6qno

Rhodopsin-Gi protein complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 147.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 1 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P02698) Fab antibody fragment light chain × 1 Fab antibody fragment heavy chain × 1 Rhodopsin × 1 (P02699) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 573 个其他 PDB 条目、591 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 23–376; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

物种未注明

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 1 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P02698) Fab antibody fragment light chain × 1 Fab antibody fragment heavy chain × 1 Rhodopsin × 1 (P02699) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

物种未注明

UniProt P02698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 1 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–74 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Fab antibody fragment light chain × 1 Fab antibody fragment heavy chain × 1 Rhodopsin × 1 (P02699) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG1_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

Rhodopsin

Bos taurus

UniProt P02699

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 1 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–348 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P02698) Fab antibody fragment light chain × 1 Fab antibody fragment heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OPSD_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–348; UniProt 1–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6qno

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6qno
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6qno
沉积日期 deposition_date2019-02-11
结构标题 titleRhodopsin-Gi protein complex
关键词 keywordsGPCR and G protein complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.37
零角强度 I(0) i0326014000.00
分子量 molecular_weight148360.0 kDa
排除体积 excluded_volume185750 ų
包络体积 envelope_volume261240 ų
水化壳体积 shell_volume52059 ų
包络直径 envelope_diameter147.9
壳层 Rg shell_rg45.44
包络 Rg envelope_rg44.01
形状 Rg shape_rg44.37
总 Rg total_rg44.43
总原子数 total_atoms10423
残基数 n_residues1332
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax147.9
Rg (实空间) rg_real44.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.29
I(0) (实空间) i0_real3.2600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal325900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8609
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.2
偏度 Skewness skewness0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.546
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha30140000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.627

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)