7b7u

Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	I3LJR4_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1970； UniProt 1–1942

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A0B8RVL1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A0B8RVL1_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1174； UniProt 1–1174

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt I3LCH3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	I3LCH3_PIG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271

DNA-directed RNA polymerase II subunit E

物种未注明

UniProt I3LSI7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	I3LSI7_PIG
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

DNA-directed RNA polymerase II subunit F

物种未注明

UniProt F1SKN8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	F1SKN8_PIG
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt A0A4X1ULF2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A4X1ULF2_PIG
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt P60899

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB9_PIG
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

RNA_pol_L_2 domain-containing protein

物种未注明

UniProt A0A4X1UK25

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A4X1UK25_PIG
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

RNA polymerase II subunit K

物种未注明

UniProt I3LN51

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2 × 1 （Q8IXW5） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	I3LN51_PIG
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2

Homo sapiens

UniProt Q8IXW5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （I3LJR4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） Uncharacterized Protein × 1 RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Unknown × 1 ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–612； UniProt 1–612

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7b7u
沉积日期 deposition_date	2020-12-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2
关键词 keywords	RPAP2, RNA polymerase II, Nuclear import, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7b7u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7b7u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7b7u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.37 Å
Rg（电子密度）	48.65 Å
总 Rg	48.94 Å
原子数	25091
残基数	3136
排除体积	447830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7b7u__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit
分子量 formula_weight	217450.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25091

MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIKYPETTEGGRPKLGGLMDPRQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLLVDSNNPKIKDILAKSKGQPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDEDLTKEKGHGGCGRYQPRIRRSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKRISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQGSARNQDDLTHKLADIVKINNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGKEGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELVRRGNSQYPGAKYIIRDNGDRIDLRFHPKPSDLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTLHKMSMMGHRVRILPWSTFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRMIVTPQSNRPVMGIVQDTLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLMFLSTWDGKVPQPAILKPRPLWTGKQIFSLIIPGHINCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMGILCKKSLGTSAGSLVHISYLEMGHDITRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSKTYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKAHNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQKSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKINISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKSMESVMVKYDATVRNSINQVVQLRYGEDGLAGESVEFQNLATLKPSNKAFEKKFRFDYTNERALRRTLQEDLVKDVLSNAHIQNELEREFERMREDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLLRMIWNAQKIFHINPRLPSDLHPIKVVEGVKELSKKLVIVNGDDPLSRQAQENATLLFNIHLRSTLCSRRMAEEFRLSGEAFDWLLGEIESKFNQAIAHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVSAKNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLTVFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANTAIYYDPNPQSTVVAEDQEWVNVYYEMPDFDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQIAEKINAGFGDDLNCIFNDDNAEKLVLRIRIMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESNMLTDMTLQGIEQISKVYMHLPQTDNKKKIIITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKDVDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAVRKALERELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHLMAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVLMEAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCFDLLLDAEKCKYGMEIPTNIPGLGAAGPTGMFFGSAPSPMGGISPAMTPWNQGATPAYGAWSPSVGSGMTPGAAGFSPSAASDASGFSPGYSPAWSPTPGSPGSPGPSSPYIPSPGGAMSPSYSPTSPAYEPRSPGGYTPQSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPNYTPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYTPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPSSPRYTPQSPTYTPSSPSYSPSSPSYSPTSPKYTPTSPSYSPSSPEYTPTSPKYSPTSPKYSPTSPKYSPTSPTYSPTTPKYSPTSPTYSPTSPVYTPTSPKYSPTSPTYSPTSPKYSPTSPTYSPTSPKGSTYSPTSPGYSPTSPTYSLTSPAISPDDSDEEN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	134041.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MYDADEDMQYDEDDDEITPDLWQEACWIVISSYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDAPPIDLQAEAQHASGEVEEPPRYLLKFEQIYLSKPTHWERDGAPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITKTVIKEGEEQLQTQHQKTFIGKIPIMLRSTYCLLNGLTDRDLCELNECPLDPGGYFIINGSEKVLIAQEKMATNTVYVFAKKDSKYAYTGECRSCLENSSRPTSTIWVSMLARGGQGAKKSAIGQRIVATLPYIKQEVPIIIVFRALGFVSDRDILEHIIYDFEDPEMMEMVKPSLDEAFVIQEQNVALNFIGSRGAKPGVTKEKRIKYAKEVLQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLAALGRRELDDRDHYGNKRLDLAGPLLAFLFRGMFKNLLKEVRIYAQKFIDRGKDFNLELAIKTRIISDGLKYSLATGNWGDQKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRLNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMVCPAETPEGHAVGLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEISPAAIADATKIFVNGCWVGIHKDPEQLMNTLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIREREIRIYTDAGRICRPLLIVEKQKLLLKKRHIDQLKEREYNNYSWQDLVASGVVEYIDTLEEETVMLAMTPDDLQEKEVAYCSTYTHCEIHPSMILGVCASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPQKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSIVAIASYTGYNQEDSVIMNRSAVDRGFFRSVFYRSYKEQESKKGFDQEEVFEKPTRETCQGMRHAIYDKLDDDGLIAPGVRVSGDDVIIGKTVTLPENEDELEGTNRRYTKRDCSTFLRTSETGIVDQVMVTLNQEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMPFTCEGITPDIIINPHAIPSRMTIGHLIECLQGKVSANKGEIGDATPFNDAVNVQKISNLLSDYGYHLRGNEVLYNGFTGRKITSQIFIGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPIQILNRQPMEGRSRDGGLRFGEMERDCQIAHGAAQFLRERLFEASDPYQVHVCNLCGIMAIANTRTHTYECRGCRNKTQISLVRMPYACKLLFQELMSMSIAPRMMSV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
分子量 formula_weight	30997.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPYANQPTVRITELTDENVKFIIENTDLAVANSIRRVFIAEVPIIAIDWVQIDANSSVLHDEFIAHRLGLIPLTSDDIVDKLQYSRDCTCEEFCPECSVEFTLDVRCNEDQTRHVTSRDLISNSPRVIPVTSRNRDNDPSDYVEQDDILIVKLRKGQELRLRAYAKKGFGKEHAKWNPTAGVAFEYDPDNALRHTVYPKPEEWPKSEYSELDEDESQAPYDPNGKPERFYYNVESCGSLRPETIVLSALSGLKKKLSDLQTQLSHEIQSDV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit E
分子量 formula_weight	24644.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDDEEETYRLWKIRKTIMQLCHDRGYLVTQDELDQTLEEFKAQFGDKPSEGRPRRTDLTVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEPKVGIKTIKVYCQRMQEENITRALIVVQQGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLQQELLINITEHELVPEHVVMTKEEVTELLARYKLRENQLPRIQAGDPVARYFGIKRGQVVKIIRPSETAGRYITYRLVQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit F
分子量 formula_weight	14477.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSDNEDNFDGDDFDDVEEDEGLDDLENAEEEGQENVEILPSGERPQANQKRITTPYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPVMVELEGETDPLLIAMKELKARKIPIIIRRYLPDGSYEDWGVDELIISD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
分子量 formula_weight	17162.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAGILFEDIFDVKDIDPEGKKFDRVSRLHCESESFKMDLILDVNIQIYPVDLGDKFRLVIASTLYEDGTLDDGEYNPTDDRPSRADQFEYVMYGKVYRIEGDETSTEAATRLSAYVSYGGLLMRLQGDANNLHGFEVDSRVYLLMKKLAF

