7ckq

The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 186.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt P20429

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–314 链 B； UniProt 1–314	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 （P39075） UPF0356 protein YkzG × 1 （O31718） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z3E Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit 提交 2005-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–314（70 aa）片段：c-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；273 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3GFK Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 240–314（75 aa）片段：Alpha C-terminal domain (alpha-CTD)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
3IHQ Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–314（70 aa）片段：UNP residues 245-314	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；273 K；25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
6WVJ Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex 提交 2020-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）链 I 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RPOA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt P37870

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–1193	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 （P39075） UPF0356 protein YkzG × 1 （O31718） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LY7 B-flap domain of RNA polymerase (B. subtilis) 提交 2012-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 784–923（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] b-flap, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RPOB_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt P37871

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–1199	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 （P39075） UPF0356 protein YkzG × 1 （O31718） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_BACSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt O35011

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–67	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 （P39075） UPF0356 protein YkzG × 1 （O31718） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 E 1–67（67 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_BACSU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

RNA polymerase sigma factor SigA

物种未注明

UniProt P06224

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–371	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 （P39075） UPF0356 protein YkzG × 1 （O31718） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–371（371 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 1–371（371 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIGA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

Multidrug-efflux transporter 1 regulator

Bacillus subtilis (strain 168)

UniProt P39075

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–278 链 I； UniProt 1–278	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 UPF0356 protein YkzG × 1 （O31718） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR (APO FORM) 提交 1998-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1EXI CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPSB 提交 2000-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.12 Å R-free 0.317
1EXJ CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPP 提交 2000-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.315
1R8E Crystal Structure of BmrR Bound to DNA at 2.4A Resolution 提交 2003-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2 IMD IMIDAZOLE × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；273 K；Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM 提交 1998-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.320
2BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM 提交 1998-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.320
3D6Y Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and berberine 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：R275E, A277L, E278D	BER BERBERINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3D6Z Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and rhodamine 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：R275E, A277L, E278D	GOL GLYCEROL × 8 RHQ RHODAMINE 6G × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；SODIUM MALONATE, JEFFAMINE-M600, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
3D70 Crystal structure of E253A mutant of BMRR bound to 22-bp oligonucleotide 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 12 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3D71 Crystal structure of E253Q BMRR bound to 22 base pair promoter site 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：E253Q, A277L, E278D	ZN ZINC ION × 2 FLC CITRATE ANION × 2 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 6 ETF TRIFLUOROETHANOL × 2 IMD IMIDAZOLE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.248
3IAO Conformational plasticity of the coiled coil domain of BmrR is required for bmr promoter binding-the unliganded structure of BmrR 提交 2009-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–278（278 aa）	突变：R275E, E253Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 4000, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3Q1M Crystal Structure of BmrR Dimer bound to DNA and the ligand 4-amino-quinaldine 提交 2010-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–276（276 aa）	未记录	M4A 2-methylquinolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.272
3Q2Y Crystal Structure of BmrR bound to ethidium 提交 2010-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ET ETHIDIUM × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.95 Å R-free 0.246
3Q3D Crystal structure of BmrR bound to puromycin 提交 2010-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	PUY PUROMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate ) 0.05% jeffamine-M600 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.79 Å R-free 0.262
3Q5P Crystal structure of BmrR bound to Tetracycline 提交 2010-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	TAC TETRACYCLINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.94 Å R-free 0.262
3Q5R Crystal structure of BmrR bound to Kanamycin 提交 2010-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	KAN KANAMYCIN A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.05% jeffamine M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.05 Å R-free 0.247
3Q5S Crystal structure of BmrR bound to Acetylcholine 提交 2010-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ACH ACETYLCHOLINE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate ph 7.0 0.05% Jeffamine M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.276

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMRR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 5–282； UniProt 1–278 作者链 I； PDB构建体 5–282； UniProt 1–278

UPF0356 protein YkzG

物种未注明

UniProt O31718

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明：undecameric（11）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 1–69	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA (50-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 （P39075） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 1–69（69 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–69（69 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–69（69 aa）	突变：V33I	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 1–69（69 aa）	突变：V33I	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YKZG_BACSU
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ckq
沉积日期 deposition_date	2020-07-18
结构标题 title	The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex
关键词 keywords	RNA polymerase, Transcription activation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.50 Å
零角强度 I(0) i0	2445050000.00
分子量 molecular_weight	390890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	479420 Å³
包络体积 envelope_volume	733500 Å³
水化壳体积 shell_volume	114640 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.6 Å
壳层 Rg shell_rg	57.18 Å
包络 Rg envelope_rg	52.23 Å
形状 Rg shape_rg	52.53 Å
总 Rg total_rg	52.57 Å
总原子数 total_atoms	27484
残基数 n_residues	3675
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2445000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8511
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.127
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	393600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.716; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.921

