6y3m

14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated ATPase peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–248 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ATPase peptide × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;28% (v/v) PEG400, 1.25% glycerol, 0.2M CaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 2mM BME 分辨率 1.50 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–253; UniProt 1–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6y3m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6y3m
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6y3m
沉积日期 deposition_date2020-02-18
结构标题 title14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated ATPase peptide
关键词 keywords14-3-3, ATPase, complex, protein, protein binding, protein-protein interactions; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.24
零角强度 I(0) i013783100.00
分子量 molecular_weight26852.0 kDa
排除体积 excluded_volume33246 ų
包络体积 envelope_volume40091 ų
水化壳体积 shell_volume17888 ų
包络直径 envelope_diameter70.0
壳层 Rg shell_rg25.16
包络 Rg envelope_rg19.73
形状 Rg shape_rg19.22
总 Rg total_rg20.16
总原子数 total_atoms1877
残基数 n_residues238
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.9
Rg (实空间) rg_real20.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real1.3780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13780000.0000
解质量估计 total_estimate0.6271
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.2
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.246
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2389000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)