6vz4

Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q92133_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt Q92130

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q92130_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

Nuclear protein STH1/NPS1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32597

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	STH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 17–813； UniProt 301–1097

Actin-related protein 7

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12406

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477

Actin-like protein ARP9

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q05123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ARP9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467

Regulator of Ty1 transposition protein 102

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P53330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （Q92133） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （Q92130） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RT102_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vz4
沉积日期 deposition_date	2020-02-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state
关键词 keywords	Chromatin remodeling, Nucleosome, Gene Regulation, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vz4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vz4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vz4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.08 Å
Rg（电子密度）	59.62 Å
总 Rg	59.62 Å
原子数	23950
残基数	2509
排除体积	408550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vz4__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`6vz4__assembly_1__model_2`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`6vz4__assembly_1__model_3`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`6vz4__assembly_1__model_4`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`6vz4__assembly_1__model_5`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`6vz4__assembly_1__model_6`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`6vz4__assembly_1__model_7`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`6vz4__assembly_1__model_8`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`6vz4__assembly_1__model_9`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`6vz4__assembly_1__model_10`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15407.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	239500

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCGIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	14109.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13810.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPDPAKSAPAAKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (185-MER)
分子量 formula_weight	56840.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCACCCTAGGTCTCTGATGCTCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGACACGCGGTGAACAGCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (185-MER)
分子量 formula_weight	57400.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGCTGTTCACCGCGAGTCAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAGCATCAGAGACCTAGGGTGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Nuclear protein STH1/NPS1
分子量 formula_weight	95105.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGSSHHHHHHSQDPNSVRLAEELERQQLLEKRKKERNLHLQKINSIIDFIKERQSEQWSRQERCFQFGRLGASLHNQMEKDEQKRIERTAKQRLAALKSNDEEAYLKLLDQTKDTRITQLLRQTNSFLDSLSEAVRAQQNEAKILHGEEVQPITDEEREKTDYYEVAHRIKEKIDKQPSILVGGTLKEYQLRGLEWMVSLYNNHLNGILADEMGLGKTIQSISLITYLYEVKKDIGPFLVIVPLSTITNWTLEFEKWAPSLNTIIYKGTPNQRHSLQHQIRVGNFDVLLTTYEYIIKDKSLLSKHDWAHMIIDEGHRMKNAQSKLSFTISHYYRTRNRLILTGTPLQNNLPELWALLNFVLPKIFNSAKTFEDWFNTPFANTGTQEKLELTEEETLLIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEKDLPDKVEKVIKCKLSGLQQQLYQQMLKHNALFVGAGTEGATKGGIKGLNNKIMQLRKICNHPFVFDEVEGVVNPSRGNSDLLFRVAGKFELLDRVLPKFKASGHRVLMFFQMTQVMDIMEDFLRMKDLKYMRLDGSTKTEERTEMLNAFNAPDSDYFCFLLSTRAGGLGLNLQTADTVIIFDTDWNPHQDLQAQDRAHRIGQKNEVRILRLITTDSVEEVILERAMQKLDIDGKVIQAGKFDNKSTAEEQEAFLRRLIESETNRDDDDKAELDDDELNDTLARSADEKILFDKIDKERMNQERADAKAQGLRVPPPRLIQLDELPKVFREDIEEHFKKEDSEPLGRIRQKKRVYYDDGLTEEQFLEAVEDDNMSLEDAIKKRREARERRRLRQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Actin-related protein 7
分子量 formula_weight	53863.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MTLNRKCVVIHNGSHRTVAGFSNVELPQCIIPSSYIKRTDEGGEAEFIFGTYNMIDAAAEKRNGDEVYTLVDSQGLPYNWDALEMQWRYLYDTQLKVSPEELPLVITMPATNGKPDMAILERYYELAFDKLNVPVFQIVIEPLAIALSMGKSSAFVIDIGASGCNVTPIIDGIVVKNAVVRSKFGGDFLDFQVHERLAPLIKEENDMENMADEQKRSTDVWYEASTWIQQFKSTMLQVSEKDLFELERYYKEQADIYAKQQEQLKQMDQQLQYTALTGSPNNPLVQKKNFLFKPLNKTLTLDLKECYQFAEYLFKPQLISDKFSPEDGLGPLMAKSVKKAGASINSMKANTSTNPNGLGTSHINTNVGDNNSTASSSNISPEQVYSLLLTNVIITGSTSLIEGMEQRIIKELSIRFPQYKLTTFANQVMMDRKIQGWLGALTMANLPSWSLGKWYSKEDYETLKRDRKQSQATNATN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Actin-like protein ARP9
分子量 formula_weight	53131.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAPFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSDDAKKLSSFDFGNENEDEDEGTLNVAEIITSGRDTREVLEERERGQKVKNVKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSVLPAATKKKSKFMTNSTAFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Regulator of Ty1 transposition protein 102
分子量 formula_weight	17817.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MDPQTLITKANKVSYYGNPTSKESWRYDWYQPSKVSSNVQQPQQQLGDMENNLEKYPFRYKTWLRNQEDEKNLQRESCEDILDLKEFDRRILKKSLMTSHTKGDTSKATGAPSANQGDEALSVDDIRGAVGNSEAIPGLSAGVNNDNTKESKDVKMN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6vz4K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10810 — Tandem AAA-ATPase domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	293940

Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear protein STH1/NPS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-like protein ARP9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulator of Ty1 transposition protein 102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vz4__assembly_1__model_1

6vz4__assembly_1__model_1 | I(q)

6vz4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer