9eii

Import stalled PINK1 TOM complex, symmetry expanded

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 164.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eii
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
结构标题 title	Import stalled PINK1 TOM complex, symmetry expanded
关键词 keywords	PINK1, TOM complex, VDAC, TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.52 Å
零角强度 I(0) i0	563951000.00
分子量 molecular_weight	205460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	261730 Å³
包络体积 envelope_volume	416240 Å³
水化壳体积 shell_volume	74017 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.4 Å
壳层 Rg shell_rg	50.56 Å
包络 Rg envelope_rg	46.85 Å
形状 Rg shape_rg	47.55 Å
总 Rg total_rg	47.55 Å
总原子数 total_atoms	14448
残基数 n_residues	1789
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	563900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8091
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.374
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	90930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
分子量 formula_weight	65561.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	14448

MAVRQALGRGLQLGRALLLRFTGKPGRAYGLGRPGPAAGCVRGERPGWAAGPGAEPRRVGLGLPNRLRFFRQSVAGLAARLQRQFVVRAWGCAGPCGRAVFLAFGLGLGLIEEKQAESRRAVSACQEIQAIFTQKSKPGPDPLDTRRLQGFRLEEYLIGQSIGKGCSAAVYEATMPTLPQNLEVTKSTGLLPGRGPGTSAPGEGQERAPGAPAFPLAIKMMWNISAGSSSEAILNTMSQELVPASRVALAGEYGAVTYRKSKRGPKQLAPHPNIIRVLRAFTSSVPLLPGALVDYPDVLPSRLHPEGLGHGRTLFLVMKNYPCTLRQYLCVNTPSPRLAAMMLLQLLEGVDHLVQQGIAHRDLKSDNILVELDPDGCPWLVIADFGCCLADESIGLQLPFSSWYVDRGGNGCLMAPEVSTARPGPRAVIDYSKADAWAVGAIAYEIFGLVNPFYGQGKAHLESRSYQEAQLPALPESVPPDVRQLVRALLQREASKRPSARVAANVLHLSLWGEHILALKNLKLDKMVGWLLQQSAATLLANRLTEKCCVETKMKMLFLANLECETLCQAALLLCSWRAALDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
分子量 formula_weight	16319.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVGRNSAIAAGVCGALFIGYCIYFDRKRRSDPNFKNRLRERRKKQKLAKERAGLSKLPDLKDAEAVQKFFLEEIQLGEELLAQGEYEKGVDHLTNAIAVCGQPQQLLQVLQQTLPPPVFQMLLTKLPTISQRIVSAQSLAEDDVE

Entity 3 polymer

描述 description	Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
分子量 formula_weight	31600.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDPTASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA

Entity 4 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
分子量 formula_weight	37926.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MGNVLAASSPPAGPPPPPAPALVGLPPPPPSPPGFTLPPLGGSLGAGTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVNKGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIHQLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSITPCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGVEFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKGSVDSNWIVGATLEKKLPPLPLTLALGAFLNHRKNKFQCGFGLTIG

Entity 5 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
分子量 formula_weight	6045.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Z

MFRIEGLAPKLDPEEMKRKMREDVISSIRNFLIYVALLRVTPFILKKLDSI

Entity 6 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
分子量 formula_weight	6256.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,X

MVKLSKEAKQRLQQLFKGSQFAIRWGFIPLVIYLGFKRGADPGMPEPTVLSLLWG

Entity 7 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
分子量 formula_weight	8008.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,V

MASSTVPVSAAGSANETPEIPDNVGDWLRGVYRFATDRNDFRRNLILNLGLFAAGVWLARNLSDIDLMAPQPGV

Entity 8 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
分子量 formula_weight	15532.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,T

MAAAVAAAGAGEPQSPDELLPKGDAEKPEEELEEDDDEELDETLSERLWGLTEMFPERVRSAAGATFDLSLFVAQKMYRFSRAALWIGTTSFMILVLPVVFETEKLQMEQQQQLQQRQILLGPNTGLSGGMPGALPSLPGKI

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	791000

fit	/app/data/saxs_computation/ei/9eii/9eii.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ei/9eii/9eii.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ei/9eii/9eii.dat

Import stalled PINK1 TOM complex, symmetry expanded

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)