6w89

Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGA DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 190.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 628–912 链 D； UniProt 628–912	未记录	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like × 2 （Q9UJW3） CGA DNA (25-MER) × 2 CIT CITRIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 628–912 链 J； UniProt 628–912	未记录	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like × 2 （Q9UJW3） CGA DNA (25-MER) × 2 CIT CITRIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6W89	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QRV Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex 提交 2007-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 624–909（286 aa）片段：residues 623 to 908 链 D 624–909（286 aa）片段：residues 623 to 908	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
2QRV Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex 提交 2007-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 624–909（286 aa）片段：residues 623 to 908 链 H 624–909（286 aa）片段：residues 623 to 908	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
3A1A Crystal Structure of the DNMT3A ADD domain 提交 2009-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 476–614（139 aa）片段：ADD(ATRX-DNMT3-DNMT3L) domain, residues 476-614	未记录	ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；17% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
3A1B Crystal structure of the DNMT3A ADD domain in complex with histone H3 提交 2009-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 476–614（139 aa）片段：ADD(ATRX-DNMT3-DNMT3L) domain(residues 476-614), UNP residues 2-21(Histone H3.1)	未记录	ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 2000 monomethyl ether, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.224
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 275–427（153 aa）片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)	未记录	BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 275–427（153 aa）片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)	未记录	BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 275–427（153 aa）片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)	未记录	BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 275–427（153 aa）片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)	未记录	BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 275–427（153 aa）片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)	未记录	BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3SVM Human MPP8 - human DNMT3AK47me2 peptide 提交 2011-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 40–53（14 aa）片段：unp residues 40-53	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；30% polyethylene glycol 1500, 20% polyethylene glycol 400 and 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.31 Å R-free 0.272
3SVM Human MPP8 - human DNMT3AK47me2 peptide 提交 2011-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 40–53（14 aa）片段：unp residues 40-53	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；30% polyethylene glycol 1500, 20% polyethylene glycol 400 and 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.31 Å R-free 0.272
4QBQ Crystal structure of DNMT3a ADD domain bound to H3 peptide 提交 2014-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 479–610（132 aa）片段：ADD Domain, UNP residues 476-611 链 C 479–610（132 aa）片段：ADD Domain, UNP residues 476-611	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；29% PEGMME5000, 0.1M Bis-Tris Propane-HCL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.41 Å R-free 0.230
4QBR Crystal structure of DNMT3a ADD domain G550D mutant bound to H3 peptide 提交 2014-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 476–611（136 aa）片段：ADD Domain, UNP residues 476-611	突变：G550D	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris-HCL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
4QBR Crystal structure of DNMT3a ADD domain G550D mutant bound to H3 peptide 提交 2014-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 476–611（136 aa）片段：ADD Domain, UNP residues 476-611	突变：G550D	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris-HCL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
4QBS Crystal structure of DNMT3a ADD domain E545R mutant bound to H3T3ph peptide 提交 2014-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 476–611（136 aa）片段：ADD Domain, UNP residues 456-661	突变：E545R	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
4U7P Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L complex 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 455–912（458 aa）片段：UNP residues 455-912	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291 K；0.05M Bis-Tris, 0.1M Sodium Malonate, 8% PEG3350	分辨率 3.82 Å R-free 0.269
4U7T Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with histone H3 提交 2014-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 476–912（437 aa）片段：UNP residues 476-912 链 C 476–912（437 aa）片段：UNP residues 476-912	未记录	ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Acetate, 0.6M Ammonium Sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
5YX2 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites 提交 2017-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 628–912（285 aa）链 D 628–912（285 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4, 5% PEG 4000	分辨率 2.65 Å R-free 0.222
6BRR Crystal structure of DNMT3A (R836A)-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites 提交 2017-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 439–723（285 aa）链 D 439–723（285 aa）	突变：R836A 突变：R836A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4 and 5% PEG4000	分辨率 2.97 Å R-free 0.242
6F57 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA 提交 2017-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 628–912（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；7% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2, 166 mM imidazole (pH 7.0)	分辨率 3.10 Å R-free 0.242
6F57 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA 提交 2017-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 628–912（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；7% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2, 166 mM imidazole (pH 7.0)	分辨率 3.10 Å R-free 0.242
6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 K 224–912（689 aa）链 P 224–912（689 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
6W8B Structure of DNMT3A in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 628–912（285 aa）链 D 628–912（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6W8B Structure of DNMT3A in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 H 628–912（285 aa）链 K 628–912（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6W8D Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGT DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 628–912（285 aa）链 D 628–912（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
