SAXSdb — 8xva

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xva
沉积日期 deposition_date	2024-01-14
结构标题 title	Human TOM complex with whole Tom20
关键词 keywords	mitochondria, transport, membrane protein complex, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.44 Å
零角强度 I(0) i0	139125000.00
分子量 molecular_weight	75843.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87148 Å³
包络体积 envelope_volume	186100 Å³
水化壳体积 shell_volume	44148 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.3 Å
壳层 Rg shell_rg	40.87 Å
包络 Rg envelope_rg	35.60 Å
形状 Rg shape_rg	37.43 Å
总 Rg total_rg	37.75 Å
总原子数 total_atoms	5415
残基数 n_residues	1100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.5 Å
Rg (实空间) rg_real	37.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	139100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.188
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.472
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	13520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.961

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
分子量 formula_weight	8008.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	5415

MASSTVPVSAAGSANETPEIPDNVGDWLRGVYRFATDRNDFRRNLILNLGLFAAGVWLARNLSDIDLMAPQPGV

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
分子量 formula_weight	37926.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I

MGNVLAASSPPAGPPPPPAPALVGLPPPPPSPPGFTLPPLGGSLGAGTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVNKGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIHQLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSITPCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGVEFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKGSVDSNWIVGATLEKKLPPLPLTLALGAFLNHRKNKFQCGFGLTIG

Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
分子量 formula_weight	15532.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MAAAVAAAGAGEPQSPDELLPKGDAEKPEEELEEDDDEELDETLSERLWGLTEMFPERVRSAAGATFDLSLFVAQKMYRFSRAALWIGTTSFMILVLPVVFETEKLQMEQQQQLQQRQILLGPNTGLSGGMPGALPSLPGKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
分子量 formula_weight	6045.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MFRIEGLAPKLDPEEMKRKMREDVISSIRNFLIYVALLRVTPFILKKLDSI

Entity 5 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
分子量 formula_weight	6256.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,J

MVKLSKEAKQRLQQLFKGSQFAIRWGFIPLVIYLGFKRGADPGMPEPTVLSLLWG

Entity 6 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
分子量 formula_weight	16319.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MVGRNSAIAAGVCGALFIGYCIYFDRKRRSDPNFKNRLRERRKKQKLAKERAGLSKLPDLKDAEAVQKFFLEEIQLGEELLAQGEYEKGVDHLTNAIAVCGQPQQLLQVLQQTLPPPVFQMLLTKLPTISQRIVSAQSLAEDDVE

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189667

fit	/app/data/saxs_computation/xv/8xva/8xva.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xv/8xva/8xva.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xv/8xva/8xva.dat

Human TOM complex with whole Tom20

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)