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6zqh

Yeast Uba1 in complex with ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 156.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-activating enzyme E1 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P22515

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1024 未记录 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 × 1 （P05759） BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350 分辨率 2.03 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–1024 未记录 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 × 1 （P05759） BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350 分辨率 2.03 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZQH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Residues 10-1024
未记录 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Residues 10-1024
未记录 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
4NNJ Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin 提交 2013-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 9–1024（1016 aa） 片段：UNP residues 9-1024
链 C 9–1024（1016 aa） 片段：UNP residues 9-1024
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 29 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 9 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 7 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1024（1024 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–1024（1024 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 9 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5TR4 Structure of Ubiquitin activating enzyme (Uba1) in complex with ubiquitin and TAK-243 提交 2016-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 9–1024（1016 aa） 片段：residues 9-1024
突变：N471M, K519R 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；70 mM Na malonate pH 6.0, 70 mM malic acid, 70 mM Na citrate, 10-15% peg-3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.256
5TR4 Structure of Ubiquitin activating enzyme (Uba1) in complex with ubiquitin and TAK-243 提交 2016-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 9–1024（1016 aa） 片段：residues 9-1024
突变：N471M, K519R 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；70 mM Na malonate pH 6.0, 70 mM malic acid, 70 mM Na citrate, 10-15% peg-3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.256
6NYA Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin 提交 2019-02-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 11–1024（1014 aa） 片段：residues 11-1024
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 2.06 Å R-free 0.217
6NYA Crystal Structure of ubiquitin E1 (Uba1) in complex with Ubc3 (Cdc34) and ubiquitin 提交 2019-02-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 11–1024（1014 aa） 片段：residues 11-1024
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 2.06 Å R-free 0.217
6ZHS Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules 提交 2020-06-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1024（1024 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium sulfate, HEPES, PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.275
6ZHT Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex 提交 2020-06-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 25–1024（1000 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium nitrate, CHES, PEG 4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1024（1024 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350
分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–1024（1024 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350
分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–1024（1024 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350
分辨率 3.18 Å R-free 0.263
6ZHU Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP 提交 2020-06-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–1024（1024 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium chloride, PEG 3350
分辨率 3.18 Å R-free 0.263
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 11–1024（1014 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7K5J Structure of an E1-E2-ubiquitin thioester mimetic 提交 2020-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 11–1024（1014 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.91；291 K；0.2 M NH4Ac, pH 6.91, 20% PEG3350, 0.02% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02% 1,2,3,-Heptanetriol, 0.02% Diethylenetriaminepentakis (methylphosphonic acid), 0.02% D-Sorbitol, 0.02% Glycerol, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.246
7ZH9 Uba1 in complex with ATP 提交 2022-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1024（1024 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 10 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% PEG 3350
分辨率 1.72 Å R-free 0.206

共 12 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBA1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 C； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024

Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P05759

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–76 未记录 Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350 分辨率 2.03 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–76 未记录 Ubiquitin-activating enzyme E1 1 × 1 （P22515） BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350 分辨率 2.03 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZQH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3J6X S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 5 degree rotation (Class II) 提交 2014-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 31 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin；pH 7.5；45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin
cryo-EM玻璃化条件 Fresh glow discharge, 7 second blot；冷冻剂 ETHANE；Fresh glow discharge, 7 second blot before plunging into liquid ehtane (FEI VITROBOT MARK II).
分辨率 6.10 Å
3J6Y S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 2 degree rotation (Class I) 提交 2014-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 31 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin；pH 7.5；45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin
cryo-EM玻璃化条件 Fresh glow discharge, 7 second blot；冷冻剂 ETHANE；Fresh glow discharge, 7 second blot before plunging into liquid ehtane (FEI VITROBOT MARK II).