6W8J Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CAG DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 628–912（285 aa）链 D 628–912（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.4, 0.2 % PEG8000	分辨率 2.44 Å R-free 0.223
8BA5 Crystal structure of the DNMT3A ADD domain 提交 2022-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 476–614（139 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291.15 K；17 % PEG 8000, 0.2 M Magnesiumsulfat, 0.1 M TRIS-HCl pH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.213
8QZM Structure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2023-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–912（912 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM HEPES pH 7.5, 65 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM S-Adenosyl methionine cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8TDR Crystal structure of the methyltransferase domain of DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 B 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 E 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 F 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 3.32 Å R-free 0.240
8TDR Crystal structure of the methyltransferase domain of DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 D 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 G 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 H 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 3.32 Å R-free 0.240
8TE1 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 B 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 E 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 F 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 2.48 Å R-free 0.226
8TE1 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 D 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 G 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 H 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 5 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 2.48 Å R-free 0.226
8TE3 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882C/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 B 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 E 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 F 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 3.20 Å R-free 0.241
8TE3 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882C/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 D 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 G 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 H 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 3.20 Å R-free 0.241
8TE4 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/N879A DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 B 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 E 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 F 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 2.65 Å R-free 0.236
8TE4 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/N879A DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 D 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 G 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912) 链 H 628–912（285 aa）片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)	突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate	分辨率 2.65 Å R-free 0.236
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 A 126–223（98 aa）链 B 126–223（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 159–228（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
9E00 Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 K 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9E05 The consensus model of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 K 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
9E0F A focus of DNMT tetramer (1) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9E0G A focus of tetramer (2) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9E2D Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 K 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.08 Å
9E2Q Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with a six base pair linker 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 K 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9E2R Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome and an histone-3 peptide 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 K 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.71 Å
9E3D Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with K120R mutant H2B 提交 2024-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 U 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9E3R Cryo-EM structure of PWWP domain deleted DNMT 3A2/3B3 in complex with a di-nucleosome 提交 2024-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 K 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）链 W 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.90 Å
9E3U Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer bound to a di-nucleosome with a 25 base-pair linker 提交 2024-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 U 224–912（689 aa）链 Y 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
9LQ1 Structure of human DNMT3A-TCL1A complex 提交 2025-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–912（912 aa）链 F 1–912（912 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out in argon atmosphere	分辨率 3.36 Å
9MP0 The cryo-EM structure of the human DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L dodecamer 提交 2024-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 L 224–912（689 aa）链 M 224–912（689 aa）链 N 224–912（689 aa）链 O 224–912（689 aa）链 R 224–912（689 aa）链 S 224–912（689 aa）链 T 224–912（689 aa）链 U 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 30 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9MPO The cryo-EM structure of the human DNA methyltransferase DNMT3A2 and DNMT3L octamer 提交 2024-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 224–912（689 aa）链 B 224–912（689 aa）链 C 224–912（689 aa）链 D 224–912（689 aa）链 E 224–912（689 aa）链 F 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
9MPP The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L 提交 2024-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 K 224–912（689 aa）链 M 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9PRW Cryo-EM structure of human DNMT3A/3L 提交 2025-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 281–912（632 aa）链 D 281–912（632 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 K 224–912（689 aa）链 L 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 a 224–912（689 aa）链 c 224–912（689 aa）链 d 224–912（689 aa）链 f 224–912（689 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å