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	34842.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	27484

MIEIEKPKIETVEISDDAKFGKFVVEPLERGYGTTLGNSLRRILLSSLPGAAVTSIQIDGVLHEFSTIEGVVEDVTTIILHIKKLALKIYSDEEKTLEIDVQGEGTVTAADITHDSDVEILNPDLHIATLGENASFRVRLTAQRGRGYTPADANKRDDQPIGVIPIDSIYTPVSRVSYQVENTRVGQVANYDKLTLDVWTDGSTGPKEAIALGSKILTEHLNIFVGLTDEAQHAEIMVEKEEDQKEKVLEMTIEELDLSVRSYNCLKRAGINTVQELANKTEEDMMKVRNLGRKSLEEVKAKLEELGLGLRKDD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	133847.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTGQLVQYGRHRQRRSYARISEVLELPNLIEIQTSSYQWFLDEGLREMFQDISPIEDFTGNLSLEFIDYSLGEPKYPVEESKERDVTYSAPLRVKVRLINKETGEVKDQDVFMGDFPIMTDTGTFIINGAERVIVSQLVRSPSVYFSGKVDKNGKKGFTATVIPNRGAWLEYETDAKDVVYVRIDRTRKLPVTVLLRALGFGSDQEILDLIGENEYLRNTLDKDNTENSDKALLEIYERLRPGEPPTVENAKSLLDSRFFDPKRYDLANVGRYKINKKLHIKNRLFNQRLAETLVDPETGEILAEKGQILDRRTLDKVLPYLENGIGFRKLYPNGGVVEDEVTLQSIKIFAPTDQEGEQVINVIGNAYIEEEIKNITPADIISSISYFFNLLHGVGDTDDIDHLGNRRLRSVGELLQNQFRIGLSRMERVVRERMSIQDTNTITPQQLINIRPVIASIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGMEVRDVHYSHYGRMCPIETPEGPNIGLINSLSSYAKVNRFGFIETPYRRVDPETGKVTGRIDYLTADEEDNYVVAQANARLDDEGAFIDDSIVARFRGENTVVSRNRVDYMDVSPKQVVSAATACIPFLENDDSNRALMGANMQRQAVPLMQPEAPFVGTGMEYVSGKDSGAAVICKHPGIVERVEAKNVWVRRYEEVDGQKVKGNLDKYSLLKFVRSNQGTCYNQRPIVSVGDEVVKGEILADGPSMELGELALGRNVMVGFMTWDGYNYEDAIIMSERLVKDDVYTSIHIEEYESEARDTKLGPEEITRDIPNVGEDALRNLDDRGIIRIGAEVKDGDLLVGKVTPKGVTELTAEERLLHAIFGEKAREVRDTSLRVPHGGGGIIHDVKVFNREDGDELPPGVNQLVRVYIVQKRKISEGDKMAGRHGNKGVISKILPEEDMPYLPDGTPIDIMLNPLGVPSRMNIGQVLELHMGMAARYLGIHIASPVFDGAREEDVWETLEEAGMSRDAKTVLYDGRTGEPFDNRVSVGIMYMIKLAHMVDDKLHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEILTVKSDDVVGRVKTYEAIVKGDNVPEPGVPESFKVLIKELQSLGMDVKILSGDEEEIEMRDLEDEEDAKQADGLALSGDEEPEETASADVERDVVTKE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	134445.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNNFEYMNIGLASPDKIRSWSFGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCERIFGPTKDWECHCGKYKRVRYKGVVCDRCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVSHIWYFKGIPSRMGLVLDMSPRALEEVIYFASYVVTDPANTPLEKKQLLSEKEYRAYLDKYGNKFQASMGAEAIHKLLQDIDLVKEVDMLKEELKTSQGQRRTRAIKRLEVLEAFRNSGNKPSWMILDVLPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLGAPSIIVQNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSHMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPHLKMYQCGLPKEMALELFKPFVMKELVEKGLAHNIKSAKRKIERVQPEVWDVLESVIKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPTLVEGRAIRLHPLVCTAYNADFDGDQMAVHVPLSAEAQAEARILMLAAQNILNPKDGKPVVTPSQDMVLGNYYLTLERAGAVGEGMVFKNTDEALLAYQNGYVHLHTRVAVAANSLKNVTFTEEQRSKLLITTVGKLVFNEILPESFPYMNEPTKSNIEEKTPDRFFLEKGADVKAVIAQQPINAPFKKGILGKIIAEIFKRFHITETSKMLDRMKNLGFKYSTKAGITVGVSDIVVLDDKQEILEEAQSKVDNVMKQFRRGLITEEERYERVISIWSAAKDVIQGKLMKSLDELNPIYMMSDSGARGNASNFTQLAGMRGLMANPAGRIIELPIKSSFREGLTVLEYFISTHGARKGLADTALKTADSGYLTRRLVDVAQDVIIRETDCGTDRGILAKPLKEGTETIERLEERLIGRFARKQVKHPETGEVLVNENELIDEDKALEIVEAGIEEVWIRSAFTCNTPHGVCKRCYGRNLATGSDVEVGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDDITQGLPRIQELFEARNPKGQATITEIDGTVVEINEVRDKQQEIVVQGAVETRSYTAPYNSRLKVAEGDKITRGQVLTEGSIDPKELLKVTDLTTVQEYLLHEVQKVYRMQGVEIGDKHVEVMVRQMLRKVRVIDAGDTDVLPGTLLDIHQFTEANKKVLLEGNRPATGRPVLLGITKASLETDSFLSAASFQETTRVLTDAAIKGKRDELLGLKENVIIGKLVPAGTGMMKYRKVKPVSNVQPTDDMVPVE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	7766.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLDPSIDSLMNKLDSKYTLVTVSARRAREMQIKKDQMIEHTISHKYVGKALEEIDAGLLSFEKEDRE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	43007.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MADKQTHETELTFDQVKEQLTESGKKRGVLTYEEIAERMSSFEIESDQMDEYYEFLGEQGVELISENEETEDPNIQQLAKAEEEFDLNDLSVPPGVKINDPVRMYLKEIGRVNLLSAKEEIAYAQKIEEGDEESKRRLAEANLRLVVSIAKRYVGRGMLFLDLIQEGNMGLMKAVEKFDYRKGYKFSTYATWWIRQAITRAIADQARTIRIPVHMVETINKLIRVQRQLLQDLGREPTPEEIAEDMDLTPEKVREILKIAQEPVSLETPIGEEDDSHLGDFIEDQEATSPSDHAAYELLKEQLEDVLDTLTDREENVLRLRFGLDDGRTRTLEEVGKVFGVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSKRLKDFLE

