6wv5

Human VKOR C43S mutant with vitamin K1 epoxide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin K epoxide reductase Cys43Ser mutant, termini restrained by green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt A0A059PIQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–144 链 A; UniProt 146–231 片段:GPF (UNP residues 1-144) + VKOR + GFP (UNP residues 146-231) 突变:C43S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) UAV (2R,3R)-2-hydroxy-3-methyl-2-[(2E,7S)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 6.5;295 K;25% PEG400, 0.1 M ammonium citrate dibasic, 0.1 M MES, pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、137 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A059PIQ0_AEQVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–142; UniProt 1–144 作者链 A; PDB构建体 296–381; UniProt 146–231

Vitamin K epoxide reductase Cys43Ser mutant, termini restrained by green fluorescent protein

Aequorea victoria

UniProt Q9BQB6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–155 片段:GPF (UNP residues 1-144) + VKOR + GFP (UNP residues 146-231) 突变:C43S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) UAV (2R,3R)-2-hydroxy-3-methyl-2-[(2E,7S)-3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl]-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 6.5;295 K;25% PEG400, 0.1 M ammonium citrate dibasic, 0.1 M MES, pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VKOR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 143–295; UniProt 3–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wv5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wv5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wv5
沉积日期 deposition_date2020-05-05
结构标题 titleHuman VKOR C43S mutant with vitamin K1 epoxide
关键词 keywords;Vitamin K epoxide Reductase (VKOR), Vitamin K, warfarin, superwarfarin, vitamin K expoxide(KO), membrane protein, OXIDOREDUCTASE, FLUORESCENT PROTEIN ;; OXIDOREDUCTASE, FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.00
零角强度 I(0) i028368200.00
分子量 molecular_weight41943.0 kDa
排除体积 excluded_volume52884 ų
包络体积 envelope_volume65799 ų
水化壳体积 shell_volume22044 ų
包络直径 envelope_diameter104.0
壳层 Rg shell_rg31.48
包络 Rg envelope_rg27.42
形状 Rg shape_rg27.01
总 Rg total_rg27.50
总原子数 total_atoms2992
残基数 n_residues370
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.1
Rg (实空间) rg_real27.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real2.8370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28370000.0000
解质量估计 total_estimate0.7534
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.582
峰度 Kurtosis kurtosis-0.365
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5382000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.453; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.434; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6wv5A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1440 — de novo design (two linked rop proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — VKOR domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)