7cp9

Cryo-EM structure of human mitochondrial translocase TOM complex at 3.0 angstrom.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 125.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

Homo sapiens

UniProt Q8N4H5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–51 链 B; UniProt 1–51 未记录 Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 (Q96B49) Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 (Q9P0U1) Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 (Q9NS69) Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 (O96008) PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOM5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–51; UniProt 1–51 作者链 B; PDB构建体 1–51; UniProt 1–51

Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

Homo sapiens

UniProt Q96B49

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–74 链 D; UniProt 1–74 未记录 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 2 (Q8N4H5) Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 (Q9P0U1) Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 (Q9NS69) Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 (O96008) PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TOM6_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 D; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

Homo sapiens

UniProt Q9P0U1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–55 链 F; UniProt 1–55 未记录 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 2 (Q8N4H5) Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 (Q96B49) Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 (Q9NS69) Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 (O96008) PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TOM7_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–55; UniProt 1–55 作者链 F; PDB构建体 1–55; UniProt 1–55

Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

Homo sapiens

UniProt Q9NS69

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–142 链 H; UniProt 1–142 未记录 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 2 (Q8N4H5) Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 (Q96B49) Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 (Q9P0U1) Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog × 2 (O96008) PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TOM22_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142 作者链 H; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142

Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

Homo sapiens

UniProt O96008

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–361 链 J; UniProt 1–361 未记录 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog × 2 (Q8N4H5) Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog × 2 (Q96B49) Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog × 2 (Q9P0U1) Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog × 2 (Q9NS69) PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TOM40_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–361; UniProt 1–361 作者链 J; PDB构建体 1–361; UniProt 1–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7cp9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7cp9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7cp9
沉积日期 deposition_date2020-08-06
结构标题 titleCryo-EM structure of human mitochondrial translocase TOM complex at 3.0 angstrom.
关键词 keywordshuman mitochondrial translocase TOM complex, Outer membrane, TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.40
零角强度 I(0) i0195808000.00
分子量 molecular_weight121240.0 kDa
排除体积 excluded_volume155820 ų
包络体积 envelope_volume246340 ų
水化壳体积 shell_volume53746 ų
包络直径 envelope_diameter135.2
壳层 Rg shell_rg43.84
包络 Rg envelope_rg38.19
形状 Rg shape_rg38.40
总 Rg total_rg38.84
总原子数 total_atoms8530
残基数 n_residues1021
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.0
Rg (实空间) rg_real38.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real1.9580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal195800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8979
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.7
偏度 Skewness skewness0.222
峰度 Kurtosis kurtosis-0.514
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19320000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.945

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)