分辨率 6.10 Å
3J77 Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class II - rotated ribosome with 1 tRNA) 提交 2014-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 31 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
分辨率 6.20 Å
3J78 Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class I - non-rotated ribosome with 2 tRNAs) 提交 2014-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 31 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
分辨率 6.30 Å
4U3M Crystal structure of Anisomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
4U3M Crystal structure of Anisomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
4U3N Crystal structure of CCA trinucleotide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 677 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.237
4U3N Crystal structure of CCA trinucleotide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.237
4U3U Crystal structure of Cycloheximide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.90 Å R-free 0.245
4U3U Crystal structure of Cycloheximide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.90 Å R-free 0.245
4U4N Crystal structure of Edeine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 557 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U4N Crystal structure of Edeine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 574 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U4O Crystal structure of Geneticin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa） 片段：UNP residues 77-152
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 GET GENETICIN × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.60 Å R-free 0.267
4U4O Crystal structure of Geneticin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa） 片段：UNP residues 77-152
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.60 Å R-free 0.267
4U4Q Crystal structure of Homoharringtonine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
4U4Q Crystal structure of Homoharringtonine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 733 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
4U4R Crystal structure of Lactimidomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4U4R Crystal structure of Lactimidomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4U4U Crystal structure of Lycorine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 679 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 3KD (1S,2S,12bS,12cS)-2,4,5,7,12b,12c-hexahydro-1H-[1,3]dioxolo[4,5-j]pyrrolo[3,2,1-de]phenanthridine-1,2-diol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.259
4U4U Crystal structure of Lycorine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-MERIC
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 733 OHX osmium (III) hexammine × 576 ZN ZINC ION × 8 3KD (1S,2S,12bS,12cS)-2,4,5,7,12b,12c-hexahydro-1H-[1,3]dioxolo[4,5-j]pyrrolo[3,2,1-de]phenanthridine-1,2-diol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.259
4U4Y Crystal structure of Pactamycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.245
4U4Y Crystal structure of Pactamycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.245
4U4Z Crystal structure of Phyllanthoside bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 677 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3K5 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U4Z Crystal structure of Phyllanthoside bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：95-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3K5 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U50 Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3L2 (4S,5R,10E,12Z,16R,16aS,17S,18R,19aR,23aR)-4-hydroxy-5,16a,21-trimethyl-4,5,6,7,16,16a,22,23-octahydro-3H,18H,19aH-spiro[16,18-methano[1,6,12]trioxacyclooctadecino[3,4-d]chromene-17,2'-oxirane]-3,9,14-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
4U50 Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 576 ZN ZINC ION × 8 3L2 (4S,5R,10E,12Z,16R,16aS,17S,18R,19aR,23aR)-4-hydroxy-5,16a,21-trimethyl-4,5,6,7,16,16a,22,23-octahydro-3H,18H,19aH-spiro[16,18-methano[1,6,12]trioxacyclooctadecino[3,4-d]chromene-17,2'-oxirane]-3,9,14-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
4U51 Crystal structure of Narciclasine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 3KF (2S,3R,4S,4aR)-2,3,4,7-tetrahydroxy-3,4,4a,5-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-j]phenanthridin-6(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
4U51 Crystal structure of Narciclasine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 572 ZN ZINC ION × 8 3KF (2S,3R,4S,4aR)-2,3,4,7-tetrahydroxy-3,4,4a,5-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-j]phenanthridin-6(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
4U52 Crystal structure of Nagilactone C bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 679 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3J2 Nagilactone C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
4U52 Crystal structure of Nagilactone C bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 734 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3J2 Nagilactone C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
4U53 Crystal structure of Deoxynivalenol bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3J6 (3beta,7alpha)-3,7,15-trihydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.30 Å R-free 0.255
4U53 Crystal structure of Deoxynivalenol bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 3J6 (3beta,7alpha)-3,7,15-trihydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.30 Å R-free 0.255
4U55 Crystal structure of Cryptopleurine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 557 3K8 (14aR)-2,3,6-trimethoxy-11,12,13,14,14a,15-hexahydro-9H-dibenzo[f,h]pyrido[1,2-b]isoquinoline × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
4U55 Crystal structure of Cryptopleurine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-MERIC
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 3K8 (14aR)-2,3,6-trimethoxy-11,12,13,14,14a,15-hexahydro-9H-dibenzo[f,h]pyrido[1,2-b]isoquinoline × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
4U56 Crystal structure of Blasticidin S bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 675 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 BLS BLASTICIDIN S × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.45 Å R-free 0.260
4U56 Crystal structure of Blasticidin S bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 BLS BLASTICIDIN S × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.45 Å R-free 0.260