共 42 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–285； UniProt 628–912 作者链 D； PDB构建体 1–285； UniProt 628–912 作者链 G； PDB构建体 1–285； UniProt 628–912 作者链 J； PDB构建体 1–285； UniProt 628–912

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like

Homo sapiens

UniProt Q9UJW3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 178–386 链 C； UniProt 178–386	未记录	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 2 （Q9Y6K1） CGA DNA (25-MER) × 2 CIT CITRIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 178–386 链 I； UniProt 178–386	未记录	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 2 （Q9Y6K1） CGA DNA (25-MER) × 2 CIT CITRIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6W89	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PV0 DNA methyltransferase 3 like protein (DNMT3L) 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–387（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；300 K；0.4-0.6 M sodium citrate, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；12% polyethylene 3350, 0.2 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
2PV0 DNA methyltransferase 3 like protein (DNMT3L) 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–387（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；300 K；0.4-0.6 M sodium citrate, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；12% polyethylene 3350, 0.2 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
2PV0 DNA methyltransferase 3 like protein (DNMT3L) 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–387（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；300 K；0.4-0.6 M sodium citrate, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；12% polyethylene 3350, 0.2 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
2PVC DNMT3L recognizes unmethylated histone H3 lysine 4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–387（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；300 K；12 % polyethylene glycol, 0.2 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 7.50	分辨率 3.69 Å R-free 0.302
2PVC DNMT3L recognizes unmethylated histone H3 lysine 4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–387（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；300 K；12 % polyethylene glycol, 0.2 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 7.50	分辨率 3.69 Å R-free 0.302
2PVC DNMT3L recognizes unmethylated histone H3 lysine 4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–387（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；300 K；12 % polyethylene glycol, 0.2 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 7.50	分辨率 3.69 Å R-free 0.302
2QRV Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex 提交 2007-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 160–387（228 aa）片段：residues 160 to 386 链 C 160–387（228 aa）片段：residues 160 to 386	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
2QRV Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex 提交 2007-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 160–387（228 aa）片段：residues 160 to 386 链 G 160–387（228 aa）片段：residues 160 to 386	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
4U7P Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L complex 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 178–379（202 aa）片段：UNP residues 178-379	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291 K；0.05M Bis-Tris, 0.1M Sodium Malonate, 8% PEG3350	分辨率 3.82 Å R-free 0.269
4U7T Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with histone H3 提交 2014-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 178–379（202 aa）片段：UNP residues 178-379 链 D 178–379（202 aa）片段：UNP residues 178-379	未记录	ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Acetate, 0.6M Ammonium Sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
5YX2 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites 提交 2017-12-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–385（208 aa）链 C 178–385（208 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4, 5% PEG 4000	分辨率 2.65 Å R-free 0.222
6BRR Crystal structure of DNMT3A (R836A)-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites 提交 2017-11-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–387（210 aa）链 C 178–387（210 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4 and 5% PEG4000	分辨率 2.97 Å R-free 0.242
6F57 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA 提交 2017-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；7% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2, 166 mM imidazole (pH 7.0)	分辨率 3.10 Å R-free 0.242
6F57 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA 提交 2017-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；7% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2, 166 mM imidazole (pH 7.0)	分辨率 3.10 Å R-free 0.242
6KDA Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpG site 提交 2019-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0 mM MES (pH 5.7), 160 mM KCl, 10 mM MgSO4 and 14% PEG 400	分辨率 2.91 Å R-free 0.220
6KDB Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpT site 提交 2019-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；50 mM MES (pH 5.6), 200 mM KCl, 10 mM MgSO4, 10% PEG 400	分辨率 2.86 Å R-free 0.202
6KDL Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (I) 提交 2019-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；278 K；20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 200 mM NaCl, 5% glycerol, and 0.5 mM TCEP	分辨率 3.27 Å R-free 0.212
6KDP Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (II) 提交 2019-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.7 M Sodium formate	分辨率 2.93 Å R-free 0.244
6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate	分辨率 2.87 Å R-free 0.242
6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate	分辨率 2.87 Å R-free 0.242
6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate	分辨率 2.87 Å R-free 0.242
6U8P Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpGpA DNA 提交 2019-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM MgCl2, 7% PEG8000	分辨率 3.05 Å R-free 0.239
6U8V Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
6U8W Crystal structure of DNMT3B(K777A)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 2.95 Å R-free 0.236
6U8X Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpApG DNA 提交 2019-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM MgCl2, 7% PEG8000	分辨率 2.95 Å R-free 0.252
6U90 Crystal structure of DNMT3B(N779A)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.259
6U91 Crystal structure of DNMT3B(Q772R)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.259
6W8B Structure of DNMT3A in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6W8B Structure of DNMT3A in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 I 178–386（209 aa）链 J 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6W8D Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGT DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
6W8J Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CAG DNA 提交 2020-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 178–386（209 aa）链 C 178–386（209 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.4, 0.2 % PEG8000	分辨率 2.44 Å R-free 0.223
7X9D DNMT3B in complex with harmine 提交 2022-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	HRM 7-METHOXY-1-METHYL-9H-BETA-CARBOLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；bis-tris propane pH 7.0, sodium formate	分辨率 3.08 Å R-free 0.245
8TCI Crystal structure of DNMT3C-DNMT3L in complex with CGG DNA 提交 2023-07-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 181–379（199 aa）片段：UNP residues 181-379 链 C 181–379（199 aa）片段：UNP residues 181-379	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2% v/v Tacsimate, pH 8.0, 0.1 M Tris, pH 8.5, 16% w/v PEG3350	分辨率 3.19 Å R-free 0.257
8XEE Human DNMT3B mutant-R823G 提交 2023-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 178–379（202 aa）链 C 178–379（202 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；HEPES (pH 7.5), MgCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, spermine	分辨率 3.03 Å R-free 0.236
9MP0 The cryo-EM structure of the human DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L dodecamer 提交 2024-12-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 P 1–386（386 aa）链 Q 1–386（386 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 30 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9MPP The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L 提交 2024-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 L 1–386（386 aa）链 N 1–386（386 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9PRW Cryo-EM structure of human DNMT3A/3L 提交 2025-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–386（386 aa）链 C 1–386（386 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 178–386 作者链 C； PDB构建体 1–209； UniProt 178–386 作者链 H； PDB构建体 1–209； UniProt 178–386 作者链 I； PDB构建体 1–209； UniProt 178–386

