6z4j

A4V mutant of human SOD1 bound with benzyl benzoisoselenazolone derivative 5 in P21 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

Homo sapiens

UniProt P00441

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 2–154 链 BBB; UniProt 2–154 突变:A4V ZN ZINC ION × 4 Q7W ~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-2-selanyl-benzamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.7;292 K;100mM NaOAc pH 4.7, 150mM NaCl, 2.5M ammonium sulphate 分辨率 1.55 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 153 个其他 PDB 条目、375 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SODC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 BBB; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6z4j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6z4j
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6z4j
沉积日期 deposition_date2020-05-25
结构标题 titleA4V mutant of human SOD1 bound with benzyl benzoisoselenazolone derivative 5 in P21 space group
关键词 keywordsSOD1, ebselen, Motor neuron disease, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.83
零角强度 I(0) i020628600.00
分子量 molecular_weight32292.0 kDa
排除体积 excluded_volume39411 ų
包络体积 envelope_volume46261 ų
水化壳体积 shell_volume19818 ų
包络直径 envelope_diameter72.6
壳层 Rg shell_rg26.00
包络 Rg envelope_rg20.21
形状 Rg shape_rg19.86
总 Rg total_rg20.53
总原子数 total_atoms2243
残基数 n_residues306
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.5
Rg (实空间) rg_real20.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real2.0630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20630000.0000
解质量估计 total_estimate0.7939
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.365
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2442000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)