4U6F Crystal structure of T-2 toxin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 ZBA 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.247
4U6F Crystal structure of T-2 toxin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 ZBA 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.247
4V88 The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 A resolution. 提交 2011-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Af 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 657 MG MAGNESIUM ION × 1035 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V88 The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 A resolution. 提交 2011-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 Cf 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 688 MG MAGNESIUM ION × 1170 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V8Y Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric
链 A5 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 191 OHX osmium (III) hexammine × 197 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 4.30 Å
4V8Z Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 A5 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 226 OHX osmium (III) hexammine × 210 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 6.60 Å
5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-MERIC
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 580 OHX osmium (III) hexammine × 601 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：86-MERIC
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 528 OHX osmium (III) hexammine × 565 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.25 Å R-free 0.301
5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：81-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.25 Å R-free 0.301
5DGE Coping with proline stalling: structural basis of hypusine-induced protein synthesis by the eukaryotic ribosome 提交 2015-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 155 PDB 声明：165-meric
链 E1 77–152（76 aa）
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1093 OHX osmium (III) hexammine × 1169 ZN ZINC ION × 16 SPS SPARSOMYCIN × 2 PRO PROLINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：TRIMERIC
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 OHX osmium (III) hexammine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.310
5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：TRIMERIC
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 OHX osmium (III) hexammine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.310
5DGV Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：81-MERIC
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
5DGV Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-MERIC
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
5FCI Structure of the vacant uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 874 MG MAGNESIUM ION × 994 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.40 Å R-free 0.284
5FCI Structure of the vacant uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 561 MG MAGNESIUM ION × 626 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.40 Å R-free 0.284
5FCJ Structure of the anisomycin-containing uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 517 OHX osmium (III) hexammine × 534 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Tris-Acetate pH7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.291
5FCJ Structure of the anisomycin-containing uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 462 OHX osmium (III) hexammine × 500 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Tris-Acetate pH7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.291
5I4L Crystal structure of Amicoumacin A bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 481 MG MAGNESIUM ION × 493 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.251
5I4L Crystal structure of Amicoumacin A bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 512 MG MAGNESIUM ION × 526 ZN ZINC ION × 8 UAM Amicoumacin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.251
5JUO Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 CC 1–152（152 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5JUP Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure II (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 CC 1–152（152 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
5JUS Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure III (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 CC 1–152（152 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 4.20 Å
5JUT Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure IV (almost non-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 CC 1–152（152 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5JUU Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure V (least rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 CC 1–152（152 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.218
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 9 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 7 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.76 Å R-free 0.220
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 9 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.224
5LYB Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCPmn 提交 2016-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1026 OHX osmium (III) hexammine × 659 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, MgOAc2, glycerol, spermidine, PEG20K
分辨率 3.25 Å R-free 0.249
5LYB Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCPmn 提交 2016-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1166 OHX osmium (III) hexammine × 686 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, MgOAc2, glycerol, spermidine, PEG20K
分辨率 3.25 Å R-free 0.249
5M1J Nonstop ribosomal complex bound with Dom34 and Hbs1 提交 2016-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 f2 82–152（71 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1058 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5CR N-acetyl-L-phenylalanine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
5MC6 Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae 提交 2016-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric
链 N 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5MEI Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：78-meric
链 g 82–152（71 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 517 MG MAGNESIUM ION × 673 7MB Agelastatin A × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.50 Å R-free 0.239
