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6x6c

Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9-VbP complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 142.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 9

Homo sapiens

UniProt Q86TI2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–863 链 D； UniProt 1–863 未记录 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 × 2 （Q9C000） GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6X6C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6EOQ DPP9 - Apo 提交 2017-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–863（863 aa）
链 C 1–863（863 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25,
分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6EOQ DPP9 - Apo 提交 2017-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25,
分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6EOR DPP9 - 1G244 提交 2017-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–863（863 aa）
链 B 1–863（863 aa）
未记录 9XH (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25
分辨率 2.90 Å R-free 0.332
6EOR DPP9 - 1G244 提交 2017-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 9XH (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25
分辨率 2.90 Å R-free 0.332
6QZV DPP9 bound to a dipeptide (MP) from the N-terminus of BRCA2 提交 2019-03-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–892（892 aa）
链 B 1–892（892 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；20 mg/ml of protein, 10% PEG 8000, 25% glycerol, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M cacodilate pH 6.25. Drops are set in a 1:1 ratio.
分辨率 3.00 Å R-free 0.345
6QZV DPP9 bound to a dipeptide (MP) from the N-terminus of BRCA2 提交 2019-03-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–892（892 aa）
链 D 1–892（892 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；20 mg/ml of protein, 10% PEG 8000, 25% glycerol, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M cacodilate pH 6.25. Drops are set in a 1:1 ratio.
分辨率 3.00 Å R-free 0.345
6X6A Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex 提交 2020-05-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7A3F Crystal structure of apo DPP9 提交 2020-08-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–892（892 aa）
链 B 1–892（892 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K
分辨率 2.90 Å R-free 0.290
7A3F Crystal structure of apo DPP9 提交 2020-08-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–892（892 aa）
链 D 1–892（892 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K
分辨率 2.90 Å R-free 0.290
7JKQ Human DPP9-CARD8 complex 提交 2020-07-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7JN7 Human DPP9-CARD8 complex 提交 2020-08-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SVL DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 提交 2021-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–863（863 aa）
链 B 1–863（863 aa）
未记录 D06 (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% Glycerol 0.16 M Calcium Acetate 0.08 M Cacodilate pH 6.25
分辨率 2.46 Å R-free 0.341
7SVL DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 提交 2021-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 D06 (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% Glycerol 0.16 M Calcium Acetate 0.08 M Cacodilate pH 6.25
分辨率 2.46 Å R-free 0.341
7SVN DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-1 提交 2021-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–863（863 aa）
链 B 1–863（863 aa）
未记录 CW8 (2S,4S)-1-[(2S)-2-amino-2-cyclohexylacetyl]-4-fluoropyrrolidine-2-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% glycerol 0.16 M calcium acetate 0.08 M cacodilate pH 6.25
分辨率 2.78 Å R-free 0.349
7SVN DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-1 提交 2021-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–863（863 aa）
链 D 1–863（863 aa）
未记录 CW8 (2S,4S)-1-[(2S)-2-amino-2-cyclohexylacetyl]-4-fluoropyrrolidine-2-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% glycerol 0.16 M calcium acetate 0.08 M cacodilate pH 6.25
分辨率 2.78 Å R-free 0.349
7ZXS Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295 提交 2022-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–863（844 aa） 片段：extcolor{red}{>FRAGMENT<}
链 C 20–863（844 aa） 片段：extcolor{red}{>FRAGMENT<}
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） KBO 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7
分辨率 1.81 Å R-free 0.203
7ZXS Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295 提交 2022-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 20–863（844 aa）
链 D 20–863（844 aa）
未记录 KBO 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7
分辨率 1.81 Å R-free 0.203
9GOC Crystal structure of DPP9 Ser730Ala in complex with sulphostin. 提交 2024-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–863（844 aa）
链 B 20–863（844 aa）
未记录 A1INE Sulphostin × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG2000 MME 20% (w/v), 0.1 M Tris pH 6.75
分辨率 1.89 Å R-free 0.199
9GOC Crystal structure of DPP9 Ser730Ala in complex with sulphostin. 提交 2024-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 20–863（844 aa）
链 D 20–863（844 aa）
未记录 A1INE Sulphostin × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG2000 MME 20% (w/v), 0.1 M Tris pH 6.75
分辨率 1.89 Å R-free 0.199
9GOD Crystal structure of DPP9 in complex with N-phosphono-(S)-3-aminopiperidine-2-one-based inhibitor 提交 2024-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–863（844 aa）
链 D 20–863（844 aa）
未记录 A1INH ethoxy-[2-(4-pentylphenyl)sulfanylethyl]phosphinous acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18.0% w/v PEG 2K MME; 0.1 M Tris pH 7.25
分辨率 2.49 Å R-free 0.219
9GOD Crystal structure of DPP9 in complex with N-phosphono-(S)-3-aminopiperidine-2-one-based inhibitor 提交 2024-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 20–863（844 aa）
链 C 20–863（844 aa）
未记录 A1INH ethoxy-[2-(4-pentylphenyl)sulfanylethyl]phosphinous acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18.0% w/v PEG 2K MME; 0.1 M Tris pH 7.25
分辨率 2.49 Å R-free 0.219
9GON Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin 提交 2024-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–863（844 aa）
链 B 20–863（844 aa）
未记录 A1INF azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 37 CL CHLORIDE ION × 7 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75
分辨率 1.89 Å R-free 0.206
9GON Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin 提交 2024-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 20–863（844 aa）
链 D 20–863（844 aa）
未记录 A1INF azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 34 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75
分辨率 1.89 Å R-free 0.206

