SAXSdb — 6tyl

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Nanobody A × 1 Nanobody B × 1 Nanobody C × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 （P10824）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Nanobody A × 1 Nanobody B × 1 Nanobody C × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 （P10824）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B1H241_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–492； UniProt 1–491 作者链 F； PDB构建体 2–492； UniProt 1–491

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Rattus norvegicus

UniProt P10824

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans) × 1 （B1H241） Nanobody A × 1 Nanobody B × 1 Nanobody C × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans) × 1 （B1H241） Nanobody A × 1 Nanobody B × 1 Nanobody C × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNAI1_RAT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354 作者链 G； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tyl
沉积日期 deposition_date	2019-08-09
结构标题 title	Crystal structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex
关键词 keywords	Ric-8A, G protein, GEF, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6tyl__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6tyl__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6tyl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.93 Å
Rg（电子密度）	36.07 Å
总 Rg	36.52 Å
原子数	7945
残基数	1006
排除体积	140920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6tyl__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6tyl__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
分子量 formula_weight	55836.9 kDa
突变 mutation	Y232F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	15938

GMEPRAVADALETGEEDAVTEALRSFNREHSQSFTFDDAQQEDRKRLAKLLVSVLEQGLSPKHRVTWLQTIRILSRDRSCLDSFASRQSLHALACYADIAISEEPIPQPPDMDVLLESLKCLCNLVLSSPTAQMLAAEARLVVRLAERVGLYRKRSYPHEVQFFDLRLLFLLTALRTDVRQQLFQELHGVRLLTDALELTLGVAPKENPLVILPAQETERAMEILKVLFNITFDSVKREVDEEDAALYRYLGTLLRHCVMADAAGDRTEEFHGHTVNLLGNLPLKCLDVLLALELHEGSLEFMGVNMDVINALLAFLEKRLHQTHRLKECVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQVLPPLRDVRTRPEVGDLLRNKLVRLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYGNAAGLLAARGLMAGGRPEGQYSEDEDTDTEEYREAKASINPVTGRVEEKPPNPMEGMTEEQKEHEAMKLVNMFDKLSR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody A
分子量 formula_weight	13609.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGIIFRSNGMAWYRQAPGKEREWVASITSFGDAIYRDSVKGRFTISRDNARNAVSLQTNSLKTEDTAVYYCNTYPVNSAWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody B
分子量 formula_weight	14247.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGGIVHISSMGWFRQAPGKQRELVATSPSNGDIRYADSVKGRFTLSRDNAKNTVSLQMNSLEPEDTAVYYCHSFLRHTASASYNNYYGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody C
分子量 formula_weight	14894.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

QVQLQESGGGLEQAGDSLRLSCAASGLIVSNYAMGWFRQAPGKEREFVAYINWNGGVTYYTNSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCARTSRASVTTRVADFGYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子量 formula_weight	40399.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDAARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6tylA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6tylF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

▶

晶胞边长 a length_a	93.048 Å
晶胞边长 b length_b	144.726 Å
晶胞边长 c length_c	114.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	39.530 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2870

Crystal structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tyl__assembly_2__model_1

6tyl__assembly_2__model_1 | I(q)

6tyl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tyl__assembly_2__model_1

6tyl__assembly_2__model_1 | I(q)

6tyl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)