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (50-MER)
分子量 formula_weight	15489.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1

GTTGACTCTCCCCTAGGAGGAGGTCTTATAATGGGAGCTGTCACGGATGC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (50-MER)
分子量 formula_weight	15485.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

GCATCCGTGAGTCGAGGGTAATAAAGACCTCCTCCTAGGGGAGAGTCAAC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Multidrug-efflux transporter 1 regulator
分子量 formula_weight	32951.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I

GAMAMKESYYSIGEVSKLANVSIKALRYYDKIDLFKPAYVDPDTSYRYYTDSQLIHLDLIKSLKYIGTPLEEMKKAQDLEMEELFAFYTEQERQIREKLDFLSALEQTISLVKKRMKRQMEYPALGEVFVLDEEEIRIIQTEAEGIGPENVLNASYSKLKKFIESADGFTNNSYGATFSFQPYTSIDEMTYRHIFTPVLTNKQISSITPDMEITTIPKGRYACIAYNFSPEHYFLNLQKLIKYIADRQLTVVSDVYELIIPIHYSPKKQEEYRVEMKIRIAE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis (strain 168)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	UPF0356 protein YkzG
分子量 formula_weight	8263.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MIYKVFYQEKADEVPVREKTDSLYIEGVSERDVRTKLKEKKFNIEFITPVDGAFLEYEQQSENFKVLEL

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	TETRAPHENYLPHOSPHONIUM
分子量 formula_weight	339.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	103226

fit	/app/data/saxs_computation/ck/7ckq/7ckq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/7ckq/7ckq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/7ckq/7ckq.dat

The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor SigA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multidrug-efflux transporter 1 regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UPF0356 protein YkzG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)