共 13 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 29–891； UniProt 1–863 作者链 D； PDB构建体 29–891； UniProt 1–863

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9C000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–1473 链 F； UniProt 1–1473 未记录 Dipeptidyl peptidase 9 × 2 （Q86TI2） GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6X6C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PN5 NMR structure of the NALP1 Pyrin domain (PYD) 提交 2003-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–93（93 aa） 片段：Pyrin domain (PYD)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；293 K；压力 1
NMR样品组成 1mM NALP1 PYD U-15N,13C; 50mM Na / PO4 - Buffer; 50mM NaCl; 1mM CHAPS; 20mM DTT (D10); 0.02% NaN3; 0.1mM EDTA; protease inhibitor cocktail (Complete, Roche); 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
3KAT Crystal Structure of the CARD domain of the human NLRP1 protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR3486E 提交 2009-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1371–1467（97 aa） 片段：CARD domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 18% PEG3350 and 150 mM sodium formate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
3KAT Crystal Structure of the CARD domain of the human NLRP1 protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR3486E 提交 2009-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1371–1467（97 aa） 片段：CARD domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 18% PEG3350 and 150 mM sodium formate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
4IFP X-ray Crystal Structure of Human NLRP1 CARD Domain 提交 2012-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1335–1418（84 aa） 片段：NLRP1-CARD
未记录 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；1.4 M Malonate, 100 mM HEPES 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.99 Å R-free 0.208
4IFP X-ray Crystal Structure of Human NLRP1 CARD Domain 提交 2012-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1335–1418（84 aa） 片段：NLRP1-CARD
未记录 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；1.4 M Malonate, 100 mM HEPES 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.99 Å R-free 0.208
4IFP X-ray Crystal Structure of Human NLRP1 CARD Domain 提交 2012-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1335–1418（84 aa） 片段：NLRP1-CARD
未记录 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；1.4 M Malonate, 100 mM HEPES 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.99 Å R-free 0.208
4IM6 LRR domain from human NLRP1 提交 2013-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 791–990（200 aa） 片段：LRR domain (UNP Residues 791-990)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.02 M MgCl2, 25 % (w/v) PAA 5100, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.183
4IM6 LRR domain from human NLRP1 提交 2013-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 791–990（200 aa） 片段：LRR domain (UNP Residues 791-990)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.02 M MgCl2, 25 % (w/v) PAA 5100, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.183
5Y3S Crystal structure of human NLRP1 leucine rich repeat domain 提交 2017-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 790–990（201 aa） 片段：UNP residues 790-990
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, 100mM HEPES, pH 6.4
分辨率 2.45 Å R-free 0.259
5Y3S Crystal structure of human NLRP1 leucine rich repeat domain 提交 2017-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 790–990（201 aa） 片段：UNP residues 790-990
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, 100mM HEPES, pH 6.4
分辨率 2.45 Å R-free 0.259
5Y3S Crystal structure of human NLRP1 leucine rich repeat domain 提交 2017-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 790–990（201 aa） 片段：UNP residues 790-990
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, 100mM HEPES, pH 6.4
分辨率 2.45 Å R-free 0.259
5Y3S Crystal structure of human NLRP1 leucine rich repeat domain 提交 2017-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 790–990（201 aa） 片段：UNP residues 790-990
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, 100mM HEPES, pH 6.4
分辨率 2.45 Å R-free 0.259
6K7V Structure of NLRP1 CARD filament 提交 2019-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1379–1466（88 aa）
链 B 1379–1466（88 aa）
链 C 1379–1466（88 aa）
链 D 1379–1466（88 aa）
链 E 1379–1466（88 aa）
链 F 1379–1466（88 aa）
链 G 1379–1466（88 aa）
链 H 1379–1466（88 aa）
链 I 1379–1466（88 aa）
链 J 1379–1466（88 aa）
链 K 1379–1466（88 aa）
链 L 1379–1466（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å R-free 0.285
6X6A Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex 提交 2020-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1212（1212 aa）
链 C 1213–1473（261 aa）
链 E 1–1212（1212 aa）
链 F 1213–1473（261 aa）
链 G 1213–1473（261 aa）
