SAXSdb — 8uy3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uy3
沉积日期 deposition_date	2023-11-12
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	Fem1B with FNIP1 and Tom20 fragment
关键词 keywords	Fem1B FNP1 ubiquitin, proteasome, reductive stress response, TOM complex electron transport chain mitochondria, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.03 Å
零角强度 I(0) i0	591793000.00
分子量 molecular_weight	195830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	244000 Å³
包络体积 envelope_volume	331940 Å³
水化壳体积 shell_volume	67996 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.70 Å
包络 Rg envelope_rg	39.16 Å
形状 Rg shape_rg	40.04 Å
总 Rg total_rg	40.36 Å
总原子数 total_atoms	13732
残基数 n_residues	1749
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.0 Å
Rg (实空间) rg_real	40.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	591900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8874
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.879

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein fem-1 homolog B
分子量 formula_weight	42362.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B,D
原子数 atom_count	13741

SGSSMEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTGTVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIVKYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEAGHIDIVKELIKWRAAIVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLLSHADCDRRSRIEALELLGASFANDRENYDIMKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQELEAIRQDRDALHMEGLIVRERILGADNIDVSHPIIYRGAVYADNMEFEQCIKLWLHALHLRQKG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Folliculin-interacting protein 1
分子量 formula_weight	3505.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,H,I

GRNKSSLLFKESEETRTPNCNCKYCSHPVLG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
分子量 formula_weight	7364.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,M

DAEAVQKFFLEEIQLGEELLAQGEYEKGVDHLTNAIAVCGQPQQLLQVLQQTLPPPVFQMLLTKLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.715 Å
晶胞边长 b length_b	183.715 Å
晶胞边长 c length_c	183.715 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	45.930 Å
R 因子 r_factor	0.2404
R_work r_work	0.2391
R_free r_free	0.2644

fit	/app/data/saxs_computation/uy/8uy3/8uy3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uy/8uy3/8uy3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uy/8uy3/8uy3.dat

Fem1B with FNIP1 and Tom20 fragment

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)