na pH 7.1, 28% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol 分辨率 1.20 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、82 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF65_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–14; UniProt 38–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6qhl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6qhl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6qhl
沉积日期 deposition_date2019-01-16
结构标题 title14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45
关键词 keywords14-3-3, p65, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.10
零角强度 I(0) i014271800.00
分子量 molecular_weight27305.0 kDa
排除体积 excluded_volume33770 ų
包络体积 envelope_volume40467 ų
水化壳体积 shell_volume18127 ų
包络直径 envelope_diameter69.8
壳层 Rg shell_rg25.07
包络 Rg envelope_rg19.64
形状 Rg shape_rg19.11
总 Rg total_rg19.94
总原子数 total_atoms3763
残基数 n_residues244
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.1
Rg (实空间) rg_real20.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real1.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14270000.0000
解质量估计 total_estimate0.6533
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.322
峰度 Kurtosis kurtosis-0.221
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2432000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.319; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6qhla1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family familya.118.7.1 — 14-3-3 protein
结构域编号 domain_idd6qhla2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6qhlA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)