7ado

Cryo-EM structure of human ER membrane protein complex in lipid nanodiscs

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 191.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ER membrane protein complex subunit 1

Homo sapiens

UniProt Q8N766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–993 未记录 ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–993; UniProt 1–993

ER membrane protein complex subunit 2

Homo sapiens

UniProt Q15006

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–297 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–297; UniProt 1–297

ER membrane protein complex subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q9P0I2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–261 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–261; UniProt 1–261

ER membrane protein complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt Q5J8M3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–183 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 EMC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183

Membrane magnesium transporter 1

Homo sapiens

UniProt Q8N4V1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–131 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMGT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

ER membrane protein complex subunit 6

Homo sapiens

UniProt Q9BV81

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–110 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC6_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110

ER membrane protein complex subunit 7

Homo sapiens

UniProt Q9NPA0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–242 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC7_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–242; UniProt 1–242

ER membrane protein complex subunit 8

Homo sapiens

UniProt O43402

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–210 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC8_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210

ER membrane protein complex subunit 10

Homo sapiens

UniProt Q5UCC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–262 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) Membrane magnesium transporter 1 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) Unassigned helix × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6;10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC10_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 3–263; UniProt 2–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ado

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ado
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ado
沉积日期 deposition_date2020-09-15
结构标题 titleCryo-EM structure of human ER membrane protein complex in lipid nanodiscs
关键词 keywordsER membrane protein, EMC, Membrane protein biogenesis, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.44
零角强度 I(0) i0773367000.00
分子量 molecular_weight238710.0 kDa
排除体积 excluded_volume301740 ų
包络体积 envelope_volume467000 ų
水化壳体积 shell_volume72397 ų
包络直径 envelope_diameter206.0
壳层 Rg shell_rg52.74
包络 Rg envelope_rg57.75
形状 Rg shape_rg59.46
总 Rg total_rg59.15
总原子数 total_atoms16837
残基数 n_residues2085
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax191.7
Rg (实空间) rg_real59.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.82
I(0) (实空间) i0_real7.7340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal771700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7506
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.6
偏度 Skewness skewness0.473
峰度 Kurtosis kurtosis-0.675
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71700000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.680; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.671; Smooth: 0.043

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)