6vro

The structure of the PP2A B56 subunit AIM1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

Homo sapiens

UniProt Q13362

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 62–411 片段:UNP residues 62-411 Beta/gamma crystallin domain-containing protein 1 × 1 (Q9Y4K1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;0.1 M Tris, pH 8.0, 9% PEG8000, 0.9 M lithium chloride 分辨率 2.45 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2A5G_HUMAN
Isoform Q13362-5
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–355; UniProt 62–411

Beta/gamma crystallin domain-containing protein 1

物种未注明

UniProt Q9Y4K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 716–741 片段:UNP residues 716-741 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;0.1 M Tris, pH 8.0, 9% PEG8000, 0.9 M lithium chloride 分辨率 2.45 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRBG1_HUMAN
Isoform Q9Y4K1-1
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–26; UniProt 716–741

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vro

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vro
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vro
沉积日期 deposition_date2020-02-08
结构标题 titleThe structure of the PP2A B56 subunit AIM1 complex
关键词 keywordsSer/thr phosphatase, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.56
零角强度 I(0) i022586600.00
分子量 molecular_weight39139.0 kDa
排除体积 excluded_volume50181 ų
包络体积 envelope_volume59660 ų
水化壳体积 shell_volume21752 ų
包络直径 envelope_diameter102.6
壳层 Rg shell_rg29.78
包络 Rg envelope_rg25.05
形状 Rg shape_rg24.54
总 Rg total_rg25.34
总原子数 total_atoms2768
残基数 n_residues333
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.0
Rg (实空间) rg_real25.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92
I(0) (实空间) i0_real2.2590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7004
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.6
偏度 Skewness skewness0.586
峰度 Kurtosis kurtosis-0.112
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5871000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.531; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.513; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6vroA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)