5MEI Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 e1 102–152（51 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 553 MG MAGNESIUM ION × 733 7MB Agelastatin A × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.50 Å R-free 0.239
5NDG Crystal structure of geneticin (G418) bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 597 GET GENETICIN × 9 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.253
5NDG Crystal structure of geneticin (G418) bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 e1 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 624 GET GENETICIN × 12 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.253
5NDW Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 e1 80–152（73 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 671 8UZ TC007 × 10 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.235
5NDW Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 E1 80–152（73 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 694 8UZ TC007 × 15 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.235
5OBM Crystal structure of Gentamicin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC
链 E1 81–152（72 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 855 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 22 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.40 Å R-free 0.238
5OBM Crystal structure of Gentamicin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：82-MERIC
链 e1 81–152（72 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1211 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 47 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.40 Å R-free 0.238
5ON6 Crystal structure of haemanthamine bound to the 80S ribosome 提交 2017-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：78-meric
链 g 82–152（71 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 515 MG MAGNESIUM ION × 703 HN8 Haemanthamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5ON6 Crystal structure of haemanthamine bound to the 80S ribosome 提交 2017-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：80-meric
链 e1 102–152（51 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 549 MG MAGNESIUM ION × 758 HN8 Haemanthamine × 1 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5TBW Crystal structure of chlorolissoclimide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-09-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 g 82–152（71 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 518 MG MAGNESIUM ION × 666 7AL Chlorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.00 Å R-free 0.227
5TBW Crystal structure of chlorolissoclimide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-09-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 e1 102–152（51 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 556 MG MAGNESIUM ION × 728 7AL Chlorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.00 Å R-free 0.227
5TGA Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 E1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 659 MG MAGNESIUM ION × 1026 ZN ZINC ION × 8 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.265
5TGA Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 686 MG MAGNESIUM ION × 1166 ZN ZINC ION × 8 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.265
5TGM Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 154 PDB 声明：164-meric
链 E1 77–152（76 aa）
链 e1 77–152（76 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 1095 MG MAGNESIUM ION × 1191 ZN ZINC ION × 16 PHE PHENYLALANINE × 2 LEU LEUCINE × 2 SPS SPARSOMYCIN × 2 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.312
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric
链 Sg 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.70 Å
6EML Cryo-EM structure of a late pre-40S ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae 提交 2017-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 N 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6GQ1 Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP/sordarin) 提交 2018-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 AW 116–152（37 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
分辨率 4.40 Å
6GQB Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin) 提交 2018-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 AW 116–152（37 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
分辨率 3.90 Å
6GQV Cryo-EM recosntruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP) 提交 2018-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 AW 116–152（37 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
分辨率 4.00 Å
6HHQ Crystal structure of compound C45 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2018-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 g 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 513 MG MAGNESIUM ION × 717 G5B (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{a}~{R})-6,7-bis(chloranyl)-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.264
6HHQ Crystal structure of compound C45 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2018-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 e1 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 544 MG MAGNESIUM ION × 792 G5B (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{a}~{R})-6,7-bis(chloranyl)-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.264
6I7O The structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD quality control pathways recognition. 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：163-meric
链 N 80–152（73 aa）
链 Nb 80–152（73 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
6Q8Y Cryo-EM structure of the mRNA translating and degrading yeast 80S ribosome-Xrn1 nuclease complex 提交 2018-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 N 102–152（51 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6RBE State 2 of yeast Tsr1-TAP Rps20-Deltaloop pre-40S particles 提交 2019-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：33-meric
链 f 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.7-1.9 seconds before plunging
分辨率 3.80 Å
6S47 Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with ABCF protein New1 提交 2019-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Bg 2–152（151 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.28 Å
6SNT Yeast 80S ribosome stalled on SDD1 mRNA. 提交 2019-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 f 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6SV4 The cryo-EM structure of SDD1-stalled collided trisome. 提交 2019-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 225 PDB 声明：242-meric
链 N 1–152（152 aa）
链 Nb 1–152（152 aa）