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
分子量 formula_weight	14541.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MEPDGTYEPGFVGIRFCQECNNMLYPKEDKENRILLYACRNCDYQQEADNSCIYVNKITHEVDELTQIIADVSQDPTLPRTEDHPCQKCGHKEAVFFQSHSARAEDAMRLYYVCTAPHCGHRWTE

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Uncharacterized Protein
分子量 formula_weight	7655.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIIPVRCFTCGKIVGNKWEAYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLAHVDLIEKLLNYAPLEK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	RNA_pol_L_2 domain-containing protein
分子量 formula_weight	13310.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNAPPAFESFLLFEGEKKITINKDTKVPNACLFTINKEDHTLGNIIKSQLLKDPQVLFAGYKVPHPLEHKIIIRVQTTPDYSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	RNA polymerase II subunit K
分子量 formula_weight	7018.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2
分子量 formula_weight	69614.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MADFAGPSSAGRKAGAPRCSRKAAGTKQTSTLKQEDASKRKAELEAAVRKKIEFERKALHIVEQLLEENITEEFLMECGRFITPAHYSDVVDERSIVKLCGYPLCQKKLGIVPKQKYKISTKTNKVYDITERKSFCSNFCYQASKFFEAQIPKTPVWVREEERHPDFQLLKEEQSGHSGEEVQLCSKAIKTSDIDNPSHFEKQYESSSSSTHSDSSSDNEQDFVSSILPGNRPNSTNIRPQLHQKSIMKKKAGHKANSKHKDKEQTVVDVTEQLGDCKLDSQEKDATCELPLQKVNTQSSSNSTLPERLKASENSESEYSRSEITLVGISKKSAEHFKRKFAKSNQVSRSVSSSVQVCPEVGKRNLLKVLKETLIEWKTEETLRFLYGQNYASVCLKPEASLVKEELDEDDIISDPDSHFPAWRESQNSLDESLPFRGSGTAIKPLPSYENLKKETEKLNLRIREFYRGRYVLGEETTKSQDSEEHDSTFPLIDSSSQNQIRKRIVLEKLSKVLPGLLVPLQITLGDIYTQLKNLVRTFRLTNRNIIHKPAEWTLIAMVLLSLLTPILGIQKHSQEGMVFTRFLDTLLEELHLKNEDLESLTIIFRTSCLPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Unknown
分子量 formula_weight	2571.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d7b7uf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.143 — RPB6/omega subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	a.143.1 — RPB6/omega subunit-like
家族 Family family	a.143.1.2 — RPB6

结构域编号 domain_id	d7b7uh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7b7ui1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.3 — Zinc beta-ribbon
家族 Family family	g.41.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7b7ui2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.3 — Zinc beta-ribbon
家族 Family family	g.41.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7b7uj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.11 — RNA polymerase subunit RPB10
家族 Family family	a.4.11.1 — RNA polymerase subunit RPB10

结构域编号 domain_id	d7b7uk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family family	d.74.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7b7ul_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.9 — RNA polymerase subunits
家族 Family family	g.41.9.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7b7uB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	364771

Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA_pol_L_2 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II subunit K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative RNA polymerase II subunit B1 CTD phosphatase RPAP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体