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6w89
沉积日期 deposition_date	2020-03-20
结构标题 title	Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGA DNA
关键词 keywords	DNA methylation, DNMT3A(R882H), AML, epigenetics, TRANSFERASE, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.86 Å
零角强度 I(0) i0	967924000.00
分子量 molecular_weight	239390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	291260 Å³
包络体积 envelope_volume	417870 Å³
水化壳体积 shell_volume	72533 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.18 Å
包络 Rg envelope_rg	51.70 Å
形状 Rg shape_rg	50.97 Å
总 Rg total_rg	50.48 Å
总原子数 total_atoms	16786
残基数 n_residues	1984
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	190.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	967100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8051
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.663
峰度 Kurtosis kurtosis	0.220
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.585; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.794; Smooth: 0.913

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
分子量 formula_weight	32696.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	17145

AEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSHLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
分子量 formula_weight	24163.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,H,I

MFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CGA DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7699.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,K,L

CATGUGATCTAATTAGATCGCATGG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6w89B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6w89C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6w89H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6w89I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	187.559 Å
晶胞边长 b length_b	187.559 Å
晶胞边长 c length_c	82.398 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.499 Å
最低分辨率 resolution_low	37.720 Å
R 因子 r_factor	0.1968
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2404

fit	/app/data/saxs_computation/w8/6w89/6w89.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w8/6w89/6w89.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w8/6w89/6w89.dat

Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGA DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)