7bgv

14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1012

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–248 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 × 2 (Q13526) TLK 3-methoxy-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;277 K;0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol 分辨率 1.68 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–253; UniProt 1–248

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

物种未注明

UniProt Q13526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 61–77 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein sigma × 2 (P31947) TLK 3-methoxy-4-(2-phenylimidazol-1-yl)benzaldehyde × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;277 K;0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol 分辨率 1.68 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 189 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–17; UniProt 61–77

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7bgv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7bgv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7bgv
沉积日期 deposition_date2021-01-08
结构标题 title14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and covalently bound LvD1012
关键词 keywords1433, PEPTIDE BINDING PROTEIN, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.40
零角强度 I(0) i013578300.00
分子量 molecular_weight26917.0 kDa
排除体积 excluded_volume33425 ų
包络体积 envelope_volume39476 ų
水化壳体积 shell_volume18099 ų
包络直径 envelope_diameter66.3
壳层 Rg shell_rg24.49
包络 Rg envelope_rg18.84
形状 Rg shape_rg18.36
总 Rg total_rg19.41
总原子数 total_atoms1884
残基数 n_residues236
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.5
Rg (实空间) rg_real19.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8086
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.2
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.337
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3074000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)