SAXSdb — 6r8f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	BRISC complex subunit Abraxas 2 × 2 （Q15018） Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial × 2 （P34897） BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2) × 2 （Q9NXR7） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRCC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 C； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316

BRISC complex subunit Abraxas 2

Homo sapiens

UniProt Q15018

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46736） Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial × 2 （P34897） BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2) × 2 （Q9NXR7） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ABRX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 D； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267

Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P34897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46736） BRISC complex subunit Abraxas 2 × 2 （Q15018） BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2) × 2 （Q9NXR7） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLYM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–504； UniProt 1–504 作者链 L； PDB构建体 1–504； UniProt 1–504

BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2)

Homo sapiens

UniProt Q9NXR7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46736） BRISC complex subunit Abraxas 2 × 2 （Q15018） Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial × 2 （P34897） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BABA2_HUMAN
Isoform	Q9NXR7-1
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–133； UniProt 1–131 作者链 G； PDB构建体 3–133； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6r8f
沉积日期 deposition_date	2019-04-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Human BRISC-SHMT2 complex
关键词 keywords	Complex, Deubiquitylation, Ubiquitin, Immune signalling, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6r8f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6r8f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6r8f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.62 Å
Rg（电子密度）	44.73 Å
总 Rg	45.01 Å
原子数	15810
残基数	2164
排除体积	278740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6r8f__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
分子量 formula_weight	36119.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	15810

MAVQVVQAVQAVHLESDAFLVCLNHALSTEKEEVMGLCIGELNDDTRSDSKFAYTGTEMRTVAEKVDAVRIVHIHSVIILRRSDKRKDRVEISPEQLSAASTEAERLAELTGRPMRVVGWYHSHPHITVWPSHVDVRTQAMYQMMDQGFVGLIFSCFIEDKNTKTGRVLYTCFQSIQAQKSSESLHGPRDFWSSSQHISIEGQKEEERYERIEIPIHIVPHVTIGKVCLESAVELPKILCQEEQDAYRRIHSLTHLDSVTKIHNGSVFTKNLCSQMSAVSGPLLQWLEDRLEQNQQHLQELQQEKEELMQELSSLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BRISC complex subunit Abraxas 2
分子量 formula_weight	31033.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAASISGYTFSAVCFHSANSNADHEGFLLGEVRQEETFSISDSQISNTEFLQVIEIHNHQPCSKLFSFYDYASKVNEESLDRILKDRRKKVIGWYRFRRNTQQQMSYREQVLHKQLTRILGVPDLVFLLFSFISTANNSTHALEYVLFRPNRRYNQRISLAIPNLGNTSQQEYKVSSVPNTSQSYAKVIKEHGTDFFDKDGVMKDIRAIYQVYNALQEKVQAVCADVEKSERVVESCQAEVNKLRRQITQRKNEKEQERRLQQAVLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
分子量 formula_weight	56097.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.1
突变 mutation	A285T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

MLYFSLFWAARPLQRCGQLVRMAIRAQHSNAAQTQTGEANRGWTGQESLSDSDPEMWELLQREKDRQCRGLELIASENFCSRAALEALGSCLNNKYSEGYPGKRYYGGAEVVDEIELLCQRRALEAFDLDPAQWGVNVQPYSGSPANLAVYTALLQPHDRIMGLDLPDGGHLTHGYMSDVKRISATSIFFESMPYKLNPKTGLIDYNQLALTARLFRPRLIIAGTSAYARLIDYARMREVCDEVKAHLLADMAHISGLVAAKVIPSPFKHADIVTTTTHKTLRGTRSGLIFYRKGVKAVDPKTGREIPYTFEDRINFAVFPSLQGGPHNHAIAAVAVALKQACTPMFREYSLQVLKNARAMADALLERGYSLVSGGTDNHLVLVDLRPKGLDGARAERVLELVSITANKNTCPGDRSAITPGGLRLGAPALTSRQFREDDFRRVVDFIDEGVNIGLEVKSKTAKLQDFKSFLLKDSETSQRLANLRQRVEQFARAFPMPGFDEH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2)
分子量 formula_weight	22026.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

GAMSPEVALNRISPMLSPFISSVVRNGKVGLDATNCLRITDLKSGCTSLTPGPNCDRFKLHIPYAGETLKWDIIFNAQYPELPPDFIFGEDAEFLPDPSALQNLASWNPSNPECLLLVVKELVQQYHQFQCSRLRXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	403499

Cryo-EM structure of the Human BRISC-SHMT2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BRISC complex subunit Abraxas 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6r8f__assembly_1__model_1

6r8f__assembly_1__model_1 | I(q)

6r8f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the Human BRISC-SHMT2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BRISC complex subunit Abraxas 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BRISC and BRCA1-A complex member 2,BRCC45 (BRE, BRISC and BRCA1-A complex member 2)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6r8f__assembly_1__model_1

6r8f__assembly_1__model_1 | I(q)

6r8f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)