链 Nc 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6T4Q Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CCG inhibitory codon combination. 提交 2019-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 Sf 80–152（73 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 291 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6T7I Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CGA inhibitory codon combination. 提交 2019-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 Sf 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6T7T Structure of yeast 80S ribosome stalled on poly(A) tract. 提交 2019-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 Sf 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6T83 Structure of yeast disome (di-ribosome) stalled on poly(A) tract. 提交 2019-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 149 PDB 声明：159-meric
链 6 1–152（152 aa）
链 fb 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6TB3 yeast 80S ribosome in complex with the Not5 subunit of the CCR4-NOT complex 提交 2019-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 N 80–152（73 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 327 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6TNU Yeast 80S ribosome in complex with eIF5A and decoding A-site and P-site tRNAs. 提交 2019-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 N 80–152（73 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6WDR Subunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and quality control 提交 2020-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric
链 f 82–152（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6WOO CryoEM structure of yeast 80S ribosome with Met-tRNAiMet, eIF5B, and GDP 提交 2020-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 ff 94–150（57 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U6A N-carboxy-L-threonine × 1 MET METHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6Z6J Cryo-EM structure of yeast Lso2 bound to 80S ribosomes under native condition 提交 2020-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Sf 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6Z6K Cryo-EM structure of yeast reconstituted Lso2 bound to 80S ribosomes 提交 2020-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Sf 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6ZCE Structure of a yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：45-meric
链 g 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric
链 O 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
7A1G Structure of a crosslinked yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：37-meric
链 N 80–152（73 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7B7D Yeast 80S ribosome bound to eEF3 and A/A- and P/P-tRNAs 提交 2020-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 N 80–152（73 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
7MPI Stm1 bound vacant 80S structure isolated from cbf5-D95A 提交 2021-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Bf 93–152（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 366 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7MPJ Stm1 bound vacant 80S structure isolated from wild-type 提交 2021-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Bf 93–152（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 745 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7N8B Cycloheximide bound vacant 80S structure isolated from cbf5-D95A 提交 2021-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Bf 93–152（60 aa）
未记录 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 MG MAGNESIUM ION × 374 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7NRC Structure of the yeast Gcn1 bound to a leading stalled 80S ribosome with Rbg2, Gir2, A- and P-tRNA and eIF5A 提交 2021-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
7NRD Structure of the yeast Gcn1 bound to a colliding stalled 80S ribosome with MBF1, A/P-tRNA and P/E-tRNA 提交 2021-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.36 Å
7ZUX Collided ribosome in a disome unit from S. cerevisiae 提交 2022-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric
链 Df 80–152（73 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7ZW0 FAP-80S Complex - Rotated state 提交 2022-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 sN 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 324 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8BQD Yeast 80S ribosome in complex with Map1 (conformation 1) 提交 2022-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 N 80–152（73 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8BQX Yeast 80S ribosome in complex with Map1 (conformation 2) 提交 2022-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 N 80–152（73 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8C83 Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex 提交 2023-01-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CAH Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 43S pre-initiation complex 提交 2023-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：48-meric
链 N 77–152（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CAS Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 48S initiation complex (partial) 提交 2023-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 O 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8K2D Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, eEF2, Stm1 and eIF5A 提交 2023-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric
链 Sf 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 T1C TIGECYCLINE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8K82 Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, Not5 and P-site tRNA 提交 2023-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Sf 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 316 T1C TIGECYCLINE × 6 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8P4V 80S yeast ribosome in complex with HaterumaimideQ 提交 2023-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 g 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 461 MG MAGNESIUM ION × 711 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 X1K (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},8~{a}~{S})-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 OS OSMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 3.16 Å R-free 0.251
8P4V 80S yeast ribosome in complex with HaterumaimideQ 提交 2023-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 e1 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 492 MG MAGNESIUM ION × 766 K POTASSIUM ION × 5 SPD SPERMIDINE × 1 X1K (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},8~{a}~{S})-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 3.16 Å R-free 0.251