链 I 1213–1473（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6XKK Cryo-EM structure of the NLRP1-CARD filament 提交 2020-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 44 PDB 声明：44-meric
链 A 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 B 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 C 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 D 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 E 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 F 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 G 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 H 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 I 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 J 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 K 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 L 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 M 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 N 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 O 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 P 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 Q 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 R 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 S 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 T 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 U 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 V 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 a 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 b 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 c 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 d 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 e 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 f 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 g 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 h 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 i 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 j 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 k 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 l 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 m 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 n 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 o 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 p 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 q 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 r 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 s 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 t 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 u 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
链 v 1305–1399（95 aa） 片段：CARD domain (UNP residues 1305-1399)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
7WGE Human NLRP1 complexed with thioredoxin 提交 2021-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 95–994（900 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8ZGD The Crystal Structure of the NLRP1_LRR domain from Biortus. 提交 2024-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 791–990（200 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20mM MgCl2, 0.1M Tris pH 8.0, 19% polyacrylic acid 5100
分辨率 2.05 Å R-free 0.221
9BJ9 Human CRL-2 ZYG11B binding to human NLRP1 Gly/N degron 提交 2024-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 P 131–139（9 aa） 片段：residues 131-139 (Uniprot numbering)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 11 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NLRP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–1473； UniProt 1–1473 作者链 F； PDB构建体 1–1473； UniProt 1–1473

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6x6c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6x6c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6x6c
沉积日期 deposition_date2020-05-27
结构标题 titleCryo-EM structure of NLRP1-DPP9-VbP complex
关键词 keywordsNLRP1, DPP9, inflammasome, Val-boroPro (VbP), talabostat, innate immunity, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.77 Å
零角强度 I(0) i0711458000.00
分子量 molecular_weight224070.0 kDa
排除体积 excluded_volume281570 ų
包络体积 envelope_volume366380 ų
水化壳体积 shell_volume70416 ų
包络直径 envelope_diameter153.8 Å
壳层 Rg shell_rg48.60 Å
包络 Rg envelope_rg42.50 Å
形状 Rg shape_rg42.75 Å
总 Rg total_rg43.10 Å
总原子数 total_atoms15834
残基数 n_residues1963
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.1 Å
Rg (实空间) rg_real42.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real7.1150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal711500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8876
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.1 Å
偏度 Skewness skewness0.308
峰度 Kurtosis kurtosis-0.473
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha150300000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.880
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6x6cA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6x6cD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)