8P85 80S yeast ribosome in complex with Fluorolissoclimide 提交 2023-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 g 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 484 MG MAGNESIUM ION × 717 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 VDU fluorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.223
8P85 80S yeast ribosome in complex with Fluorolissoclimide 提交 2023-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 e1 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 519 MG MAGNESIUM ION × 785 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 VDU fluorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 9 5XU (2~{S})-2-azanylpropanal × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.223
8P9A 80S yeast ribosome in complex with Methyllissoclimide 提交 2023-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：158-meric
链 e1 1–152（152 aa）
链 g 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 930 MG MAGNESIUM ION × 1464 SPD SPERMIDINE × 2 XBI (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-5,5,7,8~{a}-tetramethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 2 ZN ZINC ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å
8PNN 80S yeast ribosome in complex with Bromolissoclimide 提交 2023-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 g 1–152（152 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 456 MG MAGNESIUM ION × 707 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 ZWB (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-7-bromanyl-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 SPD SPERMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.230
8XU8 State 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation 提交 2024-01-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5；YPD
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8Y0U dormant ribosome with STM1 提交 2024-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：77-meric
链 Sf 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 281 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, pH7.5, 100mM KOAc, 5mM Mg(OAc)2, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
8YLD State 4a (S4a) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and open eEF3 and eEF2 during translocation 提交 2024-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8YLR State 6 (S6) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 and eEF3 during tranlocation 提交 2024-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8Z70 State 1 (S1) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs during mRNA decoding 提交 2024-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8Z71 State 1a (S1a) of yeast 80S ribosome bound to open eEF3 and 2 tRNAs and eEF1A during mRNA decoding 提交 2024-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8ZGR 80S ribosome with A/A tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：79-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8ZGY 80S ribosome with P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8ZH3 80S ribosome with A/P-P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8ZHB 80S ribosome with A/A P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8ZHC pre-frameshift complex of yeast 80S ribosome with eRF1 and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 SN 80–152（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9EYH Ubiquitin conjugating enzyme Ubc6 UBC domain with isopeptide-linked ubiquitin 提交 2024-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D000 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG smear, sodium acetate, sodium chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
9F9S Yeast SDD1 Disome with Mbf1 提交 2024-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 152 PDB 声明：164-meric
链 RF 1–152（152 aa）
链 SF 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 295 ZN ZINC ION × 13 K POTASSIUM ION × 16 SPD SPERMIDINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.17 Å
9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.94 Å
9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.96 Å
9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9N77 SSU processome maturation and disassembly, State K 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å
9N78 SSU processome maturation and disassembly, State L 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric
链 OU 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.17 Å
9PN5 Composite map of hypomethylated 80S ribosome treated with hygromycin B 提交 2025-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 Bf 1–152（152 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 174 K POTASSIUM ION × 27 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.75 Å

共 118 个其他 PDB 条目、158 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS27A_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zqh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zqh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zqh
沉积日期 deposition_date2020-07-09
结构标题 titleYeast Uba1 in complex with ubiquitin
关键词 keywordsUbiquitin, E1, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.39 Å
零角强度 I(0) i0843695000.00
分子量 molecular_weight242990.0 kDa
排除体积 excluded_volume305610 ų
包络体积 envelope_volume414440 ų
水化壳体积 shell_volume78362 ų
包络直径 envelope_diameter174.3 Å
壳层 Rg shell_rg48.86 Å
包络 Rg envelope_rg43.58 Å
形状 Rg shape_rg43.39 Å
总 Rg total_rg43.68 Å
总原子数 total_atoms34138
残基数 n_residues2163
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax156.6 Å
Rg (实空间) rg_real43.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal843700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8370
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.2 Å
偏度 Skewness skewness0.449
峰度 Kurtosis kurtosis0.038
角度范围 angular_range— – 0.1800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha142900000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.684; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.831
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6zqhb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd6zqhd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6zqhA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain
结构域编号 domain_id6zqhA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain
结构域编号 domain_id6zqhB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6zqhC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain
结构域编号 domain_id6zqhC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain
结构域编号 domain_